В таких условиях, когда власти на местах не справлялись, а сыщики годами боролись с преступностью, оставался всего один шаг до закрепления сложившегося положения дел на бумаге. Именно это и было сделано в Новоуказных статьях по разбойным и татебным делам 1669 г., вводивших сыщиков как институт на постоянной основе.
Такое положение дел сохранялось не более 10 лет. Через некоторое время после смерти царя Алексея Михайловича его сын, царь Федор Алексеевич, проводит новую реформу. В 1679 г. губные старосты вместе с сыщиками были упразднены, а вся находившаяся в их руках власть передана воеводам. Вместе с губными старостами и сыщиками были отменены и другие должности местного управления. Смысл реформы заключался в том, чтобы упразднить большое количество администраторов на местах и передать все их обязанности одним воеводам.
Однако воеводам было очень тяжело справиться с возросшим объемом ответственности. Кроме того, взяв всю власть в свои руки, воеводы часто злоупотребляли своими полномочиями. В целом как в глазах правительства, так и в глазах местного населения у проведенной реформы было немало недостатков, так что указом 1684 г. правительство вернуло и губных старост, и сыщиков.
Еще одним значительным событием в истории Разбойного приказа стало включение в 1681 г. в его территориальную юрисдикцию Москвы, ранее относившейся к Земскому приказу. Вероятно, что после отмены института губных старост и передачи их функций воеводам, вершившим дела самостоятельно, правительство сочло возможным расширить круг обязанностей Разбойного приказа. Кроме того, нельзя исключать, что правительство надеялось, что Разбойный приказ будет успешнее Земского и наведет порядок в столице.
Наконец, 15 ноября 1681 г. Разбойный приказ был переименован в Сыскной, при этом смена названия носила «косметический» характер и не отразилась на деятельности учреждения.
Вскоре после смерти Федора Алексеевича, весной 1682 г. в Москве произошло восстание стрельцов. В этих событиях Сыскной (Разбойный) приказ также сыграл определенную роль. В июле 1682 г. во главе Разбойного приказа находился Андрей Иванович Хованский, а в августе месяце его сменил Петр Иванович «Змей» Хованский. При А. И. Хованском Разбойный приказ участвовал во взыскании долгов и правеже жалования, которое потребовали восставшие, что свидетельствует о том, что Разбойный приказ, как и некоторые другие учреждения, принял активное участие в выколачивании денег с противников Хованских.
Некоторые подробности о той роли, которую сыграл Сыскной приказ в событиях весны — осени 1682 г., содержатся в докладе, вынесенном на рассмотрение царю и боярской думы 21 октября 1682 г. Содержание этого документа, кажется, не попавшего в поле зрения исследователей событий Второй московской смуты, говорит о том, что весной — осенью 1682 г. по челобитью стрельцов отписывались поместья у стольников и полковников, возглавлявших их воинские части. Конфискация и продажа земельных владений проводилась по грамотам из приказа Надворной пехоты и Сыскного приказа. Однако, как только Софья Алексеевна и ее братья, великие государи Петр и Иван, взяли власть в свои руки, они повелели вернуть земли прежним хозяевам, хотя в некоторых случаях это было непросто, поскольку ряд покупателей уже успел оформить сделку в Поместном приказе. Кроме того, с конфискациями после стрелецкого бунта могло быть связано и назначение в Сыскной приказ в 1682 г. дьяка Осипа Татаринова, который до этого трудился подьячим Поместного приказа с небольшим окладом в 5 рублей.
Вскоре после того, как Смута в Москве наконец-то завершилась, правительство озаботилось обновлением судей в ряде приказов. Среди прочих 11 октября в Разбойный приказ были назначены Михаил Григорьевич Ромодановский и думный дворянин Василий Лаврентьевич Пушечников. При этом сразу после записи об их назначении было прибавлено: «и писать его Разбойным приказом по-прежнему». Скорее всего, изменение названия приказа в этот раз было сделано для того, чтобы постараться забыть о той роли, которую это ведомство сыграло в событиях 1682 г.