Во время пребывания своего в Вильне, лаская поляков, в надежде привязать их к России, император Александр входил во все подробности управления армиями. Можно было предполагать, что себе лично он предоставлял верховное командование ими, так как главнокомандующие армиями: Барклай-де-Толли, князь Багратион и Тормасов не были подчинены друг другу. Но общего плана военных действий выработано не было, инициативу их предоставляли Наполеону. Армии наши оставались разобщенными, потому, что не знали, куда именно направит Наполеон свой главный удар: к северу или к югу. Казачьи разъезды и разведчики наши по течению Немана от Гродно до Юрберга, сообщали лишь о скоплении на левом берегу Немана огромных неприятельских сил. Между тем Наполеон приехал в лагерь под Вильковиском, по дороге в Ковно, и здесь отдал следующий приказ:
«Солдаты! Вторая война польская началась. Первая кончилась под Фридландом и Тильзитом. В Тильзите Россия поклялась на вечный союз с Францией и войну с Англией. Ныне нарушает она клятвы свои и не хочет дать никакого объяснения о странном поведении своем, пока орлы французские не возвратятся за Рейн, предав во власть ее союзников наших. Россия увлекается роком! Судьба ее должна исполниться. Не считает ли она нас изменившимися? Разве мы уже не воины аустерлицкие? Россия ставит нас между бесчестием и войною. Выбор не будет сомнителен. Пойдем же вперед! Перейдем Неман, внесем войну в русские пределы. Вторая польская война, подобно первой, прославит французское оружие, но мир, который мы заключим, будет прочен и положит конец пятидесятилетнему кичливому влиянию России на дела Европы».
12-го июня, после полуночи, в присутствии Наполеона совершена была переправа главных его сил, через Неман, между Ковно и Понемунями, для чего наведены были три моста. Почти одновременно переправились в разных местах и прочие части огромной французской армии, всего до 400 000 человек с 1300 орудий, не встретив со стороны русских никакого сопротивления. План Наполеона был прост. Сам он с гвардией и с корпусами маршалов: Даву, Нея и Удино двинулся по дороге в Вильну, чтобы разбить по одиночке разобщенные корпуса 1-й армии; в то же время брат его, король вестфальский Иероним, должен был напасть с 80 000-й армией на армию князя Багратиона; в промежутке же между Наполеоном и Иеронимом вице-король итальянский Евгений Богарне, также с 80 000-й армией, движением на Новые Троки должен был помешать соединению Барклая де Толли с Багратионом и прекратить между ними всякое сообщение. Вместе с тем, маршал Макдональд переправился у Тильзита для осады Риги, а австрийский корпус князя Шварценберга вступил в Минскую губернию.
Донесение наших разъездов о переправе французов через Неман и о занятии ими Ковно получено было в Вильне вечером 12 июня во время бала в Закрете, данного императору его генерал-адъютантами. Но Александр уже имел сведения о готовящейся переправе французов и еще днем отдал чрез Барклая де Толли приказ о сосредоточении войск 1-й армии позади Вильны, у Свенцян. Тогда же послано было повеление Багратиону о начатии военных действий. 13 июня отдан был следующий приказ по армиям: «С давнего времени примечали Мы неприязненные против России поступки французского императора, но всегда кроткими и миролюбивыми способами надеялись отклонить оные. Наконец, видя беспрестанное возобновление явных оскорблений, при всем нашем желании сохранить тишину, принуждены Мы были ополчиться и собрать войска Наши, но и тогда, ласкаясь еще примирением, оставались в пределах Нашей империи, не нарушая мира, а быв токмо готовыми к обороне. Все сии меры кротости и миролюбия не могли удержать желаемого Нами спокойствия. Французский император нападением на войска Наши при Ковно открыл первый войну. Итак, видя его никакими средствами непреклонного к миру, не остается Нам ничего иного, как, призвав на помощь Свидетеля и Защитника правды, Всемогущего Творца Небес, поставить силы Наши против сил неприятельских. Не нужно Мне напоминать вождям, полководцам и воинам Нашим о их долге и храбрости. В них издревле течет громкая победами кровь Славян. Воины! вы защищаете веру, отечество, свободу. Я с вами. На зачинающего Бог».
В рескрипте, данном на имя князя Н. И. Салтыкова, оставленного в Петербурге во главе управления, находились знаменательные слова: «Я не положу оружия, доколе ни единого неприятельского война не останется в царстве моем».
Впрочем, тогда же император Александр попробовал вновь вступить в переговоры с Наполеоном на условии, чтобы он вышел из пределов России. С этою целью он отправил на встречу Наполеону с собственноручным к нему письмом генерал-адъютанта Балашова. Задержанный на пути маршалом Даву, Балашов представлен был Наполеону уже по прибытии его в Вильно, в том самом кабинете, откуда отправлял его несколькими днями ранее император Александр. Упоенный успехами завоеватель обошелся с Балашовым высокомерно. В разговоре с ним Наполеон жаловался на ненависть к себе русского императора, грозил высылкой в Россию родственных ему германских владетелей и наотрез отказал в требовании отступить за пределы России». «И теперь еще есть время примириться, — сказал он: — начните переговоры с Лористоном (французским посланником в Петербурге), пригласите его в вашу главную квартиру или отправьте к нему в Петербург канцлера; между тем, заключим перемирие, но ни в каком случае я не отступлю из Вильны». «Не за тем я перешел чрез Неман, чтобы возвращаться», прибавил он, заканчивая разговор. Если император Александр, отправляя Балашова, имел мысль на личном свидании с Наполеоном обсудить все спорные вопросы, то этот ответ должен был показать ему, что бывший его союзник не был расположен повторить Тильзитское свидание. После этого император Александр отказывал уже Наполеону в каких бы то ни было личных сношениях с ним даже чрез посланцев до самого его падения.