В 1340-х годах Yersinia pestis проделала путь по Шелковому пути в Европу. Считается, что чума попала на континент через Каффу (ныне Феодосия), торговую станцию на Черном море, которую генуэзские купцы купили в конце XIII века у ханства Золотой Орды - части Монгольской империи, господствовавшей в Западной Евразийской степи. Каффа, где находился крупнейший в регионе рынок рабов, где генуэзские торговцы покупали людей, захваченных в регионе к северу от Черного моря, и переправляли их в Европу, на Ближний Восток и в Северную Африку, была одним из ключевых звеньев между монгольской территорией и Средиземноморьем. Предположительно, итальянские купцы заразились чумой осенью 1346 года, когда монгольские солдаты осадили Каффу и катапультировали трупы жертв чумы через городские стены. Эта история является апокрифической, но это не помешало некоторым ученым считать ее первым случаем биологической войны. [14] Когда зима закончилась, генуэзцы бежали на запад на своих кораблях и привезли с собой чуму. Летом 1347 года Черная смерть достигла Константинополя, откуда ее перевезли во все крупные портовые города Средиземноморья, откуда она распространилась по всей Европе, а также на Ближнем Востоке и в Северной Африке.
Весной 1348 года чума опустошила Итальянский полуостров. Одно из самых известных свидетельств очевидцев Черной смерти можно найти во вступлении к "Декамерону" Джованни Боккаччо, сборнику 100 пикантных рассказов флорентийского писателя, рассказанных десятью обеспеченными молодыми женщинами и мужчинами, укрывшимися на сельской вилле, спасаясь от моровой язвы. Развлекательная двухнедельная жизнь тосканцев в сельской местности резко контрастирует с шокирующими сценами, происходящими в стенах многолюдного города, из которого они сбежали. Боккаччо описывает, как его родной город был охвачен смрадом смерти: люди падали замертво на улицах, а тела оставались гнить в домах. Чтобы передать масштаб трагедии, он описывает, что за несколько недель умерло более 100 000 жителей - больше, чем, по его мнению, жило во Флоренции до прихода чумы. Аньоло ди Тура, летописец из соседней Сиены, рассказывает, что ему пришлось своими руками похоронить всех пятерых своих детей. С большинством умерших не обращались так достойно. Другой очевидец из Флоренции писал, что тела бросали в братскую могилу, засыпали землей, добавляли еще тела, а затем землю, "как делают лазанью со слоями макарон и сыра".
Вскоре после этого Черная смерть добралась до Авиньона на юге Франции, куда папы римские были сосланы на протяжении большей части XIV века. Тела пришлось выбрасывать в реку Рону, пока не были вырыты и освящены огромные новые кладбища. По совету Ги де Шолиака, папского врача, Климент VI удалился в свои покои, никого не видел и провел весь день и ночь между двумя большими кострами - что было совсем нелишним для провансальской весны и лета. Он выжил, потому что пламя нечаянно удержало крыс на расстоянии. К июню "Черная смерть" достигла Парижа, Низких стран и Англии. Оттуда она распространилась по всей Северной Европе. Казалось, наступил конец света: францисканский монах из Килкенни (Ирландия), умерший от чумы, оставил в своей хронике пустые страницы и послание на случай, если "кто-либо из детей Адама сможет избежать этой язвы и продолжить начатое дело". Под этим кто-то добавил постскриптум, датированный 1349 годом: "похоже, автор умер здесь".
Петрарка, друг Боккаччо и поэт эпохи Возрождения, заметил, что ситуация настолько ужасна, что будущие поколения "будут смотреть на наше свидетельство как на басню". Но это не так. Опустошение было подтверждено учеными, которые кропотливо прочесывали средневековые переписи, налоговые отчеты и манориальные регистры, чтобы точно подсчитать количество погибших. Их выводы подтверждают свидетельства очевидцев о массовых смертях. По оценкам норвежского историка Оле Бенедиктоу, в период с 1346 по 1353 год от чумы умерло примерно 60 процентов населения Европы - то есть около 50 миллионов из 80 миллионов человек. Анализ ледяного керна, пробуренного в Швейцарских Альпах, показывает, что в эти годы из воздуха исчез свинец. Во время Черной смерти не велась добыча серебра. Похоже, что экономика просто остановилась.
Большинство людей, похоже, винили в происходящей вокруг них бойне примерно то же, что и древние греки и римляне. Черную смерть многие считали формой божественного наказания, хотя и не было ясно, за что именно. Медицинский факультет Парижского университета, самого престижного учебного заведения в Европе, утверждал, что разрушения были результатом зловещего соединения Сатурна, Юпитера и Марса, которое произошло в час дня 20 марта 1345 года. Это соответствовало идее о том, что чума была волей Бога, поскольку звезды считались инструментами, с помощью которых Его воля воплощалась на земле. Считалось, что смещение планет вызвало выброс вредных газов - возможно, после землетрясения, - которые затем прокатились по Европе с востока. Это понимание прослеживается в творчестве Шекспира, у которого Тимон Афинский проклинает Алкивиада, вручая ему золото: "Будь как планетарная чума, когда Jove [Юпитер] / Повесит свой яд / В больном воздухе над каким-нибудь городом". Однако существовало и не менее абсурдное, но гораздо более мрачное объяснение источника Черной смерти.