Наряду с этими проблемами имел место тяжелейший кризис русского мировосприятия и мироощущения. В середине XVII века в России произошло то, что названо точным термином «раскол». За событиями, связанными с церковными реформами патриарха Никона, скрывались серьезные проблемы не только Русской православной церкви, но и православного средневекового сознания в целом. Некогда гармоничный для русского человека средневековый мир раскололся: вдруг выяснилось, что одни русские православные люди стали преследовать других русских православных людей как диких зверей, пытать, мучить, жечь живьем в срубах. Появилось понятие «раскольники» — враги веры и царя, хотя они ими не были. Гонимые жестокой властью, они скрывались по лесам, отвергая «никонианскую веру» и принявшую ее государственную власть. Запылали «гари» — если так можно сказать, автоаутодафе, в которых гибли десятки, сотни православных людей.
Немыслимо было раньше представить, чтобы северную святыню — Соловецкий монастырь — шесть лет осаждали не иноземные враги, а российские войска. И расправа с непокорными монахами — защитниками твердыни «истинной веры» — была жестокой, будто со злейшими врагами. Известно, что правительственные войска после взятия Соловков повесили на священных стенах монастыря пятьсот монахов. В некогда единой православной стране возникло то, что принято называть двоемыслием: в соборе, при царе и патриархе отбивали поклоны и крестились как положено — троеперстием, а дома, в домовой церкви, стряхнув казенную «нечисть», умильно молились на старинные образа и руку складывали в двоеперстие. Когда знаменитая боярыня Морозова заупрямилась идти в церковь и креститься «кукишем», в наказание у нее отобрали еще несколько вотчин. Потом она согласилась, послушав приехавшего ее убеждать окольничего Ртищева: «Сестрица, потешь царя и перекрестися тремя перстами, а втайне как хочешь, так и твори. И тогда отдаст царь холопей и вотчины твоя». Ртищев знал, что говорил: почти всегда так жила Россия. Вспомним бессмертное пушкинское, в «Капитанской дочке»: «Не упрямься! Что тебе стоит? Плюнь да поцелуй у злод… (тьфу!) Поцелуй у него ручку». Было от чего рухнуть устоям прежней чистой веры и православной, от дедов морали!
Образованность и книжная культура пребывали в плачевном состоянии. Ничтожны были тиражи книг (в большинстве священных и отчасти учебных), слишком мало было грамотных людей. Греческие патриархи и священники, часто приходившие на Русь, поражались невежеству русского духовенства, почти или совсем неграмотному, неспособному произнести более-менее связную проповедь. В стране практически отсутствовали инженеры, ученые, вообще образованные люди. Единственными носителями учености оказывались прибывавшие из Киево-Могилянской академии монахи польского и украинского происхождения, остававшиеся чужаками в русской православной среде. Сколь низок был авторитет Русской православной церкви, видно по событиям 1682 года, когда патриарх Иоаким подвергся глумлению и издевательствам во время Стрелецкого бунта и после него. Немыслимое для прежних времен событие — бесцеремонный обыск, который учинили мятежные стрельцы в кремлевских патриарших палатах в поисках прятавшихся везде родственников царя Петра, — прошел тогда как бы незамеченным на фоне бесчинств, царивших в тогдашней Москве.