Постройка Китайско-Восточной железной дороги из Забайкалья через Маньчжурию во Владивосток в 1897–1901 годах и отказ России допустить САСШ и Англию к экономическому развитию в этом регионе привели к сложению мощного антироссийского блока во главе с этими государствами, где военной силой выступила Япония. Если в Маньчжурии конкуренты не смогли найти согласия, то в апреле 1898 года Россия официально признала преобладания японских экономических интересов в Корее.
САСШ, отобрав в ходе испано-американской войны 1896–1898 годов все владения Испании на Тихом океане, обратили свое внимание к Китаю, который делили на свои сферы влияния все крупные европейские державы. В сентябре 1899 года вашингтонский статс-секретарь (государственный секретарь САСШ) Хэй обратился к великим державам с требованием придерживаться в отношениях с Китаем т. н. доктрины «открытых дверей». На ноту Хэя поспешили дать положительный ответ все державы мира, кроме России, что позволило Японии приобрести еще одного союзника в сокрушении русских позиций на Дальнем Востоке.
Правительство Японии получило возможность действовать в отношении своего северного соседа все более свободно. В марте 1901 года оно перешло к открытым угрозам в адрес России. Россия была вынуждена отказаться от заключения нового договора с Китаем, уступая давлению Японии, Англии и САСШ. 30 января 1902 года в Токио был заключен столь долгожданный Японией ее договор с Англией, который будет совершенствоваться в 1905 г и 1911 годах.
Согласно этим договорам Япония и Англия поддерживали друг друга при вмешательстве во внутренние дела Китая и Кореи. Англо-японский договор 1902 года имел антироссийскую направленность, поскольку обязывал Англию удерживать европейские державы от поддержки России, если последняя подвергнется японской агрессии. Одновременно, Англия выдавала Японии кредит на ведение военных действий и давала возможность строить на своих верфях современные военные корабли для ВМС микадо.
Российская дипломатия предприняла ответный ход, и 20 марта 1902 года была подписана русско-французская декларация, которая не обязывала Францию оказывать России военную помощь. Поэтому одновременно Россия подписывает с Китаем соглашение по Манчьжурии, обязуясь вывести из Квантуна в течение 18 месяцев все свои войска.
В конце лета 1902 года Япония вновь предлагает России отказаться от контактов с Кореей и признать японский протекторат над этой страной взамен японских гарантий на использование КВЖД, хозяйственной деятельности в ее полосе отчуждения и право ввода в эту полосу российских войск.
Министр иностранных дел России В.Н. Ламсдорф предлагал принять предложения Японии, понимая, что за ней стоят САСШ и Англия, военному союзу которых противиться сил у России не было. Влиятельный министр финансов С.Ю. Витте был несколько воинственнее, предлагая торговаться с Японией за более широкие экономические права России в Маньчжурии, но без употребления военной силы. Наиболее миролюбиво был настроен военный министр А. Н. Куропаткин, который предлагал контролировать север Маньчжурии как форпост Приамурья и Приморья. Император Николай II Романов пошел против национальных интересов России на поводу великого князя Александра Михайловича и связанной с ним придворной т. н. «безобразовской клики», в которую входили цвет дворянской аристократии: Юсуповы, Воронцовы-Дашковы, Сумароковы-Эльстоны и др., которые имели в Маньчжурии и Корее огромные лесные, сельскохозяйственные и транспортные частные концессии. Например, одному только А.М. Безобразову в Корее принадлежала лесная концессия с площадью лесов более 100 тыс. кв. км.
В мае 1903 года Безобразов был назначен на должность статс-секретаря Особого комитета по делам Дальнего Востока, а усилиями коммерчески связанной с ним высшей аристократии Николай II учредил царское наместничество на Дальнем Востоке, что придавало действиям Безобразова сугубо автономный характер с непосредственным подчинением царю и отсутствием контроля. Наместником был назначен адмирал Е.И. Алексеев, также финансово связанный с «безобразовской кликой». Эти два человека определяли государственную политику России на Дальнем Востоке, в основном проводя ее в интересах частных концессионеров, а не национальных интересов России. В частности, не было выполнено соглашения с Китаем о выводе к 8 апреля 1902 года русских войск из Маньчжурии, за выполнением которого внимательно следила Япония и стоящие за ней могущественные силы Запада.
