К весне 1930 года ситуация в «религиозном вопросе» была критической. Уже нельзя было «не замечать», что коллективизации повсеместно сопутствовало «раскулачивание» служителей культа, неправомерное закрытие церквей и молитвенных домов. На духовенство и наиболее активных верующих обрушились судебные и несудебные расправы. Это вызвало в ряде районов страны волну недовольства и возмущения и верующих, и неверующих. Как отмечалось в информациях работников НКВД РСФСР с мест, нередко они носили «характер массовых выступлений», в которых принимали участие «середняки, бедняки, женщины, демобилизованные красноармейцы и даже представители сельских властей». В частности, в одном из докладов НКВД весной 1930 года сообщалось: «Поступившие от административных управлений краев и областей сведения о подъеме антирелигиозного настроения, связанные с сообщением о чрезвычайно быстром темпе коллективизации сельского хозяйства, имеют обратное положение: донесения из ряда мест говорят об отливе середняков из колхозов, сопровождающемся серьезным движением за открытие церквей, возвращение снятых колоколов, освобождение высланных служителей культа. Если до этого в административные отделы поступило большое количество ходатайств об оформлении закрытия церквей, то теперь усилилось поступление заявлений с просьбой об открытии церквей, о разрешении религиозных шествий и т. п.»[144].
Чтобы хоть как-то снизить остроту проблем на «религиозном фронте», 5 марта 1930 года в политбюро рассматривался вопрос «Об извращениях партлинии в области колхозного строительства», а 14 марта было принято известное постановление ЦК ВКП(б) «О борьбе с искривлениями партийной линии в колхозном движении». В документе содержится требование «решительно прекратить практику закрытия церквей в административном порядке». Не остался в стороне и ВЦИК, направивший в адрес местных органов власти секретный циркуляр с осуждением административных перегибов.
Опираясь на эти документы, стремится активизировать свою деятельность и Комиссия по вопросам культов, которая в течение первого года своего существования в условиях «великого перелома» в вероисповедной политике Советского государства практически была парализована. При этом она опиралась на «указания» политбюро в адрес президиумов ЦИК союзных республик «выслушивать жалобы по религиозным делам и исправлять допущенные искривления и перегибы», а также в адрес партийных комитетов различных уровней «решительно прекратить практику закрытия церквей в административном порядке, фиктивно прикрываемую общественно-добровольным желанием населения. Допускать закрытия церквей лишь в случае действительного желания подавляющего большинства крестьян, и не иначе как с утверждения постановлений сходов областными исполкомами. За издевательские выходки в отношении религиозных чувств крестьян и крестьянок привлекать виновных к строжайшей ответственности».
И действительно, на какое-то время процесс закрытия церквей и молитвенных зданий несколько приостановился. Комиссия отменяла ранее принятые несправедливые решения. Только в Московской области к июню 1930 года верующим было возвращено 545 культовых зданий. К концу года были возвращены многие православные и старообрядческие храмы, костелы, синагоги и мечети в Татарской АССР, в Москве, в Ярославской, Брянской, Рязанской, Уральской, Вологодской, Вятской, Камчатской, Липецкой, Читинской, Нижегородской, Ленинградской и других областях. Нередко комиссия обязывала местные власти привлекать к уголовной или административной ответственности должностных лиц, нарушивших закон. И такие прецеденты были.
Роль комиссии в деле устранения «перегибов» в религиозном вопросе особенно возросла после того, как в декабре 1930 года постановлением ЦИКа и СНК СССР были упразднены наркоматы внутренних дел в союзных и автономных республиках. Согласно постановлению ВЦИКа и СНК РСФСР (31 декабря 1930 года), отныне комиссия оставалась единственным общефедеральным (центральным) государственным органом, на который возлагалась «обязанность общего руководства и наблюдения за правильным проведением в жизнь политики партии и правительства в области применения законов о культах на всей территории РСФСР».