Только одно тревожило адмирала — отсутствие определенности в дальнейшей службе. Хотя назначение Джонса на Балтику и обсуждалось открыто в Адмиралтейств-кол-легки, но решения императрица все еще не принимала. Судя по всему, императрица колебалась — британское лобби в российской столице было достаточно сильное. И все же в целом жаловаться на отношение императрицы, чиновничьего Петербурга и света у Джонса не было никаких оснований.
Вот почему истошный крик девицы, раздавшийся в гостинице на Большой Морской, где остановился адмирал, был для него как гром среди ясного неба. Столь подлой и грязной провокации Джонс никак не ожидал. Что же произошло в тот день? О случившемся писали много — и в XVIII веке, и в XIX веке, и даже в прошлом столетии. И все же полностью обстоятельства произошедшего так и остались невыясненными.
Сам Джонс писал об этом так: «Несколько дней тому назад ко мне в номер постучала девица. Портье сказал, что это якобы дочь женщины, зарабатывающей починкой одежды, и она интересуется, нет ли у меня работы. Как только девица вошла в приемную, она повела себя непристойно. Меня поразила ее нескромность и я посоветовал ей не заниматься такими делами. Дав из жалости рубль, я попытался выпроводить ее из номера. Однако в тот момент, когда я открыл дверь, распутница сбросила с головы платок и стараясь сорвать с себя кофту, начала громко кричать. На лестничной площадке она бросилась к пожилой женщине, которая оказалась там явно не случайно. К ней она обращалась как к матери. Затем обе они выбежали на улицу — Большую Морскую, где продолжали громко обвинять меня, привлекая внимание прохожих... Свидетелем всего был портье».
Надо сказать, что происшествие не только расстроило, но и обескуражило Джонса, а это случалось с ним не часто. Обеспокоен был и французский посол Сегюр. Ведь Екатерина II пригласила Джонса по личной рекомендации его короля — Людовика XVI. Для объяснения с императрицей послу нужна была полная картина случившегося. «Потребовалось совсем немного времени, — писал он, — чтобы выяснить, что старая женщина была просто сводня, торгующая молодыми девицами. При этом она имела обыкновение выдавать их за своих дочерей». Выяснить же, кто организовал эту провокацию, так и не удалось. Однако дело было сделано, и по Петербургу поползли грязные слухи... Теперь англичане могли быть спокойны. Пирату-янки не быть командующим Балтийским флотом.
Так оно и получилось. Екатерина II полностью согласилась с объяснениями французского посла, да и самого Джонса. Какие бы то ни было обвинения с адмирала были сняты. Но законы света неумолимы. Некогда распахнутые двери многих домов теперь для него оказались закрыты. Джонс получает от императрицы задание — проинспектировать Балтийский флот и о результатах инспекции доложить ей лично. Однако на этом практически все его дела на русском флоте и закончились. После поездки по балтийским портам императрица его так и не приняла. В связи с полученной на Балтике сильной простудой, перешедшей в пневмонию, адмирал получает отпуск, который в случае необходимости ему разрешалось продлить еще на два года.
Рано утром 18 августа 1789 г. Джонс покидает Санкт-Петербург. После непродолжительной остановки в Варшаве для встречи с генералом Т. Костюшко, соратником по Войне за независимость Соединенных Штатов, он направляется во Францию. По пути были еще Вена, Амстердам и некогда враждебный Лондон. Кстати, в Лондон Джонс заезжает по коммерческим делам. С 1783 года ему принадлежит монопольное право на использование в Великобритании коры черного американского дуба. Кора применялась в качестве красителя для шерстяных и фланелевых тканей, и ее использование в текстильном производстве получило широкое распространение.
Из Амстердама Джонс пишет письмо Д. Вашингтону. В нем он объясняет президенту цель своей службы в русском флоте и еще раз обращает внимание на необходимость Соединенным Штатам иметь военный флот, прежде всего для обеспечения торгового судоходства в Средиземном море: «Если бы мы имели достаточно сильный флот, мы бы чувствовали себя в Европе, и в Средиземном море в частности, значительно увереннее».
Д. Вашингтон не ответил сразу, хотя и поблагодарил Джонса через госсекретаря Т. Джефферсона. Его ответ, полученный почти год спустя, был сухим и формальным. Президент сообщал Джонсу, что при разработке мер по защите судоходства от берберийских пиратов его предложения будут учтены: «Если обстоятельства позволят нам создать для действий у берегов Алжира, Туниса и Триполи достаточно сильный флот, который защитит американских граждан и их интересы, то такой флот непременно будет создан». В заключение Вашингтон писал: «Хотя я и не высказывал своего мнения о Вашей службе в русском флоте, но скажу, что с точки зрения наших будущих интересов, а также по ряду других соображений, я рад, что теперь Вы свободны». Эта фраза, хотя она и звучала достаточно неопределенно, была воспринята адмиралом как возможность его будущего назначения командующим американской эскадрой в Средиземном море.