Климат Панамы тропический: жаркий и влажный, с незначительными сезонными колебаниями температуры. Разница между средними температурами самого теплого и самого холодного месяцев обычно не больше 2–3°Ц, а то и еще меньше (в Колоне она равна 0,6° Ц). Близость океана несколько умеряет жару: средняя годовая температура в большей части Панамы 26–27° Ц. Здесь не бывает такой жары, какая бывает летом на севере Мексики и юге США, расположенных гораздо дальше от экватора.
Некоторое значение имеет вертикальная зональность климата и растительности; однако горы Панамы по большей части не высокие; 9/10 ее территории лежит в пределах «тьерры кальенте» — жаркой зоны тропиков, и лишь 1/10 приходится на «тьерру темплада» — умеренную зону тропиков; в «тьерру фриа» — холодную зону тропиков, условия которой всего ближе к европейским, заходят только отдельные вершины Кордильеры Верагуа.
Лета и зимы, в нашем их понимании, в Панаме нет; их место занимают влажный (с мая по декабрь) и сухой (с января по апрель) периоды. Осадки, особенно во влажный период, выпадают большей частью в виде сильных, но кратковременных ливней.
По количеству выпадающих осадков Караибский склон резко отличается от Тихоокеанского. Северо-восточные пассаты, дующие обычно в Центральной Америке, приносят с собой на Караибское побережье очень много осадков, делая его одним из самых влажных мест на земле. Здесь ежегодно выпадает 3–4 тыс. мм осадков, а на горах Сан-Блас даже до 5 тыс. мм. У гребня горной оси перешейка количество осадков уменьшается, и на Тихоокеанском побережье оно обычно равно 1–1,5 тыс. мм в год. Разница в количестве выпадающих осадков значительна даже на самом Панамском перешейке, где водораздел очень невысок: в то время как среднегодовые температуры городов Колон и Панама примерно одинаковые (около 26,5° Ц), осадков в Колоне выпадает 3 250 мм, а в Панаме — 1 700 мм.
В условиях тропиков, с их постоянно высокими температурами и отсутствием зимнего накопления влаги, количество осадков, выпадающих на Тихоокеанском побережье, не так велико, как это может показаться на первый взгляд; сплошь и рядом оно оказывается даже недостаточным для тропической древесной растительности.
Территория Панамы испещрена множеством рек, большинства которых впадает в Тихий океан. Длина их, как правило, невелика: все они короче 200 км, а огромное большинство короче 100 км. Это горные реки с быстрым течением и резкими колебаниями в количестве воды, зависящими от времени года и от выпадания отдельных ливней. Сравнительно мелкие в сухой период (некоторые из них в это время, особенно на юго-западе, почти пересыхают), они превращаются в период дождей, когда уровень воды в них повышается на 10–15 м, в бурные потоки, стремительно несущиеся по узким долинам к океану. Для судоходства эти реки за редким исключением не пригодны; свободно передвигаются по ним только индейские долбленые пироги; однако реки имеют значительную ценность как возможные источники гидроэнергии. Наиболее важные реки Панамы: Чагрес (193 км), впадающая в Караибское море недалеко от Колона, Чепо и Туйра (182 км) с притоком Чукунаке, впадающие в Панамский залив. Река Чагрес имеет большое значение для Панамского канала. На ней построены плотины, образовавшие два водохранилища. Главное из них — так называемое Гатунское озеро площадью около 425 кв. км; через это озеро проходит часть трассы Панамского канала, шлюзы которого оно обеспечивает водой.
Почвы Панамы отличаются плодородием и разнообразием типов. На Караибском склоне преобладают красноземы, на Тихоокеанском — красно-бурые почвы со значительным содержанием гумуса. Особенно плодородны вулканические почвы западной Панамы.
Размещение растительного покрова определяется распределением осадков. Большая часть страны, в том числе Атлантический склон и область Дарьен, покрыта буйными зарослями вечнозеленых влажных тропических лесов, деревья и кустарники которых настолько густо сплетаются между собой в единую массу стволов, ветвей и лиан, что пробраться через них можно только при помощи топора.
Густота и видовое богатство этих девственных лесов изумляют путешественников. «Береговые мысы здесь ничем не напоминают утесов или косогоров, так как они совершенно скрыты под покровом листвы, — писал французский географ Элизе Реклю, — можно подумать, что весь холм представляет собой одно гигантское дерево, выросшее среди моря и подымающее высоко к небу свою величественную пирамиду. Внутри страны, в глубине темных галлерей, струятся ручьи и реки, осеняемые сводом перевившихся между собой ветвей, и поток поминутно прячется то за стеной скучившихся стволов, то под слоем нитчаток и других водяных растений, по которым, словно по ковру, скользят лодки».