В канун Рождества 1809 г. Аракчеев, узнав, что с ним не посоветовались при подготовке проекта учреждения Государственного Совета в рамках реформ Сперанского, подал в отставку, которую император удовлетворил. Но вскоре он получил более высокую должность начальника Департамента военных дел Госсовета, которому подчинялся военный министр Барклай-де-Толли. Военные реформы Аракчеева (1809—1811) сыграли огромную роль в противостоянии с наполеоновской военной машиной: благодаря его усилиям появились более маневренные, боеспособные и управляемые шестиполковые дивизии, сведенные в двухдивизионные корпуса; конная легкая артиллерия; полевая артиллерия была сведена в артиллерийские бригады (64 орудия в каждой), в том числе резервные и запасные; были созданы 58 артиллерийских парков для снабжения армии боеприпасами и продовольственные армейские магазины в западных приграничных губерниях. По инициативе Аракчеева был основан Артиллерийский комитет и стал издаваться «Артиллерийский журнал».
Ход Войны 1812 г. он наблюдал из столицы, хотя осенью ему было поручено формирование ополчения и артиллерийских полков. Во время походов 1813—1814 гг. Аракчеев находился в императорской свите. После войны он отказался от звания фельдмаршала, а также от бриллиантов на подаренном ему портрете царя. В послевоенный период Аракчеев по-прежнему оставался прежде всего исполнителем воли монарха. Однако он фактически забрал себе всю власть, став неофициальным докладчиком царю по делам Комитета министров. С 1815 г. он фактически подчинил себе Государственный Совет, Комитет министров и Императорскую канцелярию, а с 1818 г. заведовал делами Комитета министров.
Но 20 декабря 1825 г. Николай I отстранил его от обязанностей члена Госсовета и от управления делами правительства, а в апреле 1826 г. граф был отправлен в отпуск с должности начальника военных поселений. После возвращения из отпуска Аракчеев жил в Грузино, где создал заемный банк для крестьян, построил дороги с твердым покрытием и бесплатный госпиталь. К концу жизни от стал обладателем дипломов Российской академии наук, Общества истории и древностей российских при Московском университете, Общества любителей коммерческих знаний и пр. Так как он не оставил наследников, то после его смерти 21 апреля 1834 г. Николай передал имение и капитал в 1,5 млн руб. в распоряжение Новгородского кадетского корпуса, который стал именоваться Аракчеевским.
Военные поселения. Идея военных поселений первоначально пришла из Европы: эту идею вынашивал еще Павел I, а затем ее перенял Александр I, опиравшийся на работу французского генерала Сервана «О военных действиях на границе». Рекрутский набор в это время производился один раз в пять лет из расчета один рекрут от 1000 душ, а при необходимости чаще. Подобная система была очень дорогостоящей. В целях решения финансовых проблем в 1810—1811 гг. в Могилевской губернии было создано первое военное поселение путем устройства солдат на земле. Но в связи с начавшейся войной полк был отправлен в поход, а идея военных поселений временно забыта.
Но в 1816 г. они стали создаваться вновь, но уже на других принципах: теперь население определенного района, к которым подселялись солдаты, превращалось в военных поселян, обязанных заниматься земледелием и военной службой. Мальчиков с семи лет стали обучать военному делу, определив их военными кантонистами. Гарнизоны образовывались из отдельных домов-связей, в которых располагалась рота численностью 228 человек. В доме жили четыре семьи, имевшие общее хозяйство. Аракчеев сначала выступил против военных поселений, но когда царь утвердил графа в должности их начальника (с 1819 г. – начальника штаба над военными поселениями, а в 1821—1826 гг. – главного начальника Отдельного корпуса военных поселений), то Аракчеев стал проводить эту систему в жизнь. В 1816—1817 гг. одна дивизия была поселена на землях государственных крестьян Новгородской губернии, а еще две – в Херсонской губернии и на Слободской Украине. К 1820 г. в Новгородской губернии были размещены 90 батальонов пехоты и 36 батальонов кавалерии, а 250 эскадронов кавалерии – в украинских поселениях Херсонщины и Слободской Украины. Военные поселяне к 1825 г. составляли 374 тыс. государственных крестьян и казаков и 131 тыс. солдат. Тем самым на самоокупаемость была переведена значительная часть всех регулярных войск, затраты на организацию которых быстро окупились. А.А. Аракчеев сумел превратить военные поселения в прибыльные, ухоженные хозяйства: к концу царствования Александра I их капитал составлял 26 млн руб. Вместе с тем жесткая регламентация жизни, подкрепленная системой различных наказаний, вызывала неоднократные бунты военных поселян.