Около половины XVI в. явилось в Литве протестантство, по-видимому, в качестве союзника православной Церкви, потому что немедленно устремилось всеми своими силами против ее врага – латинства и произвело в рядах его страшные опустошения. Но скоро увидели в самое короткое время успело увлечь столько православных в Литве, особенно из высшего круга, сколько латинская Церковь не могла увлечь их в продолжение целого предшествовавшего столетия. Еще более вреда причинило протестантство православию тем, что своими громкими победами как бы разбудило дремавшие силы католицизма и вызвало в Литву иезуитов – таких борцов за латинскую Церковь, каких прежде она не имела и которые не замедлили доставить ей здесь торжество и над протестантскими сектами, и над православием. Протестантство, можно сказать, только помогло иезуитам и облегчило им труд одолеть православных, обессиливши последних теми поражениями, какие нанесло им прежде. Появление в Литве протестантства не только не прекратило борьбы, которую дотоле вело здесь латинство против православия, но еще возбудило ее и ускорило ее печальный исход.
Главная цель, к которой постоянно стремилась Римская Церковь в своей борьбе с православием в Литве и Польше, была церковная уния. Но самая эта борьба велась не с одинаковым постоянством и напряжением и еще более не с одинаковым успехом. В продолжение первого почти полустолетия (1458–1503) борьба была довольно сильная: римское духовенство и литовско-польские государи употребляли разные средства, церковные и гражданские, для привлечения православных к Флорентийской унии, были даже попытки к унии со стороны самих православных, хотя окончившиеся неудачно. В следующее полустолетие (1503–1555) борьба настолько ослабела, что сделалась почти незаметною: православные, по делам своей веры, наслаждались относительным спокойствием, и если принимались еще против них меры стеснения, то лишь изредка и не повсеместно, а прямых попыток к унии ни со стороны православных, ни со стороны самих латинян вовсе не было. С половины XVI в. в течение с лишком тридцати лет (1555–1589) борьба быстро усилилась и достигла высшей степени напряжения: на православных напали сперва протестанты, потом иезуиты, и последние с небывалою прежде со стороны латинян настойчивостию возобновили попытки к унии. Наконец, в последнее семилетие (1589–1596) борьба постепенно приближалась к своему исходу: в среде самого православного духовенства нашлись немногие изменники, которые, действуя вместе с латинянами, несмотря на противодействие всех православных, успели принять и водворить в Литве церковную унию. Таким образом, в истории Западнорусской, или Литовской, митрополии в продолжение настоящего ее периода представляются один за другим следующие четыре отдела (главы):
1) Борьба православия с латинством и неудачные попытки к унии (1458–1503).
II) Спокойное состояние православия, лишь изредка нарушавшееся борьбою с латинством, без попыток к унии (1503–1555).
III) Борьба православия с протестантством и иезуитами и новые, усиленные попытки к унии (1555–1589). IV) Уния (1589–1596).