«Безобразовцы» стояли за «твердый курс» в отношении с Японией, имея в виду, что выполнение взятых Россией обязательств по Корее и Маньчжурии лишит их колоссальных доходов. В этом пункте они преступали через национальные интересы, состоявшие в сохранении стабильности в государстве. Как высшие государственные чиновники России на Дальнем Востоке Безобразов и Алексеев были ответственны за переоценку военной готовности России и недооценку вооруженных сил Японии.
Окончательно установив, что Россия находится в полной дипломатической изоляции (русско-французский договор не распространялся на Дальний Восток), а Япония обеспечена военной и финансовой поддержкой САСШ и Англии, микадо отдает 14 декабря 1903 года распоряжение своему правительству о подготовке к войне с Россией. 6 февраля 1904 года Япония заявила России о прекращении переговоров, которые велись сторонами с лета 1902 года.
Япония была готова к этой войне. Один из важнейших и влиятельнейших государственных деятелей этой страны того времени граф Окума заявил: «Мы должны воевать с Россией из принципа. Нам необходимо перебраться на материк. Наши земледельцы сеют хлеб на скалах. У нас нет земли, где мы могли бы работать. Нам необходимо бороться не на жизнь, а на смерть». В отличие от этой позиции деятели «безобразовской клики» на одни весы положили свой личный интерес, с одной стороны, и безопасность России, с другой. Очевидно, что мотивы японцев были более весомы, что сказалось на всем ходе русско-японской войны.
В день прекращения переговоров с Россией, 6 февраля 1904 года, Соединенный флот микадо под командованием вице-адмирала Того вышел из базы Сасебо во Внутреннем море и взял курс на Порт-Артур. В 23.30 8 февраля 1904 года императорский флот атаковал русские броненосцы на рейде Порт-Артура: Япония напала на Россию без предварительного уведомления о ее причинах и ее начале.
Япония одержала победу в русско-японской войне. Но серьезные потери, экономические трудности и обостряющееся внутриполитическое положение заставили японское правительство искать выход из войны задолго до ее окончания. Посредником по просьбе Японии выступил президент САСШ Т. Рузвельт, который призвал весной 1905 года воюющие стороны начать мирные переговоры. 24 мая т. г. в Царском Селе состоялось заседание Особого совещания во главе с российским императором, давшее согласие на предложение Рузвельта.
Портсмутский мирный договор между Россией и Японией был подписан 23 августа 1905 года. Россия признавала Корею сферой влияния Японии, уступала ей права аренды Квантунского полуострова с Порт-Артуром и Дальним, передавала без оплаты южную ветку Южно-Маньчжурской железной дороги, а также южную часть Сахалина до 50-й параллели. Пункт о военной контрибуции (военные расходы Японии на войну — 2 млрд иен, в ценах 1905 г., или 70 млрд долл. в ценах 2008 года) был отклонен Россией и не был поддержан САСШ.
Следует отметить, что с началом войны все посольство Японии покинуло Петербург и перебралось в Стокгольм. Здесь военный атташе М. Акаси по поручению японского правительства наладил активную деятельность против Российского государства. На нужды партии социалистов-революционеров для свержения царского режима полковник Акаси лично передал представителям радикальных организаций более 40 млн долл. в ценах 2008 года. В том числе, на эти деньги были закуплены за границей более 10 тыс. винтовок, около 1000 револьверов и более 500 тыс. патронов к ним, а также более 3 тонн динамита и 2 тысячи детонаторов; все это военное имущество было направлено в Россию для подпитки революции.