Огромные потери, нанесённые японской армии защитниками Порт-Артура, вынудили Ноги отказаться от атак северо-восточного участка крепости и принять решение захватить Высокую, оборудовать там наблюдательные пункты и уничтожить русскую эскадру огнём своей артиллерии. После двухдневного непрерывного артиллерийского обстрела против десяти рот неполного состава (от 60 до 140 человек в каждой), оборонявших Высокую и Плоскую, японское командование бросило 15 ноября в бой 1-ю пехотную дивизию, резервный полк и два батальона 7-й дивизии. В течение девяти дней значительно превосходящие силы японской пехоты непрерывно атаковали позиции русских на высотах. Уже после двух дней боёв японское командование было вынуждено сменить из-за больших потерь 1-ю дивизию 7-й пехотной. Под прикрытием огня батарей крепости защитники высот мужественно отражали натиск врага. Однако силы были настолько неравными, что к вечеру 22 ноября противнику удалось захватить Высокую.
Учитывая важное тактическое значение Высокой, генерал Кондратенко с большим трудом собрал несколько рот с неатакованных участков крепости и отдал распоряжение выбить противника с высоты. Одновременно он обратился к Стесселю с просьбой выслать подкрепления, но тот отказал ему в этом. Под командованием полковника Ирмана собранные Р.И. Кондратенко роты перешли в решительную контратаку и выбили японцев с одной из вершин Высокой. Но полностью очистить Высокую не удалось: слишком мало было для этого сил. Вскоре истощённые в непрерывных многодневных боях русские войска оставили передовые позиции западного фронта и отошли на основную линию обороны. Дорогой ценой досталась японцам Высокая: они потеряли здесь около 12 тыс. солдат и офицеров.
Схема 29. Сапные работы японцев против горы Высокая в ноябре — декабре 1904 г.
На второй день после захвата Высокой японцы оборудовали там наблюдательные пункты и стали вести прицельный огонь из 11-дюймовых гаубиц по хорошо наблюдаемым с высоты кораблям эскадры, стоявшим на внутреннем рейде. Положение эскадры стало гибельным. Необходимо было срочно выйти на внешний рейд, занять выгодное положение и дать бой кораблям противника или интернироваться в китайских портах. Однако командовавший в то время отрядом крейсеров контр-адмирал Вирен бездействовал, что и привело к окончательной гибели эскадры.
2 декабря в 20 ч 15 мин в каземат форта № II попал японский 11-дюймовый снаряд. Свод каземата был пробит, и снаряд разорвался в его внутреннем помещении. Погибли герои обороны генерал-майор Роман Исидорович Кондратенко и вместе с ним ещё восемь офицеров, в том числе полковник Генерального штаба Науменко и военный инженер полковник Рашевский. Гибель Кондратенко, которого справедливо называли душой обороны крепости, серьёзно отразилась на моральном состоянии защитников Порт-Артура.
Во второй половине дня 5 декабря 1904 г. японцы произвели три взрыва под бруствером форта № II. От сильных взрывов средняя часть бруствера обрушилась, образовав глубокую воронку. Одновременно японская артиллерия сосредоточила огонь по соседним укреплениям и траншеям вблизи форта. Под прикрытием огня артиллерии японская пехота двинулась в наступление. Когда пехота противника приблизилась к образованной взрывом воронке, она попала под перекрёстный огонь крепостных батарей. С фронта защитники форта поражали штурмующих картечным огнём из двух противоштурмовых орудий, ружейно-пулемётным огнём, забрасывали их ручными гранатами. Очутившись под многослойным перекрёстным огнём русских, японские солдаты залегли. Бой длился несколько часов. Неоднократные попытки противника ворваться внутрь форта неизменно отражались артиллерийским и ружейно-пулемётным огнём защитников. Понеся большие потери, вечером остатки японского полка отошли.
В то время, когда защитники форта отбивали ожесточённую атаку японцев, назначенный начальником сухопутной обороны крепости генерал Фок решил сдать форт № II противнику. Заручившись согласием Стесселя, он по телефону сообщил об этом генералу Горбатовскому, который ответил, что он будет удерживать форт до последней возможности. Пока Горбатовский принимал меры к усилению гарнизона форта, Фок передал приказание о сдаче непосредственно его коменданту. Солдаты и офицеры форта спешно эвакуировали раненых, вывезли имущество, заминировали и после этого взорвали форт. К большому разочарованию Фока, японцам вместо укрепления досталась груда развалин.
Остатки гарнизона форта отошли к Куропаткинскому люнету и стали здесь оборудовать траншею, с тем чтобы не дать противнику возможности захватить люнет. Но это также не входило в расчёты Фока: он продолжал ослаблять оборону крепости. Фок сообщил Горбатовскому: «Куропаткинский люнет я не хотел бы занимать сильнее, чем он был занят до настоящего времени. Даже склоняюсь к тому, чтобы его занять слабее, так как нам придётся всё равно очистить вскоре люнет. Всё дело в том, чтобы выиграть время, а потому уменьшить потери…» [56. Т. 8. С. 661].