Флагелланты были в основном мирянами, которые верили, что Черная смерть была гневным ответом Бога на разврат средневекового европейского общества и что их драматические акты покаяния умиротворят его. Они утверждали, что их действия были санкционированы Богом, часто в виде письма, упавшего с небес, которое зачитывалось во время их выступлений. Церковь видела в них угрозу своему авторитету, поскольку они оспаривали идею о том, что духовенство должно быть посредником между верующими и Богом. Деятельность флагеллантов подрывала такие ритуалы, как исповедь и покаяние, которые были ключевой частью католической веры. По мере того, как движение набирало обороты, оно привлекло к себе инакомыслящих клириков и стало еще более радикальным. Флагелланты осуждали церковную иерархию, высмеивали ее традиции, срывали богослужения и уничтожали церковное имущество; их также обвиняли в подстрекательстве к насилию против евреев в Рейнской области.
К октябрю 1349 года Климент VI увидел достаточно. Он издал папскую буллу, запрещающую публичные шествия и угрожающую участникам отлучением от церкви. Это было гораздо эффективнее, чем орден, пытавшийся положить конец жестоким нападениям на еврейские общины Европы, и движение быстро сошло на нет. Однако импульс, который привел к созданию этих флагеллантов, было не так легко подавить. Процессии были ранним и шокирующе мазохистским проявлением гораздо более широкого и долговременного изменения отношения к религии, произошедшего после Черной смерти. Когда-то христианство вытеснило язычество, потому что во время антониновской и киприановской чумы оно служило более привлекательным и надежным проводником жизни и смерти. Теперь же, когда болезни вновь опустошили население, многие люди стали отвергать учение католической церкви.
В средневековой Европе секта Иисуса больше не была повстанческим движением принципиальных, самоотверженных мучеников. Церковь превратилась в чрезвычайно богатую и могущественную организацию и требовала от христиан уплаты десятины - 10 процентов от их дохода. Так много людей после смерти оставляли имущество Церкви, что к Средним векам ей принадлежало около трети всей обрабатываемой земли в Западной Европе. Папство контролировало небольшое государство в центральной Италии, но понтифик издавал буллы, которым должны были подчиняться на всем континенте, и имел право объявлять войны от имени христианства. К середине четырнадцатого века католическая церковь далеко отошла от идеи смирения, сострадания и веры, которую проповедовали Иисус и его последователи. На этот раз не было никакой новой религии, которая могла бы предложить альтернативу христианству, как это когда-то произошло с язычеством. Вместо этого мятеж исходил изнутри устоявшейся веры.
Во время Черной смерти и последующих вспышек чумы люди обращались к Церкви за утешением. Но слишком часто они не находили его. Многие священнослужители просто бежали; например, около 20 процентов приходских священников в английских епархиях Йорка и Линкольна оставили свои посты, вместо того чтобы остаться и ухаживать за своими паствами. Те, кто все же оставался в своих приходах, чтобы проводить последние обряды для умирающих, с большей вероятностью подвергались заражению Yersinia pestis и умирали. Во многих городах и деревнях некому было проводить ритуалы, которые помогали людям справиться с утратой. Очевидец из Авиньона сетовал на то, что "ни один священник не пришел выслушать исповедь умирающих или приобщить их к таинствам". Боккаччо сетовал, что мертвых больше не "чествуют слезами, свечами и скорбящими".
Еще до Черной смерти власть и богатство Церкви привлекали в священство людей, которые руководствовались не духовными соображениями, а личным продвижением. Погибло так много священнослужителей, что у Церкви не было иного выбора, кроме как ослабить требования к кандидатам, чтобы заменить их, что привело к притоку в священство неопытных и, во многих случаях, еще более неподходящих людей. Изображение духовенства в литературе второй половины XIV века показывает, как мало его уважали. В "Декамероне" Боккаччо священники, монахи, монахини и даже монахини ищут секса везде, где только могут его найти. В "Кентерберийских рассказах" Чосера сатирически изображено английское общество, и прежде всего церковь. Он рисует картину ленивого и жадного духовенства, включая монаха, который предпочитает охотиться на своем прекрасном коне, а не молиться, и монаха, который дал обет бедности, но с радостью выманивает деньги у обездоленных вдов, чтобы финансировать свой экстравагантный образ жизни.