Земские соборы - органы сословного представительства, деятельность которых носила законодательный характер, - давно ушли в прошлое. Высшим законодательным и судебным органом оставалась Боярская дума, Она состояла из высших, думных чинов - бояр, кравчих, окольничих, постельничих, думных дворян, стряпчих с ключом, думных дьяков. В начале 1690-х годов их было 182 человека, в конце века - 112. Старые бояре и прочие умирали, новые же назначения почти не производились. Боярская дума, таким образом, вымирала естественным путем. На 1 января 1702 г. в ней осталось 86 человек, за десятилетие Дума уменьшилась более чем вдвое. Но и из них на заседаниях присутствовали далеко не все, обычно человек 30 - 40, так как одних посылали с поручениями по стране, других попросту не приглашали. Самое же главное в том, что Боярская дума решала вопросы второстепенные, например о записи крестьян в купцы, взимании пошлин при заключении сделок и т. п. Важные дела рассматривал и решал сам царь. Оповещали о его решениях именные указы. Да и в самой Боярской думе появились новшества, дотоле небывалые, - князь Ф. Ю. Ромодановский, не являвшийся формально ее членом (имел чин стольника), по воле Петра председательствовал на заседаниях Думы.
Следующая ступень в управлении государственными делами - приказы, своего рода министерства XVII в. Приказная система была весьма сложной и громоздкой: на 1 сентября 1699 г. их насчитывалось более четырех десятков: Посольский приказ ведал иностранными делами; Разрядный - служебными назначениями, ополчением из дворян; Поместный - земельным обеспечением бояр и дворян; Стрелецкий - стрельцами; Рейтарский - рейтарами; Приказ Большого дворца - дворцовым хозяйством царской семьи и т. д. Беда состояла в отсутствии твердого разграничения функций между ведомствами. Например, Посольский приказ занимался не только внешнеполитическими проблемами (ведением переговоров, заключением дипломатических актов и пр.), но и ведал пограничными городами во всех отношениях, в том числе судебном, финансовом. Сбор налогов, прямых и косвенных, был в руках нескольких приказов. Наряду с приказами, которые имели всероссийское значение, существовали приказы, ведавшие только определенной территорией: Сибирский - Сибирью; Приказ Казанского двора - Поволжьем; Малороссийский - Левобережной Украиной, вошедшей в состав России с 1654 г., и т. д.
Уже при Алексее Михайловиче делались попытки как-то упорядочить устройство этой махины: то появился Приказ тайных дел, ставший над всеми другими; то группу приказов давали под начальство одного человека. То же продолжалось и при его сыновьях-преемниках.
При Петре, в конце столетия, тоже существовали такие объединения приказов - по однородности порученных им дел, по традиции.
Закрыли Земский приказ, ведавший полицейскими функциями в Москве. Их передали Стрелецкому приказу, который после расформирования московских стрелецких полков утратил эту часть своей деятельности. За ним остались противопожарные мероприятия, а также дополнились общие полицейские функции. В связи с этим он стал называться иначе: Приказ земских дел.
Палаты Золотых и Серебряных дел, а также особый Ствольный приказ слились с Оружейной палатой (указ 19 января 1700 г.). В феврале того же года Иноземский и Рейтарский приказы объединили в новое ведомство, возглавил его в звании «обер-комиссара» князь Я. Ф. Долгорукий; посему называли это ведомство в переписке «Приказом комиссарии», позднее Приказом военных дел. Тогда же закрыли Каменный приказ, вместо него возникло ведомство «генерал-провианта» окольничего С. И. Языкова (сбор со всего государства хлебных запасов, их распределение в войсках); с 1717 г. стали называть его Провиантским приказом. 19 мая Пушкарский приказ передали в ведение генерала артиллерии царевича имеретинского Александра Арчиловича. Во время пребывания за границей с Великим посольством он хорошо изучил в Гааге артиллерийское дело. С начала 1701 г. его ведомство стали называть Приказом артиллерии, иногда по-прежнему именовали и Пушкарским приказом.
24 августа 1700 г. создали новый Рудокопный приказ для организации работ по сыску руд - «золотых и серебряных и иных».
Как-то сами собой исчезли приказы Великороссийский (назначал воевод в великороссийские города), Владимирский, Костромская четверть.
Все эти административные изменения - прямой результат инициативы Петра. С одной стороны, он делал то же, что и его предшественники, пытался как-то централизовать, обобщить, упростить управление; с другой - царь вводил новые учреждения, прежде всего по военному управлению, и это попятно - начиналась Северная война за выход к Балтике. Общее количество приказов сократилось с 44 до 34.