Аднак самым каштоўным творчым здабыткам Манюшкі з'яўляюцца яго оперы. Сярод іх найбольшую папулярнасць заваявала «Галька», лібрэта да якой напісаў дваццацідвухгадовы варшаўскі паэт Уладзімеж Вольскі. 1 студзеня 1848 года оперу выканалі віленскія аматары. Хутка кампазітар паслаў партытуру ў Варшаву. Але «Галька» не спадабалася цэнзуры: хаця сацыяльны канфлікт у оперы быў падменены маральным, асабістым канфліктам ашуканай горскай дзяўчыны Галькі і паніча,— у творы адкрыта гучаў пратэст супраць прыгнёту. На пыльных паліцах варшаўскай тэатральнай бібліятэкі опера праляжала доўгіх дзесяць год.
Услед за «Галькай» Манюшка прыступіў да стварэння сваёй агульнавядомай «Байкі». Гэта быў невялікі сімфанічны твор, названы аўтарам «фантастычнай уверцюрай». У развіцці польскага сімфанізму «Байка» мела такое ж значэнне, як глінкаўская «Камарынская» ў развіцці рускага. Уверцюра вызначаецца глыбокай народнасцю, нацыянальнай самабытнасцю. Па свайму стылю яна падобна да «гавэнды», гутаркі, вельмі пашыранай у той час у польскай і беларускай літаратурах. Здаецца, быццам апавядальнік рассаджвае слухачоў, настройвае іх на ўзнёслы лад — і пачынае дзіўную казку пра даўно мінулыя дні.
Урэшце настала выпеставаная ў марах часіна. У першы вечар новага 1858 года варшаўскі оперны тэатр быў перапоўнены. Заняты ўсе крэслы ў партэры, трашчыць галёрка. Публіку прывабіла польскае імя на афішах. Не французскае, не італьянскае, а польскае — «Галька». Пасля уверцюры загрымелі апладысменты. Усе разумелі: нараджаецца свая, нацыянальная, опера. Яна ўжо існуе, жыве. Яна адпавядае таму нацыянальна-патрыятычнаму ўздыму, які панаваў у Польшчы напярэдадні паўстання 1863 года... Назаўтра «Гальку» паўтарылі. А там пайшоў трэці, пяты, дваццаты спектакль. Каля 1860 года оперу паставілі ў Гродне. Пра Манюшку загаварылі. Стаўшы дырыжорам Вялікага тэатра ў Варшаве, кампазітар пісаў адну оперу за другой — «Плытагона», «Графіню», «Вербум нобіле», стварыў на тэкст міцкевічаўскіх «Дзядоў» кантату «Прывіды», прасякнутую духам беларускай народнай музыкі. І ўрэшце, 28 верасня 1865 года ў сценах Вялікага тэатра ўпершыню прагучаў «Страшны двор» — вяршыня опернай творчасці Манюшкі.
«Страшны двор» убачыў свет у цяжкі для Польшчы час. Толькі што падаўлена паўстанне 1863 года. Тысячы патрыётаў сасланы ў Сібір, павешаны, расстраляны. Краіна апранулася ў жалобу. І раптам — опера. Не змрочная, не трагічная, а лірычная, жартаўлівая. Пра тое, як два браты, Стэфан і Збігнеў, далі слова ніколі не жаніцца, каб цалкам аддаць сваё жыццё айчыне, а потым не стрымалі абяцанне і закахаліся ў дзвюх сясцёр — Ганну і Ядвігу. Ці не будзе гэта блюзнерствам? Ці не насмяяўся аўтар над пачуццямі сваіх суайчыннікаў? Насцярожана сачылі слухачы за падзеямі ў першым акце. Але вось Стэфан пачаў сваю прачулую арыю, у якой аплакваў смерць роднай маці. І ўсе прысутныя зразумелі: герой аплаквае сваю шматпакутную маці-радзіму; кампазітар выказвае тое, што набалела на сэрцы ўсяго народа. Паміж залай і сцэнай устанавілася поўнае разуменне. Энтузіязм публікі ўзрастаў ад арыі да арыі, ад сцэны да сцэны. Урэшце раздаліся гукі мазуркі, вогненнай і велічнай. О не, не загінуў і ніколі не загіне народ, які здольны так танцаваць, які стварае такую музыку! Патрыятычны падтэкст «Страшнага двара» зразумелі не толькі слухачы. Царская цэнзура таксама зрабіла адпаведныя вывады і пасля другога спектакля забараніла оперу.
У канцы 50-х і пачатку 60-х гадоў, калі Манюшка ўжо жыў у Варшаве, ён па-ранейшаму амаль кожны год па дарозе ў Радкаўшчыну, дзе жыў яго бацька, наведваўся ў Мінск. У адну з паездак, у 1861 годзе, ён пабываў у Каралішчавічах, ля Мінска, і з захапленнем пісаў пра мясцовы арган, зроблены мінскім умельцам Бяляўскім. Мінчане часта ўспаміналі пра свайго земляка. Так, Аляксандр Валіцкі пісаў у 1858 годзе, што Манюшка і Міладоўскі «былі да гэтага ў Літве як дзве пальмы на вялізнай пустыні, пад ценем якіх магла знайсці прытулак музыка, бо навокал бясплодныя пяскі. Цяпер Манюшка пакінуў нас...»