Утихомирить их попробовал молодой боярин Михаил Долгоруков. Стал кричать, чтобы расходились по домам. Но именно этим воспользовались подстрекатели. Полезли на крыльцо, зашумели — опять орешь на нас? Бояре обманули, хотят разогнать, а потом скрутят в бараний рог! Михаила скинули с крыльца на подставленные копья. Первая кровь стала сигналом. Отряды убийц ринулись во дворец. Покатилась резня по спискам. Причем у людей Милославских и Хованского списки оказались разные, они искали жертвы независимо друг от друга. Про повод мятежа никто уже не вспоминал. Наткнулись в коридоре на царицу Наталью с Иваном и Петром — их грубо отшвырнули в сторону. Петра забрызгало кровью его родных, он получил тяжелый нервный шок, который давал о себе знать всю жизнь.
Другие стрельцы так и торчали на площади. Организаторы позаботились подвезти водку, взломали дворцовые погреба. Кто поумнее и поспокойнее, уходили в Стрелецкую слободу, а по улицам разбредались пьяные шайки, лилась кровь. Погибло более 100 человек — Матвеев, Языков, Долгоруковы, Ромодановские, брат царицы Афанасий. Другого брата Ивана она спрятала, но мятежники настаивали выдать его, и Софья хладнокровно вынудила Наталью пожертвовать братом. Бунтовщики пытали его. Хотели, чтобы он подтвердил отравление царя и покушение на царевича Ивана. Однако Иван Нарышкин отказывался возводить напраслину на свою семью, вынес все мучения и был изрублен на куски.
Софья в страшные дни стала единолично распоряжаться во дворце — Наталья, потерянная и разбитая, лишившаяся близких, выбыла из строя. Царевна же брала под контроль разбушевавшуюся стихию. В полках по-прежнему действовали агенты Милославских, подыгрывали. Стрельцов начали приводить в Кремль каждый день по два полка. Их угощали обедами, Софья собственноручно обносила чарками вина.
С Хованским вроде бы договорились — его официально назначили начальником Стрелецкого приказа вместо растерзанного Долгорукова. На Красной площади воздвигли столб, на нем написали, что убитые были действительно виновны, а мятежники совершили подвиг, спасли страну. Всем полкам выдали похвальные грамоты. Стрельцам обещали выплатить задолженности, начиная… с 1646 г. А именно 240 тыс. руб. Колоссальную сумму взяли, конечно, с потолка. Ее забросил стрельцам Хованский…
Но Софья безоговорочно согласилась. Разослала по городам указ свозить в Москву деньги и серебряные изделия, откупаться от стрельцов. Хотя царевна шла на уступки отнюдь не бескорыстно. За это и стрельцы добавляли в свои требования некоторые пункты, которые были нужны Софье. Она вела игру хитро и тонко, сохраняя «чистые руки». Все требования следовали только от имени стрельцов! Царевна вроде бы оставалась ни при чем. Разводила руками — со стрельцами не поспоришь, приходится выполнять.
Так, по требованию стрельцов, а вовсе не Софьи, отправились по ссылкам все враги Милославских, если им посчастливилось уцелеть в резне. По требованию стрельцов постригли в монахи Кирилла Нарышкина, отца вдовствующей царицы. По требованию стрельцов был созван Земский Собор. Его решения тоже были продиктованы от имени стрельцов — возвести на трон вовсе не Петра, а двух царей, Ивана «первым», а Петра «вторым». А при двух недееспособных царях поставить правительницу-регентшу. Софью. Земский Собор такое решение принял безоговорочно. Кто посмеет противиться, если зал заседаний окружают банды с саблями и бердышами?
Но мятеж организовывали слишком разные силы. Царевна добилась своих целей. Однако смутьяны из стрелецких полков отнюдь не спешили возвращаться к нормальной службе. Они обнаглели, чувствовали себя полными хозяевами в столице. По-прежнему выискивали и убивали неугодных, грабили. Да и Хованский занесся. Попытался гнуть собственную линию. Под его крыло стекались раскольники. Подзуживали выступить за старое «благочестие». Один из проповедников, Никита Пустосвят, с толпой последователей и стрельцов вломился в Успенский собор, прервал богослужение, выгнал патриарха.
А Хованский подговорил подчиненных, чтобы они выставили правительству новое требование — провести диспут между Церковью и старообрядцами. Он состоялся 5 июля в Грановитой палате. Патриарх Иоаким пришел с холмогорским архиепископом Афанасием. Привел сторонников и Пустосвят. Присутствовали бояре, Софья, царица Наталья. Набились стрельцы, они видели себя главными арбитрами. Диспута как такового не получилось. Патриарх и Афанасий начали объяснять греческие тексты, а Никита с раскольниками объявили, что пришли не толковать о грамматике греческой, а утверждать истинную веру. Стали хватать иерархов за бороды. Оказалось, что они принесли с собой камни, кидать в оппонентов. Стрельцы разгорячились, как болельщики, готовые поддержать «свою команду». Спасла положение Софья. Встала и крикнула: «Нас и все царство на шестерых чернецов не променяйте!»