Между тем в своем исследовании, опиравшемся главным образом на Материалы для истории раскола, изданные тем же самым профессором Субботиным, мною ясно было показано, что Аввакум, Неронов, Лазарь и др. никогда не были книжными справщиками и вообще никогда к книжной справе никакого отношения не имели, что они ранее совсем не жили в Москве, а только некоторые из них появились в ней не задолго до смерти патриарха Иосифа и потому никак не могли иметь при нем влияния на книжную справу. На вопрос необходимо отсюда возникший: кто же, в таком случае, и когда испортил наши древние православные церковные чины и обряды, которые потом Никону пришлось исправлять, мною был дан такой ответ: древние наши церковные чины и обряды никогда ни кем у нас не искажались и не портились, а существовали в том самом виде, как мы, вместе с христианством, приняли их от греков, только у греков некоторые из них позднеe изменились, а мы остались при старых, неизмененных, почему впоследствии и явилась рознь между московскими церковными чинами и обрядами и позднейшими греческими. Это свое общее положение я иллюстрировал на форме перстосложения для крестного знамения, при чем выяснил, что в христианской церкви древнейшею формою перстосложения было единопepстиe, а потом единоперстие у православных греков заменено было двоеперстием, которое мы от них и заимствовали при своем обращении в христианство. И в то время как греки не остановились и на двоеперстии, а позднеe заменили его у себя троеперстием, русские остались при прежнем, воспринятом ими от греков, двоеперстии, которое и было у нас, до Никона, господствующим обычаем.
Указанный два наши положения: что Аввакум, Неронов, Лазарь и др. главнейшие противники церковной реформы Нитона и основатели старообрядчества никогда не были книжными справщиками и никакого влияния на книжную справу при патриархе Иосифе не имели, что двоеперстие является не искажением и порчею древнего обряда русским невежеством, а есть настоящий древний православный обряд, к нам от православных греков, у которых он ранеe употреблялся, произвело очень сильное впечатление на тогдашних наших полемистов с расколом. В том жe 1887 году, когда мною начато было печатание своего исследования, проф. Н. И. Субботин, в издаваемом им журнале Братское Слово, выступил против меня с целым рядом статей, в которых особенно усиливался показать, что мой взгляд на перстосложение для крестного знамения неправилен, так как совпадает со взглядами старообрядцев, и по самому существу не есть взгляд православный, а старообрядческий, и что будто бы к защите собственно старообрядства направлено и все мое исследование. Мне пришлось отвечать на нападки г. Субботина (Прав. Обозр. за 1888 г.). Из моего ответа г. Субботин убедился, что научно-литературным путем подорвать правильность моих воззрений и доказать правоту свою — дело едва ли возможное. Тогда он прибегнул к другому способу, чтобы заставить меня замолчать окончательно. Человек, близко знакомый тогдашнему обер-прокурору Св. Синода и его помощнику, он представил им начавшееся печатанием мое исследование как очень вредное для православной церкви, а мою личность как неудобную для профессуры в духовной академии. Выгнать меня из академии ему однако не удалось, но цензор журнала Православное Обозрение, свящ. Ив. Дм. Петропавловский, получил приказание от К. П. Победоносцева не допускать к дальнейшему печатанию моего исследования о патриархе Никоне, почему оно и было прекращено печатанием, остановившись только на времени патриарха Иосифа.
Между тем мои взгляды на старый обряд в последующее время не только не были кем либо опровергнуты, но и получили полное подтверждение, как научно правильные. Известный историк русской церкви Е. Е. Голубинский в 1892 г. издал особое исследование под заглавием: К нашей полемики с старообрядцами, в котором новыми данными, относящимися к вопросу о перстосложении и другим спорным обрядовым вопросам, вполне подтвердил научную верность моих взглядов на старый обряд. Теперь они приняты всеми в науке и уже не возбуждают иикаких споров среди самих полемистов с старообрядцами и никто в них ничего вредного для церкви не находить.
Так как прошло уже более двадцати лет, когда остановлено было печатание моего исследования о патриархе Никоне, а в этот промежуток времени появились по данному вопросу и новые материалы, то естественно, что настоящее исследование представляет из себя не воспроизведение старого сочинения, а совершенно новую работу, написанную после повторного изучения всех относящихся к делу документов, причем некоторые факты и явления мною поняты и объяснены теперь значительно иначе, нежели как это было сделано ранee.