Тем временем, скончавшегося в 1910 году Реймона сменил в Сальпетриере Дежерен, враждебно относившийся к Жане и его работе. К тому же многие специалисты, такие как Бабинский, признавали только неврологическую сторону учения Шарко и с подозрением относились к Жане, обвиняя его в том, что он повторяет ошибки Шарко. Мы не знаем точно, какие интриги были использованы для того, чтобы лишить Жане его лаборатории и прежних палат Шарко. Однако в Сальпетриере были палаты, которые вели другие врачи, среди них доктор Нажеотт, невропатолог, интересы которого лежали прежде всего в области гистологии мозга. Он читал курс лекций по этому предмету в Коллеж де Франс. Нажеотт предоставил в распоряжение Жане небольшую палату, в которую тот мог поместить нескольких пациентов и регулярно посещать их. Это двусмысленное положение Жане не давало ему возможности проводить практические занятия со студентами, так что ему приходилось отказывать многим изъявлявшим желание посещать его занятия в условиях клиники.
Однако известность Жане продолжала расти. 24 сентября 1904 года он прочел лекцию по психопатологии на международном конгрессе, прошедшем во время Всемирной Выставки в Сент-Луисе в США; конгресс проводился под председательством доктора Эдварда Коулса, а секретарем секции был выбран доктор Адольф Мейер.34 Согласно воспоминаниям родственников, Жане с большим энтузиазмом относился к Соединенным Штатам Америки и вспоминал восторженный прием, оказанный ему в Сент-Луисе, Бостоне, Чикаго и других местах. Он посетил Скалистые Горы и Ниагарский водопад. В июне 1906 года Жане ездил в Лондон в составе делегации Коллеж де Франс, участвовавшей в празднествах, организованных Лондонским университетом. В том же 1906 году он вторично посетил Соединенные Штаты, где по приглашению Гарвардского университета в октябре-ноябре прочел состоявший из пятнадцати лекций курс по истерии.35 Жане также принимал участие в различных международных конгрессах в Риме (1905 год), Амстердаме (1907 год) и Женеве (1909 год).
В августе 1913 года в Лондоне проводился Международный медицинский конгресс. Психиатрическая секция конгресса организовала сессию, посвященную обсуждению психоанализа Фрейда. Жане должен был выступить с критикой этого учения, а Юнг - с его защитой. Критика Жане касалась двух моментов: во-первых, он сам претендовал на приоритет в открытии катартического излечения неврозов методом выявления происхождения травмы и считал, что психоанализ является развитием этой фундаментальной идеи. Во-вторых, он подверг резкой критике метод символической интерпретации снов Фрейда и его теорию сексуального происхождения неврозов. Жане считал психоанализ «метафизической» системой.36 Позднее мы вернемся к этой памятной конференции 8 августа 1913 года и опишем посвященный психоанализу доклад Юнга и последовавшую за ним дискуссию. Во время своего выступления Жане, казалось, отошел от свойственной ему тактичной манеры ведения научной дискуссии. Обычно он с величайшим вниманием относился к перечислению источников получения информации и всегда воздавал должное своим предшественникам, даже если дело касалось самых незначительных деталей.
Однако он ожидал подобного отношения и от других, и потому у него, несомненно, вызвало раздражение то, что Фрейд, как казалось Жане, развивал принадлежащие ему идеи, не удосуживаясь сослаться на их создателя. Позднее Жане сожалел о том, что позволил себе проявить по этому поводу раздражение, но он до конца дней считал, что Фрейд поступил по отношению к нему несправедливо. Однако, когда в июне 1914 года Фрейд подвергся резкой критике на заседании Терапевтического Общества, Жане защищал его, что было актом большого гражданского мужества, если учесть растущие антигерманские настроения во Франции. Его статья в защиту Фрейда была напечатана в «Revue de Psychotherapie» в 1915 году, когда в Европе уже бушевала война.37
Начиная с 1910 года Жане развивает свой метод преподавания, пытаясь создать более совершенную систему «иерархических функций сознания». Проведенное Жане в 1915 году исследование алкоголизма отражает его озабоченность социальными и национальными проблемами. В потоке воинственного джингоизма, охватившего во время Первой мировой войны как Францию, так и Германию, лишь несколько ученых сумели не поддаться шовинистическим идеям. Во всех работах Жане, относящихся к этому периоду, невозможно найти ни малейшего намека на шовинизм, несмотря на то (а возможно, именно из-за того), что его мать была родом из Эльзаса и некоторые из его родственников, вероятно, состояли в немецкой армии, в то время как другие воевали на стороне французов.