Обвинения, предъявленные в Синодике Италу и его ученикам, направлены против их философских воззрений. Особым нападкам Итал и его ученики подверглись за увлечение эллинской наукой и преклонение перед античными философами. Церковь отвергла воззрения Итала и его последователей главным образом по трем пунктам: во-первых, за признание возможности переселения душ, во-вторых, за принятие платоновского учения об идеях как о реальном бытии и, в-третьих, за приверженность идее сотворения мира из первичной материи. Академик Ф. И. Успенский, анализируя эти положения Синодика, приходит к обоснованному выводу о том, что «Итал не был собственно богословом и не может быть рассматриваем как виновник какой-либо религиозной секты; он был мыслитель и подвергался церковному отлучению за то, что не согласовал свою философскую систему с церковным учением» (там же). Исторические источники свидетельствуют о том, что Итал не только не пытался согласовать свою концепцию с церковной догматикой, а, наоборот, противопоставлял ее ортодоксальному христианству.
Профессор Ф. М. Россейкин, занимаясь анализом делопроизводства по обвинению Иоанна Итала в ереси, указывал, что академик Ф. И. Успенский, к сожалению, уделил мало внимания выяснению еретического характера философских идей мыслителя. Это представляет больший интерес по сравнению с теми догматическими и просто терминологическими тонкостями, которыми занимался духовный суд при ведении дела Итала. 11 положений, представленных церковниками царю в качестве философского доноса на Итала, обвиняли последнего в эллинском безбожии, что было весьма тяжелым преступлением по тем временам. По историческим сведениям, собор не стал заниматься их исследованием. Совершенно справедливо предположение профессора Россейкина, что они разделялись слишком большим числом приверженцев и задевать такое количество людей было небезопасно: это могло иметь определенные политические последствия. Поэтому эллинское безбожие обошли молчанием, и собор удовольствовался обвинением Итала в неправославном понимании церковного учения о воплощении и иконопочитании.
Превращение в XI столетии Константинопольской философской школы, пусть даже ненадолго, в центр рационалистической науки поставило перед византийским правительством задачу перестройки системы высшего образования. Со времени воцарения Алексея Комнина распоряжением императора свобода философского мышления была решительно ограничена Священным писанием. Согласно этому распоряжению, «терпимым могло быть только такое учение, которое находило себе подтверждение в божественных книгах» (там же, 171). Это указание Анны Комниной, писал академик Ф. И. Успенский, доказывает, что «царь Алексей Комнин, очевидно, пытался задержать поток новых идей, который дан был философским движением предыдущего времени» (там же). Таким образом, прославленное Византийское государство конца XI в. категорически выступило против увлечения эллинской философией. Для прекращения эллинского безбожия Алексей Комнин запретил философствование, не согласованное с писаниями отцов церкви. За увлечение античностью Итал был заключен в монастырь до конца своих дней, а его школа была разгромлена.
Цесаревна Анна Комнина утверждала, что Иоанн Итал встречал «действительно наибольшее» сочувствие и поддержку у одного абхаза (так в Византии в ту пору называли грузин). Этим грузинским философом был Иоанн Петрици (см. 23). Никита Акоминат среди учеников Итала называет Иоанна. И в этом случае, по-видимому, имеется в виду Иоанн Петрици. Сохранилось также письмо Итала, с которым он обратился к Иоанну после своего осуждения. Письмо является ярким свидетельством того, что двух борцов за возрождение эллинской философии связывали идейное понимание и большая дружба. В письме дана характеристика грузинского философа, говорится о его мужестве, преданности, бесстрашии и отмечается, что по отношению к Италу он остался таким же, каким учитель знал его раньше.
Письмо гласит: «То, что я слышал теперь от многих про тебя, ученейший, я не считаю чуждым твоему ко мне расположению и твоей крепкой дружбе, ибо я знаю, что ты и раньше заботился обо мне и был наиболее громким (мегалофонотатос) хвалителем и глашатаем моих (мыслей), почему, приняв эти посылки (тас архас), имею, чем прекрасно теперь умозаключить и доказать, что ты не становился иным, а остаешься тем самым, каким я тебя давно и поныне доподлинно знаю. Чего только ты не скажешь в пользу друзей, горя дружбою и движимый (кинуменос) искренним расположением к ним. Посему я, точнейшим толкователем твоих мыслей (тон сон), равно как твоей дружбы, таковым же оставаясь (…?) (тойутос гюпархон) […?], некоторые же, иначе к нам расположенные, — какие-то софисты и чужды правды. Ты сам, впрочем, знаешь то, что я говорю, и тебе было известно, что так обстоит (дело)» (цит. по: 23, 56). Эти слова Иоанна Итала убеждают, что Петрици, несмотря на царскую угрозу «вполне уничтожить нечестие» (29, 58), без колебаний остался среди приверженцев учителя. Сам Петрици в послесловии своей книги пишет о себе следующее: «…я человек, отягощенный своими болезнями и стойкий в тяжких испытаниях разума, неустанно, не отдыхая на ложе своем, я ни минуты не давал отдохнуть духу своему, пока не озарился зарей разумной, которую не затемнишь» (3, 242). Это слова стойкого, мужественного человека, неустанного борца за идеи, за свои воззрения.
Между трудами Иоанна Петрици и писаниями Иоанна Итала существует тесная связь (см. 23, 47). В своей книге «О телесности мира» Итал утверждал, что материя вечна, но творимая ею вселенная вещей может распадаться, и тогда бог получает возможность создать из материи новый мир (см. 7). Эту атеистическую концепцию Итала, которая вызывала особый гнев церковников, Петрици в разных вариантах преподносит в своей книге «Рассмотрение…». Материя имеет безграничную возможность рождаемости, утверждал Итал. Приступая к анализу данного определения, Петрици называет это положение «солнцем мысли». Всецело соглашаясь с Италом, он углубляет его точку зрения, но при этом не ссылается на своего учителя из осторожности.
По мнению Итала, бытие существует в трех видах: как причастное, зависимое и участвующее. Эта точка зрения Итала полностью принимается Иоанном Петрици в 30-й главе его книги, и в дальