Не обошел Петр своим вниманием и церковь. Как и его предшественники (Иван III в конце XV в., Иван Грозный в середине XVI в., его отец), он стремился ослабить ее влияние, пресечь претензии на верховенство по отношению к светской власти, подорвать ее экономические позиции, очень и очень крепкие. Царь и раньше высказывал свое отрицательное отношение к богатым бездельникам, каковыми он считал монахов российских. При жизни матери он еще сдерживался, но и тогда в ряде случаев не очень-то считался с иерархами. После кончины царицы Натальи поведение царя (привлечение иностранцев на службу, поездки за рубеж, курение табака, брадобритие, ношение иноземного платья) приобретало в глазах духовенство еще более предосудительный характер. Многие, особенно духовные чины, негодовали.
Военные походы требовали все новых и новых расходов. Поэтому Петр после взятия Азова устремил свой зоркий глаз на церковь - потребовал от нее отчеты о доходах и расходах, заставил строить на свои средства корабли, запретил возводить в монастырях новые корпуса, а тем из иерархов, кто имел поместья, повелел не платить жалованье.
В 1700 г. умер патриарх Адриан. Нового патриарха, которого ждали верующие, так и не назначили. Вместо него Петр ввел новую должность местоблюстителя патриаршего престола, который имел функции только духовного пастыря. Имуществом церкви стал ведать Монастырский приказ во главе с И. А. Мусиным-Пушкиным, лицом светским. Доходы от него шли в царскую казну (более 1 млн руб. за 1701 - 1710 гг.). По сути дела Петр провел частичную секуляризацию, продолжил попытки своих предшественников и предвосхитил полную секуляризацию, объявленную Екатериной II в 1764 г.
Разумеется, перемены в администрации не устраняли чересполосицы функций, ее громоздкости, однако Петр и его правительство сделали новый шаг вперед, продолжили и развили то, что делалось до них. Была заложена основа для более решительной перестройки системы государственного управления, центрального и местного, которую они провели позднее, в ходе Северной войны.
В финансовой области самой существенной мерой оказалась та же городская реформа. Именно в Ратушу теперь стекались основные налоговые поступления, а не в старый Приказ Большой казны: в 1701 г. приход первой составил 1,267 млн руб., второго - 717,7 тыс. руб. Той же цели - повышению доходов казны - способствовали две другие меры: введение сбора с гербовой бумаги (по мартовскому указу 1699 г.) и упорядочение взимания печатных пошлин, собиравшихся за удостоверение всех актов новой специальной «орловою воротного печатью» (печать с изображением орла; дьяк носил ее на шнурке, на вороте).
Появились «прибыльщики». Это были особые чиновники, в обязанность которых входило выдумывание новых налогов для пополнения топ же бездонной бочки.
Указ Петра от 11 марта 1700 г. провозгласил монетную реформу. Наряду с серебряными стали чеканиться мелкие медные монеты разной стоимости: денежка (полкопейки), полушка (четверть копейки), полуполушка (восьмая часть копейки). До этого в обращении сильно пе хватало мелкой разменной монеты, и поэтому люди рассекали серебряную копейку на две, три части, а в некоторых местах самостийно появлялись заменители - кожаные и прочие «денежки». Помня о неудаче медной реформы 1654 - 1661 гг., когда рынок наводнили огромным количеством медных денег, стоимость которых постепенно упала в 10 - 15 раз в сравнении с серебряными, теперь отчеканили только нужное количество мелких медных монет хорошего качества. Нововведение в народе приняли спокойно. Очевидно, посещение лондонского Монетного двора, беседы со специалистами пошли впрок и Петру, и его помощникам в этом важном деле.
Меры Петра в области просвещения и науки, культуры и быта, осуществлявшиеся с начала XVIII в. вплоть до его кончины, имели переломное, этапное значение. При нем, часто по его инициативе, в России появились газеты и театр, гражданские школы и гимназии, Морская академия и Академия наук (решение об ее открытии Сенат принял в присутствии Петра 29 января 1724 г„ он утвердил проект ее основания, составленный по его же поручению; открылась она в августе 1725 г., после его кончины), собирались ассамблеи с танцами и беседами, строились новые дома и вводились европейские одежды. Издавалось большое количество книг, начиная с учебников по разным отраслям знаний и кончая трактатами по истории и юриспруденции, фортификации и артиллерии, произведениями художественной литературы. В России появилось много образованных специалистов не только, по военному, морскому делу, но и в области металлургии, кораблестроения, геологии, минералогии, географии, истории, государствоведения, юриспруденции. Экспедиции в разные районы обширной страны, организованные и задуманные Петром и его помощниками, расширили географические знания, привели к развитию картографии. Они охватили районы Урала, Сибири, Дальнего Востока, включая Камчатку, Каспийское и Аральское моря, Приазовье и Поморье.