Такое же обвинение возвели на Романа Тушина, пристава Михаила Никитича Романова в Перми Великой, в селе Ныроба, что лежало в семи верстах от Чердыни, на самой границе с инородцами. Михаила привезли туда зимой и, не удовлетворившись обычной охраной, решили поместить подальше от села в землянке, вырытой в мерзлой земле. Крестьяне вспоминали, как Михаил Никитич, привезенный к землянке в санях, показал свою силу: схватил сани и бросил их на десять шагов. Не полагаясь на шестерых сторожей, пристав Тушин наложил на узника тяжкие оковы: плечные в 39 фунтов, ручные в 19, ножные в 19, а замок в 10 фунтов. Русский фунт — около 454 гр., т. е. оковы Михаила Никитича весили больше 30 кг.
В землянке была лишь малая печурка и отверстие для света. Чтобы ослабить узника, ему даже в лютые холода давали только хлеб и воду. Ныробцы, говорят, научили своих детей подкармливать Михаила квасом, маслом и прочими жидкостями: их носили в дудочках и выливали в отдушину землянки, собираясь к ней вроде бы поиграть. Но это было замечено стражей и сурово пресечено. Шестеро ныробцев были скованы и отосланы в Москву как злодеи. Вернулись через много лет лишь двое, другие умерли от пыток. Крестьяне были уверены, что сторожа, скучая охраной узника, уморили его, а другие говорили — удавили.
То же говорили и про Василия Никитича, сосланного в Яренск, однако документы рассказывают о его судьбе по-иному. Годунов, отлично понимавший неизбежность обвинений в свой адрес в случае смерти узника, строго приказал «везти Василия дорогой бережно, чтоб он с дороги не ушёл и лиха никакого над собою не сделал». При Василии Никитиче был даже оставлен слуга. Конечно, следить за изоляцией узника приказывалось во все глаза: «чтобы к нему на дороге и на станах никто не приходил, и не разговаривал ни о чем, и грамотами не ссылался». Всех подозрительных Годунов велел хватать, допрашивать, пытать и отсылать в Москву.
Двор узника в Яренске (ныне город в Архангельской области) следовало выбрать подальше от жилья, а если такого нет — поставить новый с крепким забором, но не тесный: две избы, сени, клеть и погреб. Предписано было кормить опального изрядно — хлебом, калачами, мясом, рыбой, квасом; на это отпускалась очень крупная по тем временам сумма: сто рублей в год.
Узник был беспокойный: ещё но дороге, на Волге, выкрал ключ от своих кандалов и утопил в реке, чтоб его нельзя было вновь заковать. Пристав подобрал другой ключ и заковал Василия Никитича пуще прежнего, но оказалось, что делать это ему было не велено. Пристав получил от Бориса Годунова выговор, хоть и оправдывался, донося, что Василий Никитич «хотел у меня убежать».
Как и следовало ожидать, томимый собственным гневом и утеснением пристава узник заболел. Обеспокоенный Годунов велел перевезти его в Пелым, где был уже заточен Иван Никитич Романов, разбитый параличом (у пего отнялась рука и плохо слушалась нога). Пелымский пристав сообщал царю, что «взял твоего государева изменника Василия Романова больного, чуть живого, на цепи, ноги у него опухли. Я для болезни его цепь с него снял. Сидел у него брат его Иван да человек их Сенька; и я ходил к нему и попа пускал. Умер он 15 февраля (1602 г.), и я похоронил его, дал по нём трем попам, да дьячку, да пономарю двадцать рублей».
Ясно, что в народе стали говорить: «Василия Никитича удавили, а Ивана Никитича морили голодом». Это была не ошибка молвы, а всего лишь неточность. Читая указы царя Бориса между строк, приставы держали двух больных братьев прикованными к стене цепями в разных углах избы, всячески ускоряя их смерть. Так что и вправду, как говорили, Ивана только «Бог спас, душу его укрепив».
Иван Никитич был раскован по царскому указу от 15 января 1602 г., а указом от 28 мая отправлен на службу в Нижний Новгород вместе с князем Иваном Борисовичем Черкасским (сыном князя Бориса и Марфы Никитичны Романовой), выпущенным из заточения в Малмыже на Вятке. На этот раз Годунов строго предупредил приставов: «едучи дорогою и живучи в Нижнем Новгороде к князю Ивану (Черкасскому) и к Ивану Романову бережение держать большое, чтоб им нужды ни в чём никакой отнюдь не было и жили б они и ходили свободны». Указами от 17 сентября и 14 октября 1602 г. оба были возвращены в Москву. Освобожден был и муж умершей в Сумском остроге Евфимии Никитичны Романовой князь Иван Васильевич Сицкий.
Милосердие царя Бориса было вынужденным: его уже но всем углам величали убийцей, припоминая длинный ряд подозрительных смертей на его пути к трону и во время царствования. Печальная судьба ссыльных Романовых укрепила эти обвинения.
Общее мнение прекрасно передаёт Новый летописец, где глава «О Фёдоре Никитиче с братьями» начинается так: «Царь же Борис, помышляя себе, что извёл царский корень, повелев убить царевича Дмитрия, а потом и государь царь Фёдор Иванович преставился, желая царских последних родственников извести: братьев царя Фёдора Ивановича Фёдора Никитича с братьями, а родство их ближнее — царица Анастасия да Никита Романович от единых отца и матери; от царицы Анастасии Романовны — царь Фёдор Иванович, а от Никиты Романовича — Фёдор Никитич с братьями. Царь же Борис не мог их видеть, желая оставшийся царский корень извести, и многих подучал людей их на своих господ донести; и по тем доносам хватал у них людей многих, которые за них стояли, и пытал их разными пытками; они же на государей своих ничего не говорили, терпели за своих государей в правде, не ведая за государями своими ничего».