На плане здания приказов 60–70 гг. XVII в. канцелярия Разбойного приказа и его Черная палата (тюрьма) занимали крайнюю часть первого этажа дальнего крыла (считая от колокольни Ивана Великого). Рядом с Разбойным приказом стояла его изба, в конце которой располагался вход в данный приказ. Неподалеку от избы находилось еще одно здание (в нем помещались Скорняшная палата и Новая четь), стоявшее у самого Архангельского собора. Таким образом, эта изба была напротив каменных палат Посольского приказа, поблизости от юго-восточного угла Архангельского собора.
Площадь канцелярии Разбойного приказа составляла 18 квадратных саженей (почти 84 м2), чуть меньшее пространство занимала Черная палата. Что же до избы Разбойного приказа, то о ее площади можно судить только приблизительно. Если одна из ее сторон была длиной в 4 сажени, можно определить площадь помещения либо в 8, либо в 12 квадратных саженей (соответственно 37 или 56 м2). Вероятно, в этой небольшой избе дожидались приема челобитчики.
Известно и общее устройство канцелярии Разбойного приказа, помещение которой состояло из двух частей. Первая, небольшая по размерам, представляла собой отделенную от остального пространства перегородкой казенку — что-то вроде рабочего кабинета для приказных судей и дьяков, где хранились коробьи и сундуки с делами, а также деньги. Во второй размещался остальной персонал приказа — около 40 человек (подьячие, приставы и др.), а также челобитчики. Приблизительно такое же число арестантов содержалось в Черной палате, причем самые важные из них находились за решеткой.
Применительно же к плану времени Бориса Годунова и учитывая все вышесказанное, Разбойный приказ следует отождествить с двумя небольшими смежными строениями у дальнего крыла здания приказов, противоположного той стороне, где стояла палата Посольского приказа.
К 1670 г. старое здание московских приказов обветшало настолько, что находиться в нем было опасно для жизни, поэтому в этом же году царским указом многие учреждения перевели в другие помещения. В частности, Разбойный приказ переехал на Новый английский двор, располагавшийся в Китай-городе. Скорее всего, именно там и находилось это учреждение вплоть до 1702 г., когда вскоре после упразднения на его месте обосновался Дворцовый судный приказ.
На новом месте в Китай-городе Разбойный приказ располагался неподалеку от Большой московской тюрьмы, где находилась значительная часть узников, а другие содержались в подвальных помещениях приказа. Известно, что перед воротами приказа находилась площадь, а за ней располагался двор, на котором наказывали преступников и зачитывали царские указы.
Разбойный приказ вырос из боярской комиссии по разбойным делам, которая возглавлялась одним из бояр. В дальнейшем во главе приказа стоял судья, обладавший чином боярина или окольничего, или думного дворянина, или даже печатника, как было в случае с Б. И. Сукиным в 1573–1575 гг. Это неписаное правило несколько раз нарушалось в XVII в., когда данным учреждением руководили стольники кн. И. И. Дашков, кн. М. Л. Плещеев и кн. И. О. Щербатов. И все же, несмотря на редкие исключения, правительство старалось поддерживать обычай, по которому главный судья приказа назначался из состава Боярской думы.
Главе приказа помогал второй судья — человек более скромного происхождения и чина, назначавшийся в XVII в. из стольников, нередко имевших опыт службы сыщика по разбойным делам. Наличие двух судей, как видно из источников, было оправдано тем, что даже если в приказе отсутствовал один из них, то другой мог подменить его без ущерба для деятельности приказа.
В число «начальных» людей также входили два, реже три дьяка. Опираясь на документы второй половины XVII в., можно говорить о том, что дьяки надзирали за работой подьячих, контролировали соблюдение норм судо- и делопроизводства и следили за состоянием казны. Все же ключевые решения принимались судьями, которые слушали дела и по результатам этих слушаний выносили приговоры или указывали на необходимость проведения новых следственных действий.
Многие дьяки и даже некоторые судьи не понаслышке знали о борьбе с преступностью. Приведем некоторые из многочисленных примеров. Так, Григорий Теряев, похоже, был пожалован в дьяки Разбойного приказа прямо из губных старост, подьячий Дмитрий Шипулин в начале 1650 гг. служил с сыщиком П. Шетневым, был пожалован после Рижской службы в дьяки того же приказа, а будущие судьи В. Ф. Извольский и кн. И. И. Дашков в свое время были сыщиками, боровшимися с преступностью в разных уездах по назначению из Разбойного приказа. Таким образом, личный опыт в борьбе с преступностью на местах позволял руководству приказа эффективнее решать стоявшие перед ним задачи.