С 1865 г. началась военно-судебная реформа, в основе которой лежало внедрение принципов гласности, состязательности сторон и отказ от телесных наказаний. Были установлены три судебные инстанции – полковой, военно-окружной и главный военный суд. В 1860-х гг. по инициативе военного ведомства началось строительство стратегических железных дорог, а в 1870 г. сформированы специальные железнодорожные войска. Реорганизации армии сопутствовала коренная перестройка старых оружейных заводов и строительство новых, благодаря чему в 1870-е гг. завершилось перевооружение армии. Реформа военно-учебных заведений предусматривала создание военных и юнкерских училищ, в которые с 1876 г. стали принимать лиц всех сословий.
Во главу реформы были поставлены проблемы престижа военной службы и корпоративности военного сословия. Этим целям служило создание военных библиотек, образование военных клубов, сначала офицерских, а в 1869 г. было создано первое солдатское собрание с буфетом и библиотекой. Составной частью реформы стало и улучшение материального положения офицеров: с 1859 по 1872 г. как минимум на 1/3 (для многих категорий в 1,5—2 раза) были повышены выплаты и жалованье. Столовые деньги офицеров составляли от 400 до 2000 руб. в год, тогда как обед в офицерском клубе стоил всего 35 коп. С 1859 г. стали создаваться кассы для офицеров и других чинов для выплаты пенсий и пр. Для всех чинов давались заемные ссуды под 6% годовых.
1 января 1874 г. был утвержден Устав о воинской повинности, согласно которому на воинскую службу по жребию призывались с 20 лет. Срок составлял шесть лет действительной службы и девять лет в запасе для сухопутных войск и семь и три года соответственно для флота. От службы освобождались единственный сын у родителей, единственный кормилец в семье и некоторые национальные меньшинства. Для окончивших начальную школу срок службы сокращался до четырех лет, для выпускников городских училищ составлял три года, для окончивших гимназию – полтора года, а для выпускников вузов – несколько месяцев.
Церковная реформа. К середине века отношения между государством и церковью находились в кризисе, поэтому в период Великих реформ церковь стремилась к самоуправлению и к духовному лидерству. Начало церковному вопросу положила изданная за границей «Записка протоирея города Калязина Белюстина о сельском духовенстве в России». Он был сослан решением Синода на Соловки, но Александр II отменил это решение. Автором церковной реформы следует считать преимущественно П.А. Валуева, который протестовал против полицейских методов содействия государства интересам церкви и политического употребления религиозных верований. Он высказал идею укрепления Православной церкви за счет развития ее внутренних сил при соответствующей политике правительства.
С отменой крепостного права церковные структуры были призваны стать эквивалентом благотворительных функций помещика, для чего было создано Особое присутствие по делам православного духовенства в составе Министерства внутренних дел (МВД) (в 1861—1868 гг. этот пост занимал П.А. Валуев), министра госимуществ, шефа жандармов и обер-прокурора, председателем которого стал петербургский митрополит. В 1864 г. был проведен ряд церковных реформ, направленных на развитие самоуправления церкви (обер-прокурор Д.А. Толстой). Были созданы приходские попечительства (союзы клириков и мирян) под руководством церковного старосты и возрождены церковные братства в целях просветительства, благотворительности, издательской и миссионерской деятельности. Приходское духовенство получило право избирать благочинных, которые ведали несколькими церквями, и собираться на епархиальные съезды. Разрушению сословной замкнутости духовенства способствовал запрет 22 мая 1867 г. наследственной передачи приходов сыновьям и зятьям. Закон 26 мая 1869 г. «Об устройстве детей лиц православного духовенства» сохранил за ними права на духовное образование, но не принадлежность к духовному званию. В 1864 г. детям духовенства разрешили поступать в гимназии, а с 1866 г. – в военные училища. С 1867 г. правом поступления в духовные семинарии стали пользоваться все православные, а не только дети духовенства.