До недавнего времени инфекционные заболевания в основном игнорировались при описании упадка или трансформации Римской империи. Но в своей недавней книге "Судьба Рима" Кайл Харпер собрал большое количество доказательств, чтобы показать, что серия пандемий нанесла огромный ущерб и сыграла решающую роль в ослаблении Римской империи не только в абсолютном выражении, но и по отношению к соседним "варварам". Хотя термин "варвары" проблематичен, поскольку объединяет невероятно разнообразные сообщества в одну неразличимую и якобы неполноценную массу, все эти группы, как правило, имели одну общую черту: они жили в гораздо менее населенных и менее связанных между собой обществах, чем римляне. В результате пандемии, как правило, причиняли гораздо больше разрушений римлянам, чем варварским обществам. Дифференцированное воздействие инфекционных заболеваний является ключевым фактором политической динамики Римской империи с середины II века н. э. до падения Константинополя под властью османов в 1453 году.
Первой пандемией, оказавшей значительное влияние на Римскую империю, стала чума Антонинов, названная так в честь династии, находившейся у власти в момент вспышки заболевания. Она появилась на юго-востоке империи в 165 году н. э., что позволяет предположить, что возбудитель прибыл через Индийский океан и зародился на юге Африки, в Индии или Китае. В следующем году чума достигла Рима, а затем распространилась по всей империи. Пока она неумолимо продвигалась к имперской столице, Гален бежал и вернулся только тогда, когда его вызвали императоры Марк Аврелий и его приемный брат Луций Верус в 168 году н.э. С тех пор историки и эпидемиологи пытаются определить возбудителя болезни по описанию симптомов Галена, которые включают черную сыпь, покрывающую все тело. Наиболее вероятным кандидатом является оспа. Рассуждения Галена о причинах и способах лечения этой болезни свидетельствуют о плачевном состоянии римской медицины. Он считал, что болезнь вызвана избытком вещества, называемого черной желчью, и предлагал такие средства лечения, как молоко горных коров, грязь из Армении и моча мальчиков.
Большинство римлян восприняли эту разрушительную вспышку инфекционного заболевания как акт божественного гнева. Шестью столетиями ранее греки обвинили в чуме Афины недовольство Аполлона их воинственностью. Точно так же римляне считали, что чума Антонинов была следствием недовольства Аполлона после того, как легионеры, отправившиеся в поход на восток, украли его статую из храма в Селевкии - эллинистическом форпосте на Тигре и бывшей столице империи Селевкидов - и привезли ее в Рим в 165 году. Свидетельства римских попыток умиротворить Аполлона были обнаружены по всей империи: от оловянного амулета, найденного в Лондоне в 1989 году, который умолял богов "прогнать разногласый грохот бушующей чумы", до статуи Аполлона, "отвращающего зло", воздвигнутой в 165 году в Иераполисе, на территории современной Турции.
Антонинская чума была разрушительной. Оценки общего числа погибших сильно разнятся: от 2 процентов до трети населения империи. Кайл Харпер остановился на 10 процентах - между 7 и 8 миллионами человек. Эпидемии периодически возвращались в течение следующих двадцати пяти лет. Это вызвало массовые разрушения в римском обществе и привело к резкому прекращению pax Romana. Экономика, по-видимому, пришла в упадок. В провинции Египет доля серебра в чеканке монет заметно снизилась в 160-х годах, а в 170-х годах в Александрии не выпускали монет. Примерно в это же время прекратилось производство монет в провинциях Палестины и Сирии. Следы свинца во льдах Гренландии свидетельствуют о том, что добыча серебра заметно сократилась почти сразу после антониновской чумы и оставалась на низком уровне более 500 лет.
Могущественная римская армия была сильно ослаблена эпидемией. Современные отчеты описывают чуму, свирепствовавшую среди войск в Аквилее (Северная Италия) в 168 году, а затем опустошившую всю армию в 172 году. Судя по всему, солдаты умирали на 50-100 процентов чаще, чем население в целом. Марк Аврелий был вынужден пойти на необычный шаг - набрать в свою армию рабов и гладиаторов, чтобы восполнить численность. В отличие от этого, эпидемия, похоже, не оказала такого влияния на германские племена в Северной Европе - результат того, что их общество было гораздо менее густонаселенным и хорошо связанным. Армии варваров воспользовались возможностью, предоставленной эпидемией, и вторглись вглубь римской территории, осадив Аквилею и почти дойдя до Афин.