В январе 1972 года начальник отдела по надзору за следствием и дознанием в органах МВД следственного управления Прокуратуры Союза ССР Г. П. Каракозов обратился к заместителю Генерального прокурора СССР А. С. Панкратову с рапортом о назначении Н. С. Трубина прокурором отдела. С этим был согласен и заместитель Генерального прокурора СССР — начальник следственного управления Н. В. Жогин. Взяли Трубина с явным намерением на выдвижение, так как уже через четыре месяца он стал заместителем начальника отдела. С января 1974 года Н. С. Трубин одновременно выполнял и обязанности помощника Генерального прокурора СССР. Ему присвоили чин государственного советника юстиции 3-го класса. Прошел еще год, и Николай Семенович получил уже солидную должность — заместителя начальника следственного управления Прокуратуры Союза ССР.
В апреле 1976 года Н. С. Трубин, как один из опытнейших криминалистов страны, был направлен в заграничную командировку — на Кубу. Там он выполнял обязанности советника Генерального прокурора Республики Куба, Сантьяго Куба Фернандеса. На острове Свободы Николай Семенович прожил чуть более года, завоевав любовь и признательность не только работников прокуратуры, но и представителей партийных и государственных органов республики. Он вел там обширную педагогическую деятельность — читал лекции по криминалистике, уголовному, уголовно-процессуальному, исправительно-трудовому праву (впоследствии они были опубликованы в кубинских методических сборниках), участвовал в подготовке проектов законов о прокурорском надзоре в Республике Куба и об уголовном судопроизводстве, консультировал Генерального прокурора. В письме, адресованном Н. С. Трубину, представители общественных организаций Генеральной прокуратуры писали:
«Уважаемый товарищ, Николай Трубин.
Разрешите нам этими скромными строками от имени партийной, комсомольской (СМК) и массовых организаций Генеральной прокуратуры Республики, а также от имени всех ее сотрудников выразить глубокое уважение, которое мы питаем к Вам лично. Это чувство по праву заслужено Вами ежедневной работой и человеческой теплотой, которая проявлялась постоянно.
Было бы некорректно попрощаться с Вами, не сказав до этого о высокой оценке Вашей работы в качестве советника Генерального прокурора и о ее полезности.
Мы считаем, что как Ваша педагогическая работа, которую без преувеличения можно назвать обширной, так и Ваши предложения в области законодательства способствовали тому, чтобы для прокурорской деятельности у нас на родине открылись новые перспективы…»
А вот строки из письма работников прокуратуры провинции Гавана: «В Вашем лице мы видели великолепный пример человека труда, дисциплинированного и очень озабоченного тем, чтобы тот опыт, которым Вы обладаете, был полезен нам. Мы уверены, что чувство Вашего присутствия среди нас остается и после слов прощания, т. к. у нас остается Ваше ясное понимание и разъяснение наших проблем и, особенно, человеческая теплота, которая была одним из самых неотъемлемых Ваших качеств».
Следует отметить и такой факт. На Кубе Николай Семенович сделал доклад об Октябрьской революции на испанском языке, причем говорил он на чистейшем кастильском наречии.
После завершения командировки Н. С. Трубин продолжал выполнять обязанности заместителя начальника следственного управления Прокуратуры Союза ССР. По распределению обязанностей он занимался непосредственно надзором за следствием, производящимся органами Прокуратуры РСФСР, Белорусской ССР, республик Советской Прибалтики и Средней Азии. Он часто выезжал в командировки в подконтрольные прокуратуры, обстоятельно разбирался на месте с состоянием преступности и организацией следствия и, имея солидный опыт, оказывал прокурорам и следователям большую практическую помощь. За свою работу он не раз поощрялся Генеральным прокурором ССССР Р. А. Руденко. В характеристике Н. С. Трубина, подписанной первым заместителем Генерального прокурора СССР А. М. Рекунковым в январе 1978 года, отмечалось, что он «зарекомендовал себя политически зрелым, высококвалифицированным и принципиальным работником, хорошим организатором, требовательным к себе и подчиненным… По характеру выдержан, скромен, трудолюбив, в общении с людьми внимателен, пользуется заслуженным уважением и авторитетом… Способен обеспечить участок работы с большим объемом».
Последняя фраза была не случайной. Дело в том, что 13 января 1978 года Прокурор РСФСР Б. В. Кравцов обратился с письмом к Генеральному прокурору СССР Руденко о назначении Н. С. Трубина заместителем прокурора республики — начальником следственного управления. Этот вопрос был рассмотрен 18 января на заседании коллегии Прокуратуры Союза ССР, а 31 января Руденко подписал приказ о назначении Н. С. Трубина на новую должность. Николай Семенович принял на себя тяжкое бремя руководства всей следственной работой в Российской Федерации, которое он нес более четырех лет.
В июне 1979 года Н. С. Трубин успешно защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата юридических наук во Всесоюзном институте по изучению причин и разработке мер предупреждения преступности. В мае 1981 года за свою трудовую деятельность он был награжден орденом «Знак Почета».
Хотя Николай Семенович старался всеми силами улучшить организацию следственной работы в республике, часто выезжал на места (в год посещал около 10 прокуратур автономных республик, краев и областей), изжить все недостатки, присущие следствию, не удавалось. То в одном, то в другом месте, что называется, прорывало. Следователи прокуратуры то затягивали расследование дел, то допускали нарушения при аресте граждан, то несвоевременно истребовали ходатайства о продлении срока следствия. На все эти недостатки указывалось Н. С. Трубину, как руководителю следственного управления.
Несмотря на загруженность по основной работе, Николай Семенович, ухитрялся по совместительству еще и преподавать. Он читал лекции в Институте повышения квалификации руководящих кадров Прокуратуры Союза ССР. В апреле 1982 года решением Высшей аттестационной комиссии при Совете Министров СССР ему было присвоено ученое звание доцента по кафедре прокурорского надзора за предварительным следствием и дознанием.
В июне 1982 года Н. С. Трубин сдал свои полномочия другому прокурору, а сам в качестве заместителя прокурора республики стал заниматься организацией работы управления по надзору за рассмотрением уголовных дел в суда х и отдела по надзору за соблюдением законности в исправительно-трудовых учреждениях. Он лично поддерживал обвинение по многим уголовным делам, в том числе и по нашумевшему делу об аварии теплохода «Александр Суворов».
В июле 1986 года по представлению Генерального прокурора СССР А. М. Рекункова Николай Семенович был награжден орденом Трудового Красного Знамени, а в следующем году его назначили первым заместителем Прокурора РСФСР. Вскоре ему был присвоен чин государственного советника юстиции 2-го класса.
16 апреля 1990 года Президиум Верховного Совета РСФСР «за заслуги в деле укрепления социалистической законности и многолетнюю добросовестную работу» (стаж его прокурорской деятельности приближался к 40 годам) присвоил Н. С. Трубину звание «Заслуженный юрист РСФСР». Спустя месяц, 28 мая 1990 года Николай Семенович возглавил Прокуратуру РСФСР, сменив на этом посту С. А. Емельянова. Указом Президента СССР от 25 октября 1990 года ему был присвоен чин государственного советника юстиции 1-го класса.
К этому времени заметно поколебалась целостность централизации прокуратуры. Утрата единства прокурорской системы приняла довольно отчетливые очертания. Все громче и настойчивее раздавались голоса о предоставлении большей самостоятельности прокурорам союзных республик, пересмотра порядка их назначения (руководители республик считали, что это должна быть их прерогатива). Н. С. Трубин считал, что для сохранения единства системы, Прокуратура Союза ССР должна была сделать кардинальные шаги. «Судьба прокуратуры, ее будущее тревожит всех нас, — писал он. — Хотелось бы надеяться, что еще не поздно изменить сложившуюся в прокурорской системе ситуацию. Что можно сделать уже теперь? Безотлагательно передать в компетенцию прокуроров союзных республик решение всех вопросов, связанных с назначением прокуроров районов и городов, а может быть, даже и областных прокуроров, присвоения классных чинов вплоть до советника юстиции, маневрирование штатами, материальными и иными ресурсами, утверждение структурных изменений. А главное — надо пересмотреть порядок назначения прокуроров союзных республик, согласившись с тем, чтобы они утверждались верховными советами республик или согласовывались с ними. Не надо делать вид, что ранее такие назначения ни с кем на местах не согласовывались. Понятно, чтобы рассматривать такие предложения, нужно внести изменения в Конституцию СССР и закон о Прокуратуре СССР».