Тот год еще не закончился, когда началась II мировая война. В начале оккупации Жане и его супруга уехали из Парижа и жили в течение некоторого времени на юге Франции в Лединьяне у своих друзей, профессора Жоржа Люма и его жены, но вскоре решили вернуться в Париж. Помимо страданий, испытываемых всей нацией в это время, Жане пришлось пережить и личные утраты - он потерял в этот период многих близких родственников и друзей. Уже в январе 1940 года скончался его зять, Эдуард Пишон. Сестра Жане, Маргарита, и его брат Жюль умерли в 1942 году, а в октябре 1943 года, незадолго до пятидесятилетней годовщины их свадьбы, скончалась мадам Жане. В январе 1944 года умер их сын Мишель, в 1945 году - жена брата Жане, и за ними последовали многие дорогие ему друзья.
После смерти жены Жане продолжал жить в своей большой квартире на Рю де Варенн с дочерью Фанни. В 1942 году доктор Жан Деле, который когда-то был одним из студентов Жане, был назначен профессором психиатрии и директором психиатрической клиники Св. Анны при университете в Париже. Он пригласил Жане, посещать клинику каждую неделю и осматривать нескольких пациентов.47 У Жане вновь пробудился интерес к психиатрии, и на протяжении всего учебного года (1942-1943 годы) в возрасте восьмидесяти трех лет он регулярно посещал лекции профессора Деле, вызывая восхищенные взгляды студентов, слушавших этот курс. Они поражались тому, с каким страстным интересом этот великий старик относился к занятиям. По просьбе администрации Жане сам прочитал студентам несколько лекций. Будучи необычайно наблюдательным, Жане не мог не заметить достижений новой психиатрии, столь сильно отличающейся от той, которую он изучал в Сальпетриере. Он был счастлив, что некоторые его собственные идеи получили в это время новое воплощение. Разработанный к тому времени наркоанализ явился реализацией его предсказания о том, что проявится новый метод лечения алкоголизма с помощью погружения пациента в гипнотическое состояние введением химических препаратов, и Жане отмечал сходство между нарко-гипнотическим лечением психических травм и экспериментами, которые он сам проводил когда-то со своими первыми пациентами в Гавре.48 Жане проявлял большой интерес к электрошоковой терапии, наблюдая, как больной, почти год безуспешно подвергаемый психоанализу, излечился от депрессии в результате третьей попытки применения электрошока.49
В августе 1946 года Жане был приглашен в Цюрих, где его принимал в психиатрической больнице Бургхольцли профессор Манфред Блейлер, сын Юджина Блейлера, с которым Жане был хорошо знаком. Жане выступил в этой психиатрической больнице, а также в Швейцарском Обществе прикладной психологии.
В 1947 году Жане продолжал работать над книгой по психологии веры, но эта работа осталась незаконченной. Он скончался в ночь с 23 на 24 февраля 1947 года в возрасте восьмидесяти семи лет. Погребальная служба была проведена в церкви Св. Клотильды в Париже, а похоронен был Жане на кладбище в Бург-ла-Рейн рядом с матерью, отцом, женой, братом и женой брата. На его надгробии высечена простая надпись: Пьер Жане 1859-1947.
Личность Пьера Жане
С точностью оценить личность Пьера Жане довольно сложно. Он всегда проводил четкую границу между своей деятельностью и частной жизнью и всячески старался избежать внимания со стороны публики, постоянно отказываясь давать интервью журналистам50 и редко раскрываясь даже во время бесед с близкими друзьями. Пьер Жане был невысокого роста, в молодости имел худощавое телосложение, но с годами приобрел более плотную фигуру, у него были каштановые волосы, карие глаза, густые темные брови и всегда хорошо ухоженная борода. Многие вспоминают о нем как об активном и живом человеке, подвижном, остроумном и блестящем собеседнике. Другие описывают его как очень сдержанного человека, выслушивающего собеседника с сосредоточенным вниманием, склонного впадать в глубокие раздумья и имеющего склонность к депрессии. По-видимому, эти две грани его личности являлись отражением живой и активной индивидуальности матери Жане, с одной стороны, и «психастенического» отца, с другой. Обе эти грани можно проследить и на фотографиях, сохранившихся от Пьера Жане.
На парадных фотографиях, для которых он специально позировал, Жане запечатлен с выражением спокойного внимания, но на снимках, сделанных неожиданно, мы видим его ведущим с собеседником оживленный разговор. У него был четкий и разборчивый почерк. Как и большинство ученых того времени, Жане вел активную переписку со своими коллегами. Он никогда не диктовал писем секретарю, всегда писал их сам, а затем перепечатывал свои рукописи.