Одним из первых решений революционных властей Франции стала ликвидация Ордена и конфискация всей его собственности. Орден считался «прибежищем клерикальной реакции», «средневековым пережитком». Когда в июне 1798 года французский флот под командованием «гражданина Бонапарта» захватил Мальту, то первым делом французы объявили о «ликвидации» Ордена, одновременно разграбив всё его достояние.
15 августа 1798 года собрание «кавалеров сановников» Ордена, состоявшееся в Петербурге, единогласно постановило: просить Императора Павла принять на себя звание Великого Магистра Ордена. 29 ноября того же года Император Всероссийский принял на себя это звание, став 75-м носителем этого звания.
Весь мир был извещён о том особым Манифестом «Об установлении в пользу Российского дворянства Ордена Святого Иоанна Иерусалимского». Начинался он словами; «Божиею милостью Мы Павел Первый, Император и Самодержец Всероссийский, Великий Магистр ордена Святого Иоанна Иерусалимского и проч., и проч., и проч.». В Манифесте было сказано об исторических заслугах Ордена, который «от самого своего начала благоразумными и достохвальными учреждениями своими споспешествовал как общей всего Христианства пользе, так и частной таковой же каждого Государства, Мы всегда отдавали справедливость заслугам сего знаменитого Ордена…».
Ещё в конце 1797 года, когда Павел I принял на себя обязанности Протектора (Покровителя) Мальтийского ордена (11 ноября 1797 года), Мальта находилась в зоне пристального интереса «Самодержца всея Руси». При этом благоразумие повелителю России не изменяло, и, после занятия Мальты французами, Павел Петрович не отдал приказ начать военно-морскую экспедицию для освобождения Мальты от «грязных якобинцев». Даже когда в 1799 году русская эскадра под командованием адмирала Ф. Ф. Ушакова (1744–1817) одержала в Средиземном море блестящие победы над французским флотом, освободила Ионические острова в Эгейском море и остров Корфу (20 февраля 1799 года), то и тогда военных посягательств на остров Мальту Россия не проявила.
К этому времени Мальта была захвачена англичанами, а Англия являлась союзником России по большой антифранцузской коалиции, включавшей Англию, Россию, Австрию, Турцию и Неаполитанское королевство. Дипломатические переговоры о будущем Мальты велись представителями ведущих стран. Русская «союзница» Англия, напуганная перспективой перехода Мальты к России, даже предлагала передать остров под юрисдикцию Неаполитанского королевства, прекрасно понимая, что лишённая флота страна не сможет реально управлять Мальтой. Данный «проект» был безоговорочно отвергнут Императором Павлом I.
При этом англичане старались демонстрировать внешнюю учтивость. 31 октября 1799 года командующий британским флотом адмирал Нельсон даже обратился к Павлу I, как «Великому Магистру Ордена Святого Иоанна Иерусалимского», со специальным посланием, в котором уверял, что капитан английской эскадры Александр Бэлл будет «в качестве временного коменданта» удерживать Мальту, «пока Ваше Величество… не назначит кого-либо на сей пост». Мало того. В этом же послании Нельсон обращался к Императору с просьбой присвоить Бэллу звание «командора» Ордена, а своей возлюбленной, скандальной «леди Гамильтон», — звание «канонессы».
Насколько известно, леди Гамильтон членом орденского братства Не стала, но в декабре 1799 года комендантом (губернатором) Мальты был назначен генерал-от-кавалерии князь Г. С. Волконский (1742–1824), который уже находился на острове Корфу. Однако англичане совершенно не собирались выполнять свои обещания и допускать русских на ключевой стратегический форпост в Средиземном море. Волконский на Мальту так и не прибыл. Вскоре началось резкое обострение англо-русских отношений, и тема Мальты отошла на дальний план русской политики.
Павел Петрович отделял будущее Ордена госпитальеров от судьбы собственно Мальты, и нет никаких доказательств того, что он серьёзно рассматривал вопрос о возвращении острова Ордену. Однако «французское насилие», а затем «английский произвол» не могли не оскорбить нравственные чувства Царя-Рыцаря.
В 1799 году, 12 октября, Императору Павлу I в Гатчине были торжественно переданы святыни Мальтийского Ордена: часть Животворящего Креста Господня, чудотворная икона Божией Матери Филермской, писаная, по преданию, Евангелистом Лукой, и «десница руки мощей Иоанна Крестителя», той самой, которой Иоанн Предтеча крестил в Иордане Самого Спасителя. Все эти святыни были помещены в 1800 году в церкви Спаса Нерукотворного образа в Зимнем Дворце.[112]
112
После прихода к власти большевиков в 1917 году святыни удалось вывезти из России. Образ Богоматери ныне хранится в монастыре в Черногории. Что же касается прочих святынь — части Животворящего Креста и десной руки Иоанна Крестителя, — то следы их затерялись во время Второй мировой войны.