Еще в 1932 году я с группой других студентов порвал с РСХД, руководитель которого в Прибалтике И. А. Лаговский начал активно проводить антисоветскую политику и вербовать среди членов боевиков и политпропагандистов. Быть врагом своей родины я не хотел. Меня оставили при университете в аспирантуре.
Моя работа при университете продолжалась полтора года. В этот же период и было положено начало моему постепенному отходу от веры. Занимаясь изучением Библии, я прежде всего столкнулся с проблемой так называемой богодухновенности Библии. Студенты ленинградских духовных школ, думается, вспомнят, как часто я говорил на лекциях и уроках: "По учению православной церкви" или: "Православное богословие считает". Это я делал в каждом случае, когда внутренне не мог согласиться с тем учением, которое, как профессор православной школы, обязан был раскрывать и освещать учащимся. И вот именно тогда еще я, самостоятельно занимаясь проблемами библеистики, увидел из доводов и открытий подлинной науки, что Библия составлялась постепенно, развивалась в процессе исторической жизни еврейского народа век за веком, что отдельные книги ее принадлежат совсем не тем авторам, которым их приписывает традиция. Я увидел, что в Библии, - несомненно, нужном для исторической науки памятнике древней письменности, - сложно переплетаются мифы и сказки Древнего Востока, летописные и фольклорные предания, образы древней литературы и поэзии, магические заговоры эпохи человеческой дикости - словом, что она не имеет ничего общего с откровением бога на земле.
Начавшийся в Эстонии в 1936 году расцвет национализма вынудил меня покинуть университет. Я получил русский приход в Таллине, преподавал на русских частных богословских курсах, продолжал писать и печататься, но в моей душе жила глубокая неудовлетворенность.
А затем началась Великая Отечественная война. Год в Советской Армии, демобилизация и работа священником в Перми. В конце войны меня перевели в освобожденный Таллин. В 1946 году я узнал о готовящемся открытии Ленинградской духовной академии. Осенью я уже был в Ленинграде, чтобы начать работать профессором кафедры священного писания Ветхого завета. На меня возложили еще должность инспектора (проректора) академии.
Инспекторствовал я три года и год был "врио" ректора. Я навидался косности, ограниченности, тупости кастового духовенства и хотел воспитывать новых будущих служителей церкви всесторонне развитыми, далекими от суеверного фанатизма, наставниками в доброй активной жизни и здоровой нравственности. При мне воспитанники ходили в театры, устраивались постоянные киносеансы, поощрялось чтение художественной литературы, проводились лекции по общеобразовательным и политическим вопросам, вечера вопросов и ответов.
Результатом были крупные неприятности: я-де веду слишком светскую линию, мало внимания отдаю постам и бдениям... Надо, чтобы воспитанники жили, по существу, одной святоотеческой литературой и были вместе с пресловутыми "святыми отцами" людьми, стоящими на уровне культурного и научного развития первых пяти веков нашей эры. Я подал в отставку с поста инспектора.
Я не отметил, что по возвращении в освобожденный Таллин я не нашел свою семью. Запуганная фашистской пропагандой и получив ложные сведения о моей смерти, моя жена с двумя дочерьми выехала в Германию. Позже я узнал, что она развелась со мной и, выйдя замуж, увезла моих детей за океан. В 1951 году я вступил во второй брак. Мне пришлось за это испытать немало упреков от фанатиков. Находились церковные руководители, которые всерьез мне говорили: "К чему вам брак, живите, с кем хотите. Вы же не старик. Это вам простят, только бы все было без шума. Но канонов не нарушайте..." Я же хотел и в личной жизни быть честным человеком... Это, по-видимому, понял и патриарх. Я подал прошение о снятии с меня сана. Но, увы, и это не избавило меня от рясы. Патриарх, не желая подавать другим примера к снятию сана, предпочел оставить меня в академии профессором и "под вечным запрещением в священнослужении", но с ношением рясы. На лекциях я должен был продолжать носить это ярмо отсталости и регресса.
Между тем я пережил еще один этап своего развития. В 1948-1949 и 1949-1950 учебных годах я, помимо своего предмета, взялся читать маленький курс истории религии, который решено было ввести в академии. Работа над историей религии завела меня много дальше той православной благочестивой "наукообразности", которую я должен был преподавать ради обличения безбожия, по мысли вводившего этот курс митрополита Григория.
Углубленное, подлинно научное сравнительное изучение религии дало моему формировавшемуся многие годы атеизму то последнее звено, которого мне недоставало. Все у меня встало на свои места. Мир религии представился единым процессом развития превратных представлений и суеверий, отражением земных отношений в пустых небесах, где нет места никаким высшим духовным силам.
От "причастия святых тайн" корни протянулись к диким кровавым обрядам ряда первобытных народов, священники и архиереи побратались с шаманами, священное писание стало окончательно документом и проповедником рабовладельческой морали, бог по отношению к верующим - небесным отражением некоего универсального рабовладельческого идеала, для которого все и навсегда рабы, чаще всего дурные. И сам сатана оказался не врагом божьим, а в лучшем случае божьим чиновником по особо щекотливым карательным поручениям.
В 1955-1956 году я был привлечен в качестве ученого редактора к новому изданию Библии и отдельно - Нового завета с Псалтырью. Работа над Библией влекла меня, но меня угнетало сознание, что издание будет использовано не в научно-исторической и историко-критической работе, а как средство религиозной пропаганды и одурманивания человеческих душ.
В этот же период в "Журнале Московской патриархии" я поместил ряд статей в защиту мира, дела для меня всегда близкого и дорогого. Скоро, однако, должен был прекратить эту работу, так как от меня требовали по возможности голой елейности, на что я мало способен.
Мое решение порвать с религией все более оформлялось и крепло. Почему я не ушел из академии несколько лет назад? Процесс формирования моего мировоззрения шел от этапа к этапу. Я не сразу преодолел то преклонение перед несуществующей, абстрактной моралью вообще, которую проповедует религия. Потом многое время я думал, что могу принести некоторую пользу людям, стараясь своим воздействием воспитывать в церкви, - уж раз она есть и верующие ходят в храмы, - пастырей, которые если и будут говорить о вере, то по крайней мере не будут проповедниками грубых суеверий фанатизма.
Однако с каждым годом я убеждался все более и более, что решение мое неверно. За спинами тех людей, которые пытались быть такими, как это мне хотелось, гнездились, спекулируя на их светлых чертах, тысячи грязных трутней. И мои усилия быть носителем и учителем передовой науки и культуры при том общем регрессивном направлении, которое придавалось всему воспитательному процессу в духовных школах, оказывались только водой на мельницу проповеди тьмы и отсталости. Меня коробило, когда в академии на "ученых советах" разбирались кандидатские диссертации вроде "работы" "О злых духах", где, к примеру, говорилось, что сатана является и поныне, но без рогов и копыт, а в виде красивого голого мужчины с бронзовым лицом и телом (диссертация Миронова).