Отступление с восточной линии складывалось по-другому. Получив 27 июня приказ А.А. Гернгроса, полковник Денисов со своей сотней и служащими 11-го участка отступил к 29 июня от Вэйшахэ к Муданьцзяну. Все 450 служащих 11-го участка инженера М.А. Амосова затем выехали в Россию и там, за исключением 63 человек, сразу уволились. Служащие 12-го и 13-го участков инженера Н.С. Свиягина стали также выезжать на станцию Пограничная. Однако в связи с тем, что русские войска вступили в Маньчжурию и заняли дорогу до реки Муданьцзян, решено было продолжить работы на этих участках. Но 12 июля Н.С. Свиягин телеграфировал С.Ю. Витте: «Ввиду полной невозможности производить работы приказал 12 участку привести в порядок имущество дороги, поставить при нём караулы охранной стражи под прикрытием войск и выехать со станции Муданьцзянь в Мо-до-ши. Штат участка сохраняется». Для усиления охраны оставляемого имущества в этот район была направлена 17-я сотня охранной стражи полковника Фон-Виннинга. Китайцы пытались остановить её движение, 27 июня около Мурени в лесу произошёл бой. Казаки, потеряв в бою троих убитыми, разбили китайцев и заставили их отступить. Участок Муданьцзян — Пограничная остался под контролем России.
Отступление с трёх западных участков восточной линии производилось в Харбин. 28 июня на двух поездах выехали служащие инженера Тихомирова со станции Имяньпо. Вечером этого же дня они забрали со станции Маоэршань участок инженера Варгасова. Паническое отступление сопровождалось пьянством, но благодаря решительным действиям штабс-капитана Скарятина всё спиртное в вагонах было уничтожено и порядок восстановлен. Вечером 30 июня поезда забрали служащих со станции Сяолин с С.Н. Хилковым во главе. При отступлении всё имущество сразу же растаскивалось китайцами, которые заранее занимали места у дверей и окон русских домов. Ключи от некоторых складов сдавали китайским властям. Собрав по дороге посты, благополучно миновав Ашихэ, уже оставленный охраной, поезда прибыли в Харбин.
1 июля А.И. Югович приказал восстановить линию Харбин — Эрценцзянцзы, старшим назначался С.Н. Хилков. Переговоры с властями Ашихэ 10 июля оказались бесполезными, и поздно вечером от станции Ашихэ начала отступление охранная стража штабс-капитана Баркана. Поскольку дорога уже была разрушена и около Харбина стояли китайские войска, охранники бросили поезда и пробивались в обход. Вся дорога восточнее Харбина была оставлена и разрушена.
Кроме собственно дороги, много русских работало на лесозаготовках в верховьях Сунгари. Администрация лесозаготовок находилась в Гирине, расположенном в 120 верстах от КВЖД и в 250–350 верстах от лесных участков. Русский посёлок находился в 2 верстах от города, начальником совета колонии был Е.В. Даннель. Охрану осуществляли 2-я сотня штабс-капитана В.М. Савицкого и 50 солдат 1-й роты поручика Едренова. В начале июня В.М. Савицкий снял все отдалённые посты, а в середине месяца все семьи выехали в Харбин.
28 июня был доставлен приказ А.А. Гернгроса не оставлять Гирина, а обороняться и ждать подкреплений. В этот же день серебро Русско-Китайского банка было сдано на хранение цзянцзюню, а контора КВЖД с документами и частью служащих под охраной 18 стражников выехала в Харбин, остальные служащие уехали на следующий день. В.М. Савицкий с 56 казаками имел охранную грамоту цзянцзюня, и, забрав пост охраны унтер-офицера Гарбышева с 12 стрелками, он решил дожидаться подкреплений. Но в одном из постоялых дворов китайские солдаты в упор расстреляли русский отряд. За несколько минут погибли 12 человек, 5 были ранены и 6 пропали без вести, остальные вырвались из окружения, потеряв всех лошадей. Отряд, имея на руках 4 тяжелораненых и потеряв часть своего состава по дороге, добрался до Харбина лишь 8 июля. В эти дни два отряда, посланные им на помощь, не смогли пробиться к Гирину, встреченные китайским огнём в 60 верстах от города.
Несколько десятков русских обслуживали и охраняли склады и пристань КВЖД напротив города Саньсина. Руководство этой колонией взял на себя полковник в отставке Винников. На переговорах с фудутуном он выяснил, что Цзилинь не воюет с русскими, но на левом берегу реки — войска провинции Хэйлунцзян и от них фудутун защитить русскую колонию не может. Русский отряд в 49 человек загрузился на баржу и встал на якоре у правого берега, подбирая отдельных русских, спасавшихся от китайцев. Китайские войска с левого берега атаковали баржу. Проходивший мимо пароход «Воевода Толбузин» русским не помог, и Винников попытался самостоятельно спуститься вниз по реке. Напротив крепости Баятунь баржа села на мель и попала под огонь крепостных орудий, Винников и ещё один человек погибли. Благодаря прибывшей воде баржа пошла дальше и 10 июля встретила русские войска, вскоре пароход «Молли» доставил её в Хабаровск» [21. С. 67–70].