На базе двух инженерных горно-дорожных рот был сформирован 2088-й отдельный инженерный батальон (оиб), занимавшийся строительством дорог в северных провинциях Афганистана В 1985 году батальон был передислоцирован из Кундуза в Чарикар и включен в 45-й исп как батальон разграждения.
Чтобы освободить мотострелковые и десантные подразделения от охранных функций, в конце года в Афганистан было введено 7 специально сформированных отдельных батальонов охраны (обо). Эти батальоны заменили части, охранявшие военные аэродромы, на которых базировалась советская авиация. Всего для охраны аэродромов было создано 140 сторожевых застав, кроме того, 224 заставы выполняли двойную задачу: стояли на дорогах вокруг аэродромов и входили как в систему охраны дорог, так и систему охраны аэродромов.
Для вывоза подбитой бронетехники в состав 40-й армии был введен 501-й эвакуационный батальон (оэб).
В помощь армейскому бапо, для ведения спецпропаганды, с июля 1981 года в дивизиях создавались нештатные бапо (ставшие штатными с 1983 года).
Тогда же окончательно утвердился состав ВВС армии, в который стало входить 6 полков — сап, 2 овп, обвп (заменил овп в Джелалабаде летом 1981 года), иап, апиб и 3 овэ в составе мед. Замена авиаполков (кроме осап и сформированного в 1984 году ошап), осуществлялась в полном составе через год пребывания в Афганистане; в вертолетных частях менялись только личный состав и техника. Для обслуживания частей авиации дополнительно было введено 2 обато — в Джелалабад (июнь 1981 г.) и Кундуз (февраль 1982 г.)
В октябре 1981 года в состав армии вошло 2 отдельных отряда специального назначения (ооСпН). Первоначально отряды дислоцировались в северных провинциях, около советской границы (летом 1982 года, после ввода на север Афганистана подразделений советских погранвойск, спецназ был переброшен в центральные провинции).
Летом 1982 года 159-я идсбр была переформирована в 58-ю автомобильную бригаду (автбр), что было несложно, так как из 7 батальонов бригады 4 были автомобильными (три остальных — два батальона механизации, которые заменили автобатальонами, и рембат).
Эти мероприятия привели к увеличению численности 40-й ОА, которая составила около 100 тысяч человек.
В мае 1983 года, для обеспечения бесперебойного движения транспортных колонн через перевал Саланг, была сформирована 278-я дорожно-комендантская бригада (дкбр), в нее вошел армейский 692-й отдельный дорожнокомендантский батальон (в Афганистане с 1980 года) и два бывших батальона охраны. Батальоны бригады были дислоцированы: Хайратон (позднее — Ташкурган), Хиджан на перевале Саланг и Джабаль-Уссарадже. В Чаугани (под Доши) было дислоцировано управление бригады.
Последнее усиление группировки советских войск было проведено в 1984–1985 годах.
В начале 1984 года 285-й тп 108-й мед был переформирован в 682-й мсп и передислоцирован из Баграма в Руху (долина реки Панджшер). Кроме этого, было вдвое увеличено число ооСпН, — их стало 4: три отряда были дислоцированы вдоль афгано-пакистанской границы по линии Джелалабад — Газни — Кандагар (один стоял под Баграмом, в начале 1985 года передислоцирован под Баракибарак).
Действующий в Афганистане с 1980 года армейский батальон радио- и радиотехнической разведки (РиРТР) был переформирован в 264-й полк ОсН (6 радиопеленгаторных пунктов). В состав 45-го исп, в добавление к инженерным — саперному и дорожному батальонам, был сформирован батальон спецминирования.
В октябре 1984 г. в мотострелковых и десантных батальонах были сформированы штатные разведывательные взводы, что позволило улучшить эффективность боевых действий.
Наиболее крупные мероприятия были проведены в 1985 году. Тогда численность 40-й ОА достигла максимума и составила 108,8 тысячи человек (106 тысяч военнослужащих), в т. ч. в боевых войсках — 73 тыс. человек.
В марте в состав армии были введены управления 2 отдельных бригад СпН (обрСпН), в состав которых вошли 4 ооСпН, уже дислоцированных на афганской территории, и 4 новых отряда (один из них был сформирован непосредственно в Афганистане из личного состава частей 40-й армии). В состав 5-й гв. мед вошел введенный под Герат из Союза 12-й гв. мсп.
Кроме этого, 28-й армейский реап (на вооружении которого находились системы залпового огня «Град» и «Ураган») был переформирован в артиллерийский полк самоходных орудий, и 45-й исп был усилен батальоном разграждения (бывшим оидб из Кундуза).
Произошло усиление 70-й гв. омсбр: в нее был введен из Союза 4-й мотострелковый батальон и был окончательно передан в состав бригады дшб 56-й гв. дшбр, вместо которого, в составе последней, был сформирован новый 4-й батальон (в 1980–1985 гг. 56-я гв. дшбр была, фактически, «полком» 3-батальонного состава).
В Кабул был введен новый обо, взявший под охрану некоторые объекты в афганской столице. Два обо (в Кабуле и Пули-Хумри), входивших в состав 278-й дкбр, были переформированы в дорожно-комендандские батальоны. На трассе Кушка-Шинданд был дислоцирован новый батальон 276-й тпбр, построивший и обслуживающий эту ветку трубопровода.
Также произошли некоторые изменения и в штатноорганизационной структуре соединений и частей армии. В марте 1985 года роты химической защиты мотострелковых дивизий были переформированы в огнеметные, в штаты бригады и отдельного полка был введен огнеметный взвод.
Число бапо (в составе дивизий, бригад и некоторых полках 40-й Армии) для работы среди местного афганского населения было доведено до 15 отрядов.
В конце 1985-го — начале 1986 г. двум бригадам брСпН были приданы по овэ, переброшенной из Союза.
На 1 июля 1986 года в состав 40-й армии входило 133 батальона и дивизиона (не считая вспомогательные и тыловые части и подразделения). Из них 82 батальона (или 61,7 %) выполняли на созданных 862 сторожевых заставах охранные функции: 23 — охраняли коммуникации, 14 — аэродромы, 23 — различные военные и экономические объекты, 22 — населенные пункты и местные органы власти. К ведению активных боевых действий привлекался только 51 батальон. На вооружении армии находилось около 29 тысяч единиц боевой техники (в т. ч. до 6 тысяч танков, БМП и БТР).
В 1986 года начинается сокращение численности 40-й армии, прежде всего за счет вспомогательных и тыловых частей.
Широко разрекламированный вывод в конце 1986 года 6 советских полков из Афганистана был, отчасти, пропагандистским трюком. Из этих частей только 4 полка были боевыми — 3 зенитных (2 зрп и 1 зенап — из состава 3 мед) и 1 танковый (из 5-й гв. мсд). Остальные — 2 «мотострелковых полка» были укомплектованы военнослужащими различных подразделений, увольняемыми в запас, и военными строителями 342-го уир, выводимого в Союз. Также было выведено большинство батальонов 58-ой автбр. (оставшиеся батальоны были подчинены 59-й брмо). Всего было выведено 15 тысяч человек, 53 танка и 200 БМП/ БТР.
С 15 мая 1988 года, после заключения в апреле Женевского соглашения по Афганистану, начался первый этап вывода советских войск из Афганистана. Численность 40-й ОА на момент вывода составляла 100,3 тысячи человек, и дислоцировалась она в 179 военных городках (32 гарнизона).
В подготовительный период, с апреля до середины мая 1988 года, подразделения из отдельных небольших гарнизонов (Асадабад, Бамиан, Бараки, Гульбахар, Руха, Чагчаран, Шахджой) были выведены в основные пункты дислокации своих частей.
В мае — августе покинули Афганистан советские части из Джелалабада (66-я омсбр, обо, 335-й обвп и 15-я обрСпН, без 2 отрядов), Газни (191-й омсп, обо, 239-я овэ), Гардеза (56-я гв. дшбр), Файзабада (860-й омсп), Кабула (58-я автбр, другие части обеспечения и обслуживания). На юге были оставлены — Лашкаргах (22-я обрСпН, 205-я овэ), Кандагар (70-я гв. омсбр, 280-й овп и обо). Из Кундуза в Союз вернулись 181-й овп и части обеспечения 201-й мед (остальные части дивизии были передислоцированы из Кундуза в район Ташкургана). Из состава 45-го исп были выведены батальоны спецминирования и разграждения.