Повторяющиеся эпидемии наносили серьезный удар по сообществам, которые уже пытались приспособиться к Малому ледниковому периоду. Впервые оспа поразила Исландию в 1241 году, убив около трети населения. Затем в начале 1400-х годов пришла чума, более чем через пятьдесят лет после того, как Черная смерть поразила материковую Европу, убив две трети населения. Очень высокое число погибших является следствием трудностей ведения сельского хозяйства на крайнем севере. В короткий летний сезон необходимо было заготовить корма, чтобы прокормить скот в течение всей холодной и темной зимы. Но это не удалось сделать, когда наступила Черная смерть, поэтому за болезнью последовал голод. Исландии удалось выжить. Но гораздо более мелкие и изолированные общины в Гренландии прекратили свое существование примерно в середине XV века. Несмотря на отрывочность доказательств, инфекционные заболевания, вероятно, по крайней мере, способствовали исчезновению норвежских поселенцев. Оспа поразила Гренландию около 1430 года. И хотя нет никаких сведений о вспышке чумы, нетрудно представить, что зараженные крысы могли попасть в груз зерна. Альфред Кросби отмечает, что если это так, то "нам нет нужды допытываться дальше" о причинах гибели колонии. Поскольку Гренландия находилась в окончательном упадке, а Исландия боролась за выживание, норманны не стали предпринимать новых попыток колонизировать Винланд.
Спустя более 500 лет после того, как норвежцы попытались обосноваться в Северной Америке, европейцы вновь начали ее исследовать. В 1539 году один из лейтенантов Писарро, Эрнандо де Сото, отправился на поиски новых сокровищ. Он использовал огромные богатства, приобретенные в Перу, для финансирования частной армии из 600 солдат, 200 лошадей и 300 свиней, которая высадилась недалеко от залива Тампа, штат Флорида. В течение следующих нескольких лет они протоптали тропу по территории, которая сейчас является юго-восточной частью Соединенных Штатов, добравшись до Теннесси и, возможно, до Арканзаса. Отряд де Сото столкнулся с представителями миссисипской культуры, самого густонаселенного и высокоорганизованного доколумбового общества в Северной Америке. Альфред Кросби описывает этих людей как "впечатляющих деревенских кузенов" мексиканцев. Конкистадоры заметили, что регион был густо заселен, а на обширных возделанных полях располагались крупные поселения с храмами на вершинах земляных курганов. Но местные жители рассказали им, что людей было гораздо больше, пока годом или двумя ранее на не разразилась эпидемия. Во время своего похода отряд де Сото наткнулся на несколько заброшенных деревень и обнаружил дома, в которых лежали разлагающиеся трупы людей, погибших от моровой язвы. Как и при вторжении в империю инков, патогенные микроорганизмы Старого Света опередили испанцев. Инфекционные заболевания могли попасть по суше из Центральной Америки, прибыть с предыдущими европейскими гостями или быть завезены калусами - коренными американцами, жившими на юго-западном побережье Флориды, которые, как известно, в начале XVI века плавали на каноэ на Кубу для торговли.
В конце весны 1542 года на берегу Миссисипи де Сото умер от лихорадки. Источники расходятся во мнении, где именно он находился - в Арканзасе или Луизиане. Не найдя больших богатств, оставшиеся члены его партии вернулись в Новую Испанию. Когда в конце 1600-х годов французы исследовали районы вокруг реки Миссисипи, большинство крупных поселений и сельскохозяйственных угодий, описанных де Сото, уже исчезли. Дикие бизоны бродили по тем местам, где когда-то были ухоженные кукурузные поля, а большинство общин вернулось к жизни, занимаясь земледелием и промыслом. Миссисипская культура, самое развитое общество в Северной Америке, процветавшее более 500 лет, просто исчезла. Наиболее правдоподобным объяснением является то, что население было уничтожено последовательными волнами инфекционных заболеваний, принесенных европейцами. Будущие конкистадоры де Сото вполне могли занести патогены Старого Света, но, учитывая масштабы разрушений, вполне вероятно, что эпидемии имели несколько источников. Не исключено, что одним из них была английская колония Виргиния, первая, основанная на североамериканском материке в 1607 году.