Сергий взывал к патриотическим чувствам студенчества, к пробуждению в них устремленности к идеалам служения ближним, общему благу, стремления к истине, добру и красоте. Он призывал возгревать в себе религиозный и научный энтузиазм, интерес к духовной школе и знаниям, получаемым здесь. Конечно, не только студенчество нуждалось во внимании ректора, но и преподавательская корпорация, которая обсуждала вопросы реорганизации духовной школы, автономии академии. Тем более что среди преподавателей было много бунтовавших «молодых сил» — иеромонах Михаил (Семенов), впоследствии перешедший в старообрядчество, Борис Титлинов, впоследствии ставший крупным обновленческим деятелем, и другие.
Наряду с бесславной войной с Японией обыденным делом становились стачки и забастовки в городах, крестьянские бунты. Ужас Кровавого воскресенья 9 января 1905 года потряс Россию. Сам Сергий откликнулся на это трагическое событие Словом, заканчивающимся так: «Никому не нужна была эта кровь. Но она все-таки пролилась! Совершилось нечто ни с чем не сообразное, всем прискорбное и отвратительное, нечто ужасное. Просто кара Божия обрушилась на нас, чтобы к бедствиям и неудачам внешней войны прибавить и это кровавое пятно»[15].
Все свидетельствовало о сползании России в бездну социальных катастроф. А в церковных кругах заговорили о реформах, Поместном соборе, восстановлении патриаршества. И это вполне объяснимо, ибо нельзя было уже не замечать произвола и диктата, гонений и преследований, творившихся в духовной сфере. Видный российский юрист М. Рейснер, размышляя в эти годы о «законности и порядках» в отношении к различным религиозным организациям со стороны власти и о царивших повсеместно произволе и административном диктате, писал: «Магометане, язычники, католики и сектанты считаются православными и судятся за отпадение от православия. Издаются законы некоторой терпимости раскольников и сектантов, и полиция отменяет их собственной своей властью. Священники доносят и шпионят, преследуют еретиков именем Христа, предают своих ближних на мучение и казни. С курией заключаются международные договоры и не исполняются. Миллионы мусульман совершенно лишаются какой бы то ни было законодательной защиты, предаются в жертву безграничному усмотрению местных властей. Что это такое? Как все это возможно в благоустроенном государстве? Где мы? В культурной европейской стране или в Центральной Азии? В христианском государстве или среди орд Магомета? Полицейская сила, действующая помимо всяких твердых норм и правил, топчущая ногами законы страны, решающая важнейшие вопросы жизни многомиллионного народа по формуле: хочу — казню, хочу — милую»[16].
Под началом председателя Комитета министров С. Ю. Витте в течение января — марта участники Особого совещания обсуждали содержание и направленность вероисповедной реформы, признавая необходимость скорейшего принятия особого указа, посвященного упрочению в России свободы вероисповедания. К разработке указа был привлечен первенствующий член Святейшего синода митрополит Санкт-Петербургский Антоний (Вадковский). Он не возражал против расширения прав и свобод старообрядческих, сектантских и иноверных организаций и обществ, но считал, что это повлечет за собой «умаление» интересов и прав православной церкви, и потому предлагал рассмотреть и положение православной церкви. В поданной им записке под названием «Вопросы о желательных преобразованиях и постановке у нас православной церкви» предлагалось ослабить «слишком бдительный контроль светской власти», разрешить свободно приобретать имущество для нужд православных обществ, «дозволить» участие иерархов в Государственном совете и Комитете министров. Как эти, так и другие предложенные им меры должны были, давая «свободу» церкви, упрочить ее союз с государством[17].
Записка митрополита не понравилась С. Ю. Витте. Стремясь максимально прояснить позицию правительства в отношении как характера и пределов церковных реформ, так и ожидаемых от церкви шагов, он составил и внес на обсуждение совещания свою записку «О современном положении православной церкви». В ней без обиняков предлагалось церкви освободиться от таких присущих ей «пороков», как «вялость внутренней церковной жизни», «упадок» прихода, «отчуждение» прихожан от священников, бюрократизм церковного управления. Особо подчеркивалась неподготовленность православного духовенства к борьбе с «неблагоприятными церкви умственными и нравственными течениями современной культуры», тогда как государству нужна от духовенства «сознательная, глубоко продуманная защита его интересов».