2 июля китайская батарея, расположенная на противоположном берегу Амура, открыла огонь по Благовещенску. В городе возникла паника. Часть жителей бросилась бежать из города, а другая, вооружившись чем придётся, двинулась на берег Амура. Около 3 тыс. горожан окружили войсковой склад и потребовали раздать оружие. В сложившейся ситуации руководство города отдало приказ раздать населению без всякого учёта 546 однозарядных старых винтовок, хранившихся на складе ещё с 1887 г.
Под обстрел китайцев попали и пароходы, шедшие по Амуру. Пароходы «Бурлак» и «Иннокентий», спасаясь от артиллерийского огня, выбросились на мель. Остальные пароходы ушли в устье реки Зеи.
2 июля в Благовещенске в ходе обстрела были убиты 3 человека и ранены 6. В последующие 13 дней обстрела из мирного населения погибли 5 человек: 3 женщины, ребёнок и арестант. Ответным огнём русских по посёлку Сахалян были разрушены телеграфная станция и несколько домов.
В ночь на 5 июля на левый (русский) берег Амура переправились несколько сотен китайских солдат при 18 орудиях. Китайцев встретили огнём дружинники-крестьяне, а с подходом казаков Амурского конного полка китайцы были вытеснены с русской территории.
В ночь на 6 июля 150 русских солдат под командованием подпоручика Юрковского переправились через Амур и атаковали китайцев. После небольшой стычки, в которой погибли Юрковский и ещё один нижний чин, русские отправились обратно в Благовещенск.
Русские пароходы «Селенга» и другие ходили по Амуру и обстреливали китайский берег. Губернатор К.Н. Грибский приказал казакам уничтожить все китайские пограничные посты на Амуре. Станичники без особых проблем разгромили большинство китайских постов.
Больше всех пострадали от начала боевых действий китайцы, находившиеся к тому времени на русской территории. Дабы избежать обвинений в предвзятости, я процитирую уже упомянутого В.Г. Дацышена: «К.Н. Грибский «ввиду резких проявлений настроения к китайцам со стороны горожан явилась масса просьб избавить город от проживающих в нём китайцев, якобы злоумышлявших поджечь город», приказал собрать и отправить за Амур всех китайцев. Полицейскими, к которым присоединились мобилизованные, был прочёсан город, всех китайцев собрали в полицейские участки, к тем, кто сопротивлялся, применили силу. Некоторые китайцы, опасаясь погромов, сами искали спасения в полиции. Горожане справедливо опасались присутствия такого большого количества китайских подданных в Благовещенске в такой критический момент. Губернатор приказал переправить китайцев за Амур в посёлок Верхне-Благовещенский, расположенный несколько выше города. 4 июля колонна численностью несколько тысяч человек под охраной нескольких десятков мобилизованных, казаков, добровольцев из числа горожан вышла из города. Поселковый атаман отказался предоставить лодки для переправы, опасаясь, что их использует китайская армия для вторжения. Китайцам, среди которых были старики, женщины и дети, было предложено отправиться вплавь. Поплывшие было первые ряды стали тонуть, остальные плыть отказались. Тогда их стали загонять в воду нагайками, открыли огонь, оставшихся добивали штыками и топорами. Не намного лучше была судьба и последующих, более малочисленных переправ, лишь в последней партии несколько человек переплыли реку и, спустив лодки на воду, помогли перебраться другим.
Трагедия в Благовещенске получила своё продолжение по всей Амурской области. В первую очередь это коснулось Зазейского района. В акте осмотра «Зазейских земель» специальной комиссией, работавшей с 16 по 21 сентября 1900 г., говорилось: «…за исключением 10 фанз села Булла-Менга и одной заимки все остальные усадьбы 76 населённых пунктов сожжены дотла». Массовые избиения маньчжур начались после боя 5 июля и проводились крестьянскими дружинами. К 10 июля весь Зазейский район был очищен от китайцев, и 18 июля дружины были распущены.
Паника, вызванная неудачей в начале боя с китайцами 5 июля, привела к массовым убийствам маньчжур по всей крестьянской округе. Сколько погибло, неизвестно, известно официальное число найденных и зарытых трупов. После указа по этому поводу К.Н. Грибского полицейские приставы сообщили в окружное полицейское управление, что всего в 8 волостях найдено 444 трупа. Больше всего было в Бельской — 136, Ивановской — 117, Амурско-Зазейской — 83. Однако в уголовном деле отмечается, что это явно заниженные цифры.