Тем временем, Суворов, взял Падую и тем самым занял всю северную Италию, кроме осаждённой Генуи. В России ликование. Царь в восторге и пожаловал Суворову звание генералиссимуса и титул князя Италийского. Сардинский король, уже простившийся со своей короной, в запале награждает Суворова чином фельдмаршала сардинских войск и титулом потомственного принца и брата королевского, что возрождает неприязнь к полководцу со стороны придворной элиты и Павла I
На севере, после прибытия к англо-русскому флоту эскадр Чичагова и Попхэма усилились активные действия. Сопротивление голландско-французского флота подавлено, береговые укрепления слабы (впоследствии они будут полностью перестроены Наполеоном). Высаживается совместный англо-русский десант. Отряд под командованием капитана 1-го ранга Я. Карпова захватывает крепость на острове Тексель, и десант начинает движение в глубь материка. Всё это вместе начинает не нравиться Англии и Австрии, у которых дела не так блестящи. Обоим не нравится возросшее влияние России, обе опасаются, что в случае успеха Италия остаётся за ней. Балканские славяне, как австрийские подданные, так и турецкие открыто выражают симпатии России. Кроме того, усиливаются общие трения между союзниками по коалиции - они уже расходятся во взглядах на то, как делить будущую победу.
В июле в Египте турецкий десант, не поддержанный англичанами, терпит неудачу при высадке в Абукире. Бонапарт добивается долгое время не хватавшей ему победы. Англия отводит свой флот на блокаду Генуи и размыкает блокаду Бонапарта в Египте, провоцируя последнего на возвращение во Францию (в том числе широко известной романтической историей о Жозефине). Десант в Голландии так же не получает необходимой поддержки и наступление теряет темп. В Европе Австрия начинает раздражать Суворова непоследовательными распоряжениями.
15 августа Жубер сталкивается с Суворовым у селения Нови. Он не получает нужный ему "блеск". Во время боя, он получает шальную русскую пулю и погибает. Французского императора не будут звать Жубер. Его части были разбиты. Множество пленных, среди которых будущие маршалы Виктор и Груши. Тяжёлый бой русской армии с превосходящим по численности противником длился 15 часов. Французы отступают. Суворов, так и не дождавшийся прихода на помощь австрийцев, не решается вступать в преследование и в сердцах шлёт рапорт царю о вероломстве союзников.
Пользуясь моментом, Бонапарт передаёт командование армией генералу Клеберу. Его корабль плывёт с востока, в лучах восходящего над Францией солнца. Над коалицией сгущаются тучи, но она это ещё не знает, а пока переходит от совместных боевых действий к склокам и распрям. Оторванный от России, испытывающий недостатки со снабжением, не любящий австрийцев Суворов даёт волю своему характеру.
Наступил сентябрь, новый перелом в истории.
Начало месяца вполне благополучно. Пока Бонапарт "болтается" в море, прячась от английских кораблей, в Европе австрийцы одерживают трудную победу у Мангейме, но пришедшие на усиление французам части генерала Массена начинают теснить части эрцгерцога Карла. Австрийцы отступают, не имея возможности оказать поддержку северному наступлению. Более того, кампания под угрозой, т.к. в случае поражения центральной группировки, дорога на Вену вновь открыта. Свежие части из России под командованием генерала Римского-Корсакова, шедшие на соединение с Суворовым, отправлены на подмогу частям эрцгерцога. Однако под ударами французов, Карл отступил, не дождавшись российских войск и не проинформировав их об этом. В итоге, когда Римский-Корсаков пришел в назначенное место под Цюрихом, там уже были французы. Российский корпус, находящийся на марше, был атакован. Несмотря на упорное сопротивление в двухдневной битве он был полностью разбит. Множество солдат и офицеров попали в плен. На общем фоне кампании, это выглядит катастрофой. (Практически во всех французских источниках этот бой преподносится, как победа над самим Суворовым).
Однако это только начало.
На севере Европы англо-русские части, пытавшиеся развить преимущество и перейти в широкое наступление, терпят поражение частям генерала Брюна под Берженом. Российский командующий генерал Герман попадает в плен. Сменивший его Эссен отступает с остатками частей на Харлем, где попадает в засаду. Северное наступление гаснет.
Австрийцы в спешке пересматривают план кампании и вновь требуют помощи непобедимого Суворова на главном направлении. Суворов, несмотря на выгодное положение - путь на Ниццу и Тулон свободен, дорога на Лион защищена слабо вынужден оставить занятые в Италии позиции австрийцам, а сам с 20000 отрядом, с боем начинает движение в Швейцарию, по маршруту, разработанному в австрийском штабе.
В конце сентября русские отряды добиваются новых побед. 30 сентября русская армия занимает Рим. Немногочисленный российский отряд капитана 2-го ранга Г. Г. Белли принимает капитуляцию французского гарнизона, понимающего бессмысленность сопротивления. Восторженный Павел со словами: "Этот капитан хотел меня удивить, ну так я удивлю его", награждает Белли орденом, предназначенным только для высших офицеров. Положение Ушакова абсолютно стабильное. Его десанты вступают в Мессину и Ливорно. На севере новый командующий, эстонский барон Эссен, перегруппировывает армию и наносит поражения французам под Алкмаром и Бевервейком, а некоторое время спустя занимает Бержен, за что получает Мальтийский крест и чин генерал-лейтенанта. Австрийская армия побеждает при Мангейме.
Общая картина такова - после успешных действий, французы откатываются из Голландии. На Средиземноморье потеряны все стратегические пункты и один за одним падают гарнизоны в Италии, на помощь эрцгерцогу Карлу идёт Суворов, сдаться которому считают за честь и судьба кампании ещё совсем не ясна. Однако власть в Париже уже потеряла силу. И наступает октябрь.
9 октября Бонапарт прибывает во Францию и начинает свой триумфальный путь в столицу. Франция с надеждой встречает долгожданного "спасителя", последнего из генералов, не знающего поражений. Через неделю он прибывает в Париж.
В Италии Суворов с тяжелыми авангардными боями (командир авангарда Багратион) пересекает перевал Сен-Готард и переходит Чёртов Мост (сейчас здесь высечен в скале православный крест и в честь 200-летия событий, установлен памятник Суворову). Однако здесь обнаружилось, что в австрийском плане есть ошибка и отсюда дальше дороги нет. Осуществив переход через горный хребет по бездорожью с пушками и обозами, армия вышла, наконец, в Муотенскую долину, но там вместо австрийцев их уже поджидали части Массена. Австрийцы отошли, не дождавшись русских частей на марше, подставив их под пушки неприятеля. Армия попала в мешок. Без снабжения, без продовольствия, с ранеными и пленными на руках.
Суворов в своей жизни не проиграл ни одной битвы, и только он знает, какой ценой это было достигнуто. Он не проиграл и эту. Бросив обозы, пленных и оставив раненых "на милость французов" в городе Гларис, армия под командованием своего генералиссимуса осуществила знаменитый переход через Альпы. Преодолев ледник Прагель и перевал Паникс (высота более 2,5 тысяч метров) остатки армии, числом только 6 тысяч человек вышли в долину Рейна и вдоль реки вышли в Вадуц (ныне столица Лихтенштейн).