По своей конфигурации страна напоминает сильно растянутую латинскую букву S. С запада на восток она протянулась больше чем на 600 км, в то время как ширина ее меняется в пределах от 190 до 50 км. Территория Панамы около 74 тыс. кв. км, не считая Зоны канала, площадь которой 1,4 тыс. кв. км. По конституций 1946 года в состав территории Панамы включены также береговые платформы по обеим ее сторонам до глубины 500 м.
Побережья, особенно Тихоокеанское, довольно сильно изрезаны, образуя ряд заливов и глубоких бухт с удобными якорными стоянками для судов. Из них особенного внимания заслуживают: на Тихоокеанском побережье — обширный Панамский залив, ограниченный с запада полуостровом Асуэро, а на востоке имеющий ответвление в виде залива Сан-Мигель, и залив Чирики с бухтой Чарко-Асуль; на Атлантическом побережье — лагуна Чирики на западе, бухта Лимон, в которой берет начало Панамский канал, — в центре, бухта Сан-Блас и широкий Дарьенский залив, вклинивающийся между Панамой и Колумбией, — на востоке. Панаме принадлежит свыше 1 600 островов; из них свыше тысячи находится в Тихом океане, где расположены наиболее важные из них: Жемчужные острова (в Панамском заливе) и остров Коиба. Расчлененность береговой линии в сочетании с повсеместной близостью к морю (в стране нет ни одного пункта, удаленного от побережья хотя бы на 100 км, а подавляющая часть ее территории удалена от побережья меньше чем на 50 км) создает благоприятные условия для развития морского судоходства. Высота приливов на Караибском и Тихоокеанском побережьях Панамы резко различна: у Колона в бухте Лимон она равна всего 70 см, в то время как в Панамском заливе приливная волна достигает 6,5 м высоты.
Большая часть территории Панамы покрыта горами. Ее горную ось, вытянутую с северо-запада на юго-восток, образуют два хребта: Кордильера Верагуа и Кордильера Сан-Влас. Хребет Верагуа представляет собой продолжение гор Коста-Рики, близ границ которой он имеет значительную высоту. Здесь находится ряд величественных вулканов во главе с высшей точкой Панамы горой Чирики (3374 м над уровнем океана). Дальше к востоку горы постепенно понижаются, а близ побережья Панамского залива, юго-западнее города Панамы, они внезапно обрываются, уходя под воды Тихого океана. По обеим сторонам хребта вдоль побережья тянутся узкие полосы низменностей.
Невысокий хребет Сан-Блас начинается северо-восточнее бухты Лимон и тянется, постепенно повышаясь, вдоль Караибского побережья на юго-восток, к границам Колумбии, где достигает высоты 1 тыс. м. Между оконечностями хребтов Верагуа и Сан-Блас и находится собственно Панамский перешеек, в узком смысле слова, — область невысоких холмов, подвергшаяся интенсивному выветриванию и размыванию и изрезанная глубокими речными долинами. Здесь имеется участок, через который можно перебраться от одного океана к другому, поднявшись всего на 87 метров. Этот участок и был использован для строительства Панамского канала.
Впадина между хребтами Верагуа и Сан-Блас имеет направление с северо-запада на юго-восток. Именно этим и объясняется неожиданное на первый взгляд обстоятельство: для того чтобы перебраться из Атлантического океана в Тихий здесь приходится двигаться не на запад, как это может показаться, и не на юг, а на юго-восток.
На крайнем юго-востоке Панамы находится горная область Высокий Дарьей — северная оконечность хребта Серрания-де-Баудо, тянущегося вдоль Тихоокеанского побережья Колумбии. Между Высоким Дарьеном и хребтом Сан-Блас расположена холмистая область, занятая бассейнами нескольких небольших рек. Восточную ее часть обычно называют Низким Дарьеном.
Горы Панамы содержат различные полезные ископаемые. Здесь обнаружены золото, серебро, железные, медные и марганцевые руды, асбест, каменный уголь, нефть и другие минералы. Однако ископаемые ресурсы Панамы еще мало изучены. Добывается здесь только золото.
Американские монополии, завладевшие концессиями на разведку и добычу различных полезных ископаемых, и в частности нефти, всячески тормозят развитие в Панаме собственной добывающей промышленности.