Но особенно ярко грекофильство Стефана Вонифатьевича сказалось в той деятельности, какую он, и его духовный сын — царь Алексей Михайлович, проявили под конец патриаршества Иосифа, а так же в избрании и поставлении в патриархи Никона, и в деятельной поддержке его грекофильской реформы, о чем мы будем говорить ниже.
За свой высокий нравственный характер, за свою кротость я миролюбие, за свое смирение, соединенное с глубоким благочестием, Стефан Вонифатьевич пользовался величайшим уважением не только царя, Ртищева, Никона, но в всех вообще близко знавших его лиц. Неронов, в своих письмах, называет Стефана «мужем строящим мир церкви», «подобным Давидови незлобием и кротостию», заявляет, что он «дивится его смирению и простонравию блаженному». Игумен Феоктист, в письме к Стефану от 15 июля 1654 года, величает его «великий отче и дивный моему смирению покрове, пачеже стено по Бозе и застуиниче, вселюбезный наш по Бозе пастырю и учителю». Протопоп Аввакум, не имевший обычая говорить доброго слова о тех, кто не согласен был с ним в убеждениях, не смотря на то, что Стефан «всяко ослабел» т. е. стоял на стороне Никона, сохранил о нем однако самое доброе воспоминание, — время Стефана всегда представлялось ему самым лучшим и светлым. В челобитной государю, по возвращении из Даур, когда Стефана уже не было в живых, он пишет: «добро было при протопопе Стефане, яко вся быша тихо и не мятежно ради его слез и рыдания и негордого учение: понеже не губил никого Стефан до смерти, якоже Никон, ниже поощрял на убиение. Тебе свету (т. е. царю) самому житие его вестно». Рассказывая о своем заключении в Андроньевском монастыре, где он три дня сидел без пищи и питья, Аввакум замечает: «тут мне пищу принесе ангел за молитв святого отца протопопа Стефана». В послании к некоему Симеону Аввакум замечает: «при духовнике протопопе Стефане Алексеюшко-то с Марьюшкою (т. е. царь с царицей) добры до нас были и гораздо, яко Аркадий и Евдокие к Иванну». В одном случае Аввакум обращается к царю: «воздохни-тко по старому, как при Стефане бывало, добренько». Дьякон Федор называет Стефана, в противоположность Никону, добрым[11].