Под Москвой Романовым принадлежали прекраснейшие сёла Измайлово и Рубцово, при них 8 деревень, три пустоши и около 1 тыс. гектаров пашни. Ещё сёла Чашниково и Филисово, при них 9 деревень, 24 пустоши, много лесов и 1300 га пашни. В Коломенском уезде под Москвой Фёдор Никитич управлял сёлами Ступаново и Лысково-Цепеево с богатыми сенокосами, лесом и 1650 га пашни. В его селе Степанове кроме земель было устроено два пруда «с рыбою, а на пруде же мельница немецкая, а в селе — церковь Благовещения Пречистой Богородицы, каменная, да 2 предела».
Палаты бояр Романовых на Варварке. Неизвестный художник
К востоку от Москвы, в Юрьево-Польском, Владимирском и Муромском уездах, у Романовых были сёла Петровское, Клины, Смердово, Лычево, Кигалеево, Заколпье, Георгиевское. Около Нерехты — село Денисовское. В Галичском, Чухломском и Солигаличском уездах — сёла Анофриево, Шулева, Зосима-Савватий, Никола Мокрый, Степурино и Верховье. К северу от столицы они владели сёлами Хабацкое, Суслово, Лихачево, Федорково, Тургенево и Свистуново. К западу у семьи была вотчина в Вязьме.
Фёдор Никитич рачительно управлял также дворами в Великом Новгороде, где его крепостные занимались промыслами, и землями в Шелонской и Водской пятинах. На юге России Романовы владели обширными землями в Калужском. Епифанском, Ряжеком, Данковском, Лебедянском. Кленком и Каширском уездах. Большими сёлами там были Карамышево, Спасское, Кремлёво, Вослеба, Романово, Мокрое, Чёрное, Студенец, Сырское, Троицкое, Рожественно — каждое с деревнями, покосами, лесом и пашнями.
Забот у одного из крупнейших землевладельцев Европы XVI в. было немало. Одной дворни у него на Варварке было несколько сот мужчин, не считая женщин, которым давала работу его жена, и массы детей, которых хозяин должен был отдавать учиться грамоте и разным ремёслам. Однако Фёдор Никитич, строго следуя традиции, справлялся со всеми делами, опираясь на своих братьев, приказчиков и выборных старост сельских общин.
Он радовал своим присутствием Думу и не отказывался откушать с царем, в особенности за семейным, с немногочисленными друзьями обедом. Реже отмечен Фёдор Никитич на больших торжественных пирах и приемах, где он оказывался ниже кого-то чином, хотя таких соперников оставалось все меньше и меньше.
В перечнях бояр он упоминается в 1588/89 г. (старинный год от Сотворения мира начинался 1 сентября) на десятом месте, а уже в следующем, 1589/90 г., — на шестом. Менее чем через десять лет, к концу царствования Фёдора Иоанновича, Фёдор Никитич Романов имел чин главного дворового воеводы (главнокомандующего силами государева двора) и считался одним из трёх руководителей государевой Ближней Думы.
Боярин не стремился «заслужить» высокое положение подвигами, но старательно держался близ трона. Даже в военный поход он выступил лишь тогда, когда на это подвигся сам богомольный государь. Первый по знатности боярин князь Фёдор Мстиславский командовал в походе на шведов 1590 г. Большим полком, зато Борис Годунов и Фёдор Романов в званиях дворовых воевод были при царе.
Понюхать пороху Романову, как, впрочем, и Мстиславскому, не пришлось: дело решил воевода Передового полка князь Дмитрий Хворостинин, разгромивший войско Ревельского штатгальтера Густава Банера под Нарвой, не дожидаясь царской подмоги. Однако успех — отбитие у шведов сданных им Иваном Грозным крепостей Ям и Копорье, Иван-города и Карельской области — разделялся, как обычно, по чинам, а не по заслугам. Так что по наградам победитель не попал в первый десяток. А Фёдор Романов попал.
Бояре считали своей обязанностью и привилегией получать высшие командные и административные назначения. Но Фёдор Никитич, хоть и стал в 1593 г. наместником псковским, не покидал Москвы, ограничиваясь ближней службой. В этом и следующем годах он возглавлял комиссию из пяти лиц для приёма имперского посла Варкоча. Романов позаботился произвести впечатление на посла императора Рудольфа: все русские члены комиссии являлись на переговоры в роскошных одеяниях из золотой парчи («золотные» наряды были потом излюбленными при дворе Романовых); ненужные в помещении шапки, сделанные на один манер — белая тафта, на ладонь ширины шитая жемчугом и каменьем, — они держали в руках.
С годами быстрое возвышение Романова стало всё сильнее заботить Годунова. Фёдор Никитич продолжал играть роль беззаботного помещика, воспринимающего свое положение как должное, но он был слишком близок к трону, который рано или поздно должен был опустеть. До 1592 г., пока Годунов надеялся на появление у царя Фёдора Ивановича наследника — своего племянника, он заботился лишь о сохранении за собой реального правления страной. Наконец царица Ирина Фёдоровна родила дочь Феодосию — Годунов, не растерявшись, бросился искать ей партию среди европейских государей. Но Феодосия в следующем году скончалась, надежды на продолжение династии стремительно падали, и вопрос о судьбе трона вставал всё острее.