Джонс знал, что к началу 1791 года грабежи берберийских корсар в Средиземном море и даже в Атлантике до Азорских островов стали настолько ощутимы, что правительство Соединенных Штатов решило наконец действовать. Оно планировало создать эскадру по крайней мере из двух фрегатов и двух вооруженных шлюпов, чтобы отправить ее в Средиземное море. Эскадра должна была не только демонстрировать американский флаг, но и освободить содержащихся в плену американских моряков. Увы, практически ничего из этого так и не получилось. Вскоре госсекретарь Джефферсон напишет о встретившихся финансовых трудностях и попросит информировать его об обстановке на Средиземном море и в Европе. Между прочим Джонсу предлагалось прозондировать возможность привлечения для борьбы с пиратами Франции и Голландии. В заключение Джефферсон писал: «Президент просил меня передать, что нет необходимости говорить о том, кому из морских офицеров было бы поручено командование эскадрой в Средиземном море, если бы Соединенные Штаты смогли создать такую эскадру». Ответ Джонса госсекретарю звучит определенно. Теперь он убежден, что против пиратов в
Средиземном море американцы должны действовать самостоятельно и не рассчитывать на чью- либо помощь в Европе: «Я уверен, что храбрый командующий эскадрой смог бы проучить дея Алжира даже без атаки его столицы, просто потопив два или три пиратских судна».
Надо сказать, что к моменту получения писем от Вашингтона и Джефферсона Поль Джонс уже почти полгода живет в Париже. Сюда он приехал 30 мая 1790 года. К сожалению, здоровье адмирала не улучшалось. Врачи считали, что начавшаяся еще в России пневмония не проходит. Они категорически возражали против его возвращения в Россию, даже на Черное море. Предписанный режим звучал строго: летом — Париж, зимой — юг Франции.
Чем занимался адмирал в Париже? Основных занятий было два. Во-первых, Джонс начал писать воспоминания. В виде коротких заметок их публиковала газета «Point du Jour», ставшая впоследствии официальным органом Законодательного собрания Франции. В полном объеме воспоминания увидели свет только после смерти автора. Они были изданы в Лондоне в 1848 году в виде двухтомника и назывались «Воспоминания Поля Джонса, в прошлом контр-адмирала Российского флота, кавалера военного ордена «За заслуги» и русского ордена Святой Анны, составленные из подлинных заметок и корреспонденции, содержащие оценку его службы под командованием князя Потемкина и подготовленные к публикации лично им самим». Во-вторых, Джонса увлекла политическая жизнь Франции. Она действительно была бурной. Адмирал постоянно встречался с самыми различными политическими деятелями Великой французской революции: Робеспьером, Дантоном, Карно, Камбоном, Котоном и многими другими. Его ближайшими друзьями стали Лафайет, Мирабо и бывший посол Франции в России Сепор.
В марте 1792 года Джонс последний раз ненадолго покидает Францию. Он совершает короткую поездку в Амстердам д ля встречи с приехавшим из Петербурга бароном Гриммом. В июле 1791 года истек срок его двухгодичного отпуска, и Джонс написал письмо императрице с просьбой об отставке. Екатерина II отставку не приняла и передала через Гримма, что она хотела бы сохранить его на русской службе. В то же время заключение мира с Турцией и перемирие со Швецией сняло необходимость его срочного возвращения в Россию. Он мог продолжить свое лечение во Франции. Как только его возвращение будет необходимо, она сама сообщит ему об этом. Одновременно императрица распорядилась выплатить адмиралу все причитавшиеся ему деньги вплоть по 21 июля 1791 года.
Еще Гримм передал Джонсу письмо от Суворова: «Дорогой мой брат, я слышал, что Ваше здоровье не в порядке. Уверен, что климат Черного моря был бы Вам полезен. Россия нуждается в Вас». Далее Суворов сообщал, что копию этого письма он направил императрице с просьбой назначить его командующим Черноморским флотом. Он уверен, что императрица с ним согласится.
Увы, ни Черноморским флотом, ни американской эскадрой в Средиземном море командовать Джонсу уже было не суждено. Несмотря на отчаянное и мужественное сопротивление адмирала, его здоровье неумолимо ухудшалось. Это было ясно всем. Не желал это признавать только сам Джонс. Буквально до последних дней он оставался деятельным и энергичным. На людях последний раз его видели за неделю до смерти. Адмирал присутствовал в гостевых ложах на очередной сессии Законодательного собрания Франции. И все же Джонс понимал, что дни его сочтены. Незадолго до своей кончины он просит передать золотую шпагу, пожалованную ему Людовиком XVI за победу в бою у мыса Фламбург, своему старшему офицеру на «Добряке Ричарде»: «Мой дорогой Дик больше чем кто бы то ни было имеет на нее право. Он больше чем кто-либо помог мне ее получить».