Особенно Джонса интересует установление прочных торговых отношений между двумя странами: «Между Соединенными Штатами и Россией ведется торговля, объем которой мы, возможно, могли бы увеличить. Я убежден, что на русском рынке могли бы найти сбыт китовый жир, сушеная рыба, спермацет и рис. Если бы Средиземное море не было закрыто для американского флага, можно было бы поставлять многие виды товаров для русского флота, который в настоящее время готов выйти в Эгейское море». По мнению Джонса, «...самым верным средстом дальнейшего расширения русской торговли с Соединенными Штатами было бы разрешение американскому торговому флагу посещать все северные порты Ее Императорского Величества на тех же условиях, что и флагам наиболее благоприятствуемых наций, и предоставление американцам права на ввоз и продажу в России любых товаров, не запрещенных в настоящее время законом. Это снизило бы цены на многие ввозимые товары, а вывозимые товары поднялись бы в цене, что дало бы существенную выгоду».
В своих планах стратегического сотрудничества России и США Поль Джонс шел далеко. Среди его предложений были и экзотические, например, предложение о совместной разработке полезных ископаемых или по заселению Крыма. «Американцы — отличные земледельцы, торговцы и воины... они очень энергичны и обладают природным добрым нравом... Я убежден, что можно было бы побудить многие их семьи переселиться в Крым; если им будет там хорошо, то они вскоре заселят весь полуостров и сделают его преуспевающим краем». Как следует из писем, отправленных в январе 1789 года из России Т. Джефферсону, идея тесного сотрудничества России и США для совместных действий в Средиземном море против Турции очень занимала Джонса.
При этом, естественно, он рассчитывал, что командовать объединенными российско-американскими силами будет поручено ему. Джонс писал Джефферсону, что он уже беседовал в Петербурге по данному вопросу и просил как можно скорее высказать свои соображения на этот счёт. В своих мемуарах Джонс пишет, что в феврале 1789 года он представил вице-канцлеру И. А. Остерману проект широкого союза между Россией и Соединенными Штатами. Увы, смелому и неожиданному проекту Джонса, действовавшего, кстати, без каких-либо полномочий от американского правительства, не суждено было осуществиться. Спустя некоторое время после представления проекта Остерману он был приглашен к нему. Вице-канцлер был согласен, что проект содержит много хороших идей, но в настоящее время он вряд ли может быть осуществлен.
Следует заметить, что все же в основе всех предложений Джонса лежали прежде всего интересы Соединенных Штатов, государства, гражданином которого он оставался до конца своих дней: «Я хочу приносить пользу стране, которой так долго служил. Я люблю этот народ, предан его делу и всегда буду рад сделать все для его счастья».
Несостоявшиеся замыслы. Последние годы
До середины марта жизнь Поля Джонса в Петербурге никак нельзя было назвать скучной. Остановился он в дорогих номерах одной из лучших гостиниц, что на Большой Морской. Был принят ко двору. Его денежные расходы в дополнение к адмиральскому жалованью щедро оплачивались казной. Герой Очакова, американский моряк, Джонс постоянно находился в центре внимания петербургского общества. Очевидно, именно к этому времени относится и его портрет, исполненный неизвестным автором в виде миниатюры и приобретенный Императорским Эрмитажем.