Если в Преображенском на эти действия Софьи смотрели как на попытку приобрести популярность и в конечном счете произвести правительственный переворот, то и в Кремле аналогичные опасения вызывали увеличение численности потешного войска и непрерывные заботы Петра о его вооружении. Оговорим, однако, что сохранившиеся документы не дают основания утверждать, что у Петра в это время проснулось властолюбие и он проявлял такой же интерес к власти, как, скажем, к кораблестроению или военным потехам. Честолюбие на первых порах надо было подогревать, что и делала царица, руководимая советниками, более опытными в политических интригах.
О Софье, напротив, нельзя сказать, что у нее отсутствовало властолюбие. Освоившись с положением правительницы и привыкнув к власти, Софья исподволь готовила дворцовый переворот с целью лишить Петра прав на престол. Своему второму фавориту, Федору Шакловитому, руководившему Стрелецким приказом, правительница поручила разведать, как отнесутся стрельцы к ее воцарению. Шакловитый пригласил в скрытую от посторонних глаз загородную резиденцию верных стрелецких командиров и без дальних разговоров предложил им написать челобитную с просьбой, чтобы Софья венчалась на царство.
Большинству стрелецких начальников предложение Шакловитого повторить события весны и лета 1682 года показалось рискованным. Они отклонили предложение, сославшись на неумение писать челобитные. «За челобитной не станет, мочно челобитную написать, – уговаривал Шакловитый и тут же вынул готовую челобитную, составленную якобы от имени всего населения столицы, не одних только стрельцов. – А если Петр не согласится принять такую челобитную?» – «Если не послушает, – отвечал Шакловитый, – схватите боярина Льва Кирилловича Нарышкина и Бориса Алексеевича Голицына, тогда примет челобитье». Горячей голове Шакловитого представлялось, что осуществление плана отстранения Петра от власти не встретит сопротивления. «А патриарх и бояре?» – спрашивали дотошные начальники. «Мочно патриарха переменить, а бояре – отпадшее, зяблое дерево», – успокаивал Шакловитый.
Привлечь стрелецких начальников к заговору Шакловитому не удалось: поговорив, они на том и разошлись. Осуществление переворота пришлось отложить, хотя некоторые стрельцы были готовы к решительным действиям. Одному из стрельцов смена патриарха представлялась так: «Как я к патриарху войду в палату и закричу, и он у меня от страху и места не найдет». – «Надобно нам уходить медведицу царицу Наталью». – «А за нее вступится сын!» – возразил собеседник. «Чего и ему спускать? За чем стало?» – последовал ответ. Самые решительные из стрельцов предлагали убить Петра, бросив в него гранату или подложив ее в сани. Другие собирались зарезать во время пожара – царь любил участвовать в тушении пожаров.
Среди стрельцов распространялись слухи о намерении Нарышкиных «извести» царя Ивана и правительницу Софью. Использовались и кое-какие новые приемы борьбы: ночью по улицам Москвы в сопровождении вооруженных людей ездил подьячий Матвей Шошин, нарядившийся точно в такой же белый атласный кафтан, какой носил Лев Кириллович Нарышкин. Он хватал стоявших на карауле стрельцов и зверски избивал их, приговаривая: «Убили вы братей моих, и я вам кровь братей своих отомщу». Один из спутников Шошина вопил: «Лев Кириллович! За что бить до смерти! Душа христианская!» Потерпевших доставляли в Стрелецкий приказ, и они там на допросах, введенные в заблуждение маскарадом, показывали, что стали жертвами Льва Кирилловича Нарышкина. Подобным способом Софья и ее сторонники пытались вызвать озлобление стрельцов против Нарышкиных.
Последнее по времени публичное столкновение Петра с Софьей произошло в июле 1689 года и было связано с торжеством по случаю возвращения Голицына из Крымского похода. Этот поход, как отмечалось выше, не принес славы ни ратным людям, ни их начальнику. Тем не менее Софья не скупилась на награды за сомнительные боевые подвиги, стремясь тем самым заручиться поддержкой стрельцов в надвигавшемся столкновении с Петром.