В 1780-х годах проницательные французские гости осознали, насколько опасной стала ситуация, а один из них сравнил Сен-Доминг с Везувием. Французская революция еще больше расстроила Сен-Домингю. Политические потрясения настроили так называемых grand blancs - роялистских владельцев плантаций и их союзников - против petits blancs - бедных французов, поддержавших революцию. Это вызвало недовольство мулатов и негров, когда стало ясно, что, как и в Соединенных Штатах, революционные идеалы либерте, эгалите и братства на них не распространяются. В то время как во Франции революция быстро сметала остатки феодализма, в карибских колониях оставалось неизменным рабовладельческое общество, основанное на превосходстве белой расы. Так было до тех пор, пока чернокожее население Сен-Домингю не взяло дело в свои руки.
В 1791 году рабы напали на своих французских хозяев с мачете, сожгли плантации и разгромили оборудование для производства сахара. Оказавшись в огромном меньшинстве, колониалисты бежали. Они умоляли Национальное собрание в Париже прислать войска, чтобы подавить мятежников и восстановить рабство. Но революционное правительство, на которое все больше влияли радикальные фракции, отказалось вмешиваться. Вместо этого они ратифицировали то, что уже было достигнуто на практике: рабство было отменено в Сен-Домингю в 1793 году. Армия повстанцев присоединилась к своему бывшему врагу - французскому государству, а их лидер Франсуа-Доминик Туссен-Лувертюр стал вице-губернатором и главнокомандующим колонии.
Британцы решили воспользоваться ситуацией и вторглись в Сен-Домингю в 1793 году. Их приветствовали французские владельцы плантаций, которые надеялись, что они помогут восстановить старый порядок. В течение пяти лет британцы оккупировали южную и западную части Сен-Домингю. За это время в колонии сражались 25 000 британских солдат. Но поскольку 60 процентов этих солдат умерли в течение нескольких месяцев после прибытия, в основном от желтой лихорадки, им не удалось добиться значительных успехов в борьбе с повстанцами. В 1798 году британская армия понесла немалые потери и вернулась в Европу.
В конце 1799 года Наполеон захватил власть в результате переворота. За предыдущее десятилетие он создал себе репутацию блестящего полководца, успешно защищавшего революцию от внутренних и внешних угроз. Первый консул жаждал восстановить французский контроль над Сен-Домингом, который, хотя формально и оставался частью Франции, при Туссене Лувертюре становился все более независимым. Наполеон надеялся вновь ввести рабство и возродить плантации рабов, которые затем были бы распределены между его верными сторонниками. Завоевание Сен-Домингю было также частью грандиозной стратегии: использовать колонию в качестве базы для расширения Французской империи в Северной Америке. Номинально Франция владела огромной, но малонаселенной территорией Луизианы, которая простиралась от Мексиканского залива до канадской границы и от Миссисипи до Скалистых гор. Но в действительности французский контроль не простирался дальше Нувель-Орлеана, население которого в то время составляло около 8 000 человек. Наполеон хотел освоить этот регион, чтобы выращивать зерно для пропитания населения Сен-Доминга, а также чтобы одержать верх над своим заклятым врагом - Великобританией, которая двумя десятилетиями ранее потеряла большинство своих колоний в Северной Америке.
Когда стало известно, что Франция планирует вторгнуться на Сен-Доминг, в военное министерство в Париже посыпались желающие принять в этом участие. Как и Наполеон, они полагали, что победа будет предрешена и откроет возможности для накопления огромных богатств. В декабре 1801 года экспедиционный отряд из 30 000 солдат отправился на Карибы под командованием Шарля Леклерка, шурина Наполеона. Наполеон и Леклерк знали, что их солдаты будут сильно страдать от желтой лихорадки на Сен-Домингю - даже если они считали, что угрозу представляют "миазмы", а не вирус, переносимый комарами. Экспедиция отправилась зимой, чтобы у французской армии было несколько месяцев на отвоевание колонии и восстановление рабства до того, как наступит сезон дождей и популяция Aedes aegypti взорвется. Французские командиры были настолько уверены в том, что смогут одержать быструю победу, что не планировали затяжной кампании, которая растянулась бы на лето. Эта гордыня обойдется очень дорого.
Французы добились первого успеха в мае 1802 года, когда захватили Туссена Лувертюра во время, как предполагалось, переговоров между ним и французским генералом. Лидер повстанцев был перевезен во Францию и заключен в замок в горах Юра, где и умер в следующем году. Но если не считать этого позорного эпизода, усилия французов по отвоеванию Сен-Домингю закончились неудачей. После десятилетнего конфликта повстанческая армия представляла собой дисциплинированную, хорошо вооруженную боевую силу, возглавляемую блестящими полководцами, особенно Жан-Жаком Дессалином, который принял на себя руководство после того, как Туссен Лувертюр был взят в плен. Aedes aegypti был важнейшим оружием в их арсенале. Повстанцы знали по опыту, что новоприбывшие европейцы умирали толпами каждое лето в сезон дождей, когда процветали комары, и они планировали в полной мере использовать преимущество, которое давал им иммунитет к желтой лихорадке. Когда в марте 1802 года Дессалин готовился к первому нападению на французов, он напомнил своим войскам: "Белые из Франции не смогут выстоять против нас здесь, на Сен-Домингю. Сначала они будут хорошо сражаться, но вскоре заболеют и умрут как мухи".