Под юрисдикцию патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия перешли духовенство, храмы и монастыри этих территорий. Властью признавалось, что здесь влияние духовенства гораздо сильнее, чем в других республиках, и потому предписывалось проводить более осмотрительную церковную политику. В статье Ем. Ярославского «О задачах антирелигиозной пропаганды» об этом говорилось так: «Понятно, что в недавно присоединившихся к СССР союзных республиках вопрос о религии имеет особенное значение. Там еще сильна власть религии, которую всячески насаждали буржуазные режимы. Там в течение десятилетий обманывали население сказками о „религиозных гонениях“ в СССР, о том, что будто бы у нас запрещают молиться и т. д. Вот почему нам нужно быть очень тактичными при объяснении вреда религии трудящимся новых советских республик. Конечно, и там произойдет та революция в сознании трудящихся, которая произошла в нашей стране за двадцать два года, но она пойдет гораздо быстрее, потому что эти народы получают советскую власть в готовом виде, а мы за советскую власть дрались на фронтах гражданской войны. Они в готовом виде получают всю советскую организацию, все созданные советской властью учреждения и весь накопленный за это время опыт. Путь, пройденный нами, они с помощью всего Советского Союза пройдут гораздо скорее»[148].
Сохранившиеся учетные сведения о религиозной ситуации в стране отражены в приводимой таблице:
Внешние благополучие и стабильность статистических данных обманчивы, поскольку в 1940 году подсчет велся уже с учетом православных обществ, действовавших на территории, вошедшей в состав СССР. Тогда как за этот же период только в РСФСР количество действовавших православных общин было в административном порядке сокращено с 3617 единиц до 950. Не будет преувеличением сказать, что и из этого числа реально действующей была примерно только треть обществ: к примеру, в 25 областях не имелось ни одного действующего храма, в 20 — от одного до пяти. Остальные храмы, отобранные у религиозных общин властями зачастую даже без видимости соблюдения действующих законов, стояли «на замке» и были недоступны верующим.
Не менее безрадостной была ситуация и на православной Украине. Были закрыты все православные церкви в Винницкой, Кировоградской, Донецкой, Николаевской, Сумской, Хмельницкой областях. По одной церкви действовало в Ворошиловградской, Полтавской, Харьковской областях.
Новые территории, на которых действовало более трех тысяч православных храмов и 60 монастырей и было 14 правящих архиереев, доставляли определенные проблемы Московской патриархии. Дело в том, что тамошние православные епархии в послереволюционный период заявили о своей церковной самостоятельности. Теперь, в новых политических обстоятельствах, неизбежно должны были вноситься изменения в их церковную жизнь.
Патриарший местоблюститель митрополит Московский и Коломенский Сергий стремился упорядочить здесь церковную жизнь и взять ее под контроль. По немногим из дошедших до нас его писем мы можем представить его точку зрения на церковные проблемы на данных территориях. К примеру, в письме епископу Александру (Толстопятову) он писал: «Наши новые области заставляют-таки беспокоиться. Новая заплата не сразу пристает к старой одежде. Все у них там как-то по-своему. В особенности трудно дается усвоить, что прежняя их автокефалия на церковном языке называется „раскол“ со всеми следующими отсюда выводами: что все, признаваемое за ними, признается лишь „икономии“ ради, а, строго говоря, по канонам ни на что они рассчитывать права не имеют. Они же представляют дело приблизительно вроде Вашего переезда из Череповца в Слободской: взял чемодан, купил билет и с Богом. Много еще придется с ними потерпеть, втолковывая таблицу умножения… Ждет устройства Бессарабия. Туда командирован епископ Алексий Сергеев. В Западную Украину и Белоруссию поехал (временно) экзархом архиепископ Николай Ярушевич. Теперь нянчимся с Латвией и Эстонией. Командирован в Латвию и Эстонию наш архиепископ Сергий: Латвия принесла покаяние, а об Эстонии пока не знаем»[149].
В 1940 году митрополит Сергий предложил митрополиту Эстонскому Александру (Паулусу) и митрополиту Латвийскому Августину (Петерсону) вернуться в Московскую патриархию. После переговоров духовенство и приходы перешли в юрисдикцию Московского патриархата. На Таллинской кафедре правящим архиереем остался архиепископ Александр (Паулус), который дал клятву верности Московской патриархии. В начале 1941 года в Литву вместо скончавшегося митрополита Виленского и Литовского Елевферия (Богоявленского) был направлен архиепископ Сергий (Воскресенский) с возведением в сан митрополита и назначением экзархом Латвии и Эстонии.