Как отмечалось в заметке, опубликованной в «Церковном вестнике», на все возражения оппонентов «магистрант давал основательные и ясные ответы. Совет академии признал защиту удовлетворительной, а магистранта — достойным ученой степени магистра богословия». Выданный советом Московской духовной академии диплом о присуждении ученой степени магистра богословия свидетельствовал, что Сергий Страгородский утвержден в этой степени Святейшим синодом, а посему ему «предоставляются все права и преимущества, законами Российской империи со степенью магистра духовной академии соединяемые». «Прекрасное, выдающееся по талантливости исследование» — такова была оценка этой работы современниками. Не потеряла она своей актуальности и сегодня, выдержав в последнее десятилетие уже несколько переизданий.
В каждый свой отпуск Сергий стремился в обязательном порядке побывать на родине — в Арзамасе. Летом 1896 года по дороге домой он завернул в Казань, где его друг архимандрит Антоний (Храповицкий) в те годы был ректором Казанской духовной академии. Вечерами у отца ректора традиционно собирались гости: студенты, преподаватели академии и иных светских и церковных учебных заведений. Вот и в этот раз среди собравшихся вдруг зашел разговор о «быстротечности» и «незначительности» человеческой жизни.
— Жизнь пустяшна и коротка, — говорил приват-доцент местного университета, — клочок синего тумана в снежном облаке. И только у немногих людей она проходит легко, «в тепле и свете», а у большинства же переполнена страданиями. И не все ли равно, как прожить эту жизнь, ибо краткость ее и является разрешением задачи и нельзя быть слишком несчастным на протяжении мига.
Последовал обмен мнениями, спор, но все сошлись в том, что, пожалуй, наиболее убедительным был архимандрит Сергий, говоривший: «Да, жизнь быстротечна, но от каждого зависит сделать ее наполненной и если не совершенной, то значительно приближенной к совершенству. Смерть не является полным уничтожением человеческой жизни, она лишь звено в цепи, посредством которой открывается новая, теперь уже бесконечная жизнь. Она же будет развиваться в направлении нравственно ценном или бессодержательном, мучительно-ничтожном — в соответствии с тем, как и в каком направлении шла земная жизнь человека, данная для приуготовления к жизни небесной».
Эти мысли молодого архимандрита свидетельствовали о его намерении сделать свою земную жизнь содержательной, временем приготовления к переходу в мир иной. Отсюда и его стремление к иночеству, уход от мира сего, «во зле лежащего».
К уходу в иночество он призывал и других. И в этой устремленности он во многом сходился с архимандритом Антонием, что и стало «почвой» для их многолетней дружбы. Уезжая из Казани, Сергий сделал некоторым студентам подарки, привезенные из Афин, которые без слов выражали благопожелание о принятии монашества. Для некоторых из них оно стало свершившимся фактом, изменившим всю последующую жизнь.
В 1897 году судьба вновь привела Сергия в Японию, на этот раз в качестве помощника начальника миссии. Здесь его застает приятное известие из России: на 8 марта 1898 года назначено возведение Евгении Страгородской в сан игуменьи арзамасского Алексеевского монастыря. В подарок своей тетушке Сергий заказывает живописцам в мастерской миссии перламутровый посох ручной работы, обложенный серебром, с изображением Алексия, человека Божия. Когда посох был готов, любящий племянник отправил его в Арзамас. В этот раз в Японии Сергий пробыл до осени 1899 года. Состояние здоровья не позволило ему надолго остаться в стране, которую он успел сердечно полюбить. Дело в том, что на пути в Японию корабль попал в жестокий шторм, Сергий простудился и заболел воспалением среднего уха. Последствия этой болезни будут его сопровождать всю жизнь.
Так завершалось десятилетнее миссионерское служение.
Учитель, воспитай ученика…
По возвращении в Петербург архимандрит Сергий назначается ректором в Санкт-Петербургскую духовную семинарию. Однако ему не пришлось работать на этом посту, поскольку 6 октября 1899 года его переводят в alma mater — Санкт-Петербургскую духовную академию на должность инспектора с одновременным предоставлением ему кафедры истории и обличения западных исповеданий.