Жизнь Михаила Михайловича оборвалась трагически: 12 июня 1903 г. он был найден мертвым в своей лаборатории в Петербурге. Существовало несколько версий гибели ученого. Утверждалось, что Филиппов, используя сложные технические средства, пытался взорвать дворец в Царском Селе. В пользу этой версии говорит тот факт, что все документы ученого были опечатаны полицией и впоследствии погибли при пожаре Литовского замка. В одном из писем, опубликованном незадолго до смерти в московской газете "Русские ведомости", Филиппов писал о своей мечте остановить войны изобретением сверхмощного оружия: "На днях мною сделано открытие, практическая разработка которого фактически упразднит войну.
Речь идет об изобретении мною способа электрической передачи на расстояние волны взрыва, причем, судя по примененному методу, передача эта возможна и на расстояние в тысячи километров, так что, сделав взрыв в Петербурге, можно будет передать его действие в Константинополь. Способ изумительно прост и дешев. Но при таком ведении войны на расстояниях, мной указанных, война фактически становится безумием и должна быть упразднена.
Подробности я опубликую осенью в мемуарах Академии наук. Опыты замедляются необычайной опасностью применяемых веществ, частью весьма взрывчатых (треххлористый азот), частью крайне ядовитых"98. 11 июня он приступил к испытаниям, так как на следующий день должен был ехать в Париж для консультации с Бертело, но погиб во время опыта.
Интересовался Филиппов и еврейской проблемой, которая занимала довольно значительное место в его творчестве. К этой тематике его обратила волна погромов на юге России в 1881-1882 гг. Плодом его раздумий и явилась книга "Русско-еврейский вопрос", вышедшая в Одессе в 1882 г. В ней резко осуждался антисемитизм. Эта книга была встречена в штыки официальной Россией и, наоборот, о ней тепло отозвались в еврейской печати.
Сотрудничество с павленковской серией ЖЗЛ позволило Филиппову ясно высказаться по еврейскому вопросу. В книге о Лессинге, рассказывая о его комедии "Евреи", где в сверхположительном виде выведен друг Лессинга философ Мендельсон, Михаил Михайлович писал, что главное в Лессинге -это смелый вызов юдофобскому обществу.
Филиппов напоминает, что знаменитые современники Лессинга – философ Вольтер и король Фридрих – были ярыми врагами еврейства. Великий философ вообще не признавал за евреями гражданских прав. По поводу комедии у Лессинга возникла полемика с юдофобом Михаэлисом, доказывающим невозможность существования типа идеального еврея. Наоборот, для Лессинга жизнь Мендельсона была лучшим доказательством собственной правоты". Безусловно, позиция Лессинга вызывала у Филиппова ассоциации с собственным положением в юдофобском обществе. Написанная Лессингом за два года до смерти драма "Натан Мудрый" подвигла Филиппова обширно процитировать автора, утверждавшего, что "в те времена евреи и мусульмане были единственными учеными…"100 Филиппов скептически относился к сионизму, что понятно – по своим взглядам он примыкал к марксистам. Подобно Вл. Соловьеву, он считал сионизм утопией. Впрочем, Соловьев исходил из религиозных соображений, а Филиппов из социальных. На известную анкету по поводу сионизма Филиппов ответил так: "Я не верю в национальное возрождение евреев путем сионизма именно потому, что это движение имеет национально-религиозный характер. Ожидать от еврейской интеллигенции за весьма редким исключением чего-либо, кроме чисто-платонических разговоров о сионизме – значит, разделять утопизм Дон-Кихота, который мечтал о восстановлении рыцарства в окружавшей его мещанской среде. Не национализм, а интернационализм, не мессианские идеи и не мистика, а земные идеалы социальных реформаторов – таково наследие, завещанное XIX веком начинающемуся XX столетию. Поэтому всякий идеал, построенный на религиозно-национальной почве, как бы ни были привлекательны его частности, в общем всегда останется реакционным"101. Д-р Григорий Гордон справедливо возражал Филиппову, отрицая, что сионистское движение носит религиозный характер. Впрочем, в конце XX в. победил как раз идеал религиозно-национальный.
В России XX век начался обвинением евреев в попытке ритуального убийства. Речь идет о так называемом "деле Блондеса", возникшем в Вильно. Процесс благодаря "польским" стараниям принял скандальный характер. Со стороны обвинения выступал известный польский адвокат Врублевский, со стороны защиты – "русский" П.Г. Миронов, "поляк" В.Д. Спасович и "еврей" О.О. Грузенберг. Процесс в общем закончился победой здравого смысла, но вся центральная и провинциальная печать приняла активное участие в дискуссии. Особенно неистовствовали правые газеты. Ответом стала статья М.М. Филиппова.
Эта забытая статья М.М. Филиппова не потеряла актуальности и в наши дни. Пафос ее направлен против антисемитов, у которых идея о ритуальных убийствах была излюбленным аргументом. Еще в 1844 г. была написана для служебного пользования министерством внутренних дел книга под названием "Розыскания об убиении евреями христианских младенцев и употреблении крови их", автором которой считали или знаменитого лексиографа Владимира Даля, или директора департамента иностранных вероисповеданий В.В. Скрипицына, или генерал-губернатора Волынской губернии И.В.
Каменского. Каждый из предполагаемых авторов не отрицает и не афиширует своего участия в этом деле. Мы предлагаем четвертую кандидатуру на авторство, а именно Василия Васильевича Григорьева, впоследствии известного тюрколога и члена ряда комиссий по еврейскому вопросу, где он занимал обычно антисемитскую позицию102.
Интересную точку зрения на этот предмет высказал сенатор К.Н. Лебедев, которого трудно заподозрить в необъективности: «Я читал "Розыскание об убиении евреями христианских младенцев и употреблении крови их", напечатанное по приказанию г.[осподина] м.[инистра] в.[нутренних] дел в 1844 г. Не знаю, кто писал этот беглый обзор (может быть, В.И. Даль или генерал-майор Каменский) и для чего напечатано это во многих отношениях поверхностное розыскание о столь важном предмете, в котором соединяются интересы народные, религиозные и юридические. Может быть, Лев Александрович [Перовский], поборая государственное единство, думает, приняв энергические меры, очистить от Евреев наши Западные губернии. Памятны им гонения, воздвигнутые в Велиже 1823 г. и в Мстиславле по контрабандному делу 1844 г. Брошюра замечательна по своему предмету, но бедна содержанием, лишена беспристрастного взгляда, не имеет достоинств ученого исследования и даже полного собрания сведений. Не ищите здесь ни точных источников, ни верных указаний, ни оценки событий. Это беглое изложение сведений, почти всеизвестных, направленное к тому, чтобы доказать, "что убиение христиан евреями для получения крови существует; что обряд сей известен и исполняется сектою Хасидов или Хасидым, и что поныне являются между Жидами фанатики и кабалистические знахари, которые с этою двоякою целию посягают на мученическое убиение христианского младенца и употребляют кровь его с мистически-религиозною и мнимо-волшебною целию". Польша и Западные губернии наши, служащие со времени средних веков убежищем закоренелого и невежественного жидовства, представляют и поныне самое большое число примеров подобного изуверства, особенно губерния Витебская, где секта Хасидов значительно распространилась. Может быть, все это и правда; но я поверю тому не прежде, как получу убеждение, которого мне не может дать это разыскание. Весьма легко, сидя в кабинете, рассуждать о виновности лиц, освобожденных судом от ответственности, как напр. по Велижскому делу; не трудно признать эту виновность и будучи в составе временной комиссии, но трудно постановить приговор судебный, когда человеческое убеждение не подкрепляется теми доказательствами, которые преподаны судье для успокоения его совести и при которых вся кара не вполне доказанного преступления есть в свою очередь преступление, угрожающее виновному и невинному»103. Так вот, статья Филиппова непосредственно была связана с ритуальным процессом 1899 г. в г. Полна (Богемия), носившим специфический криминальный характер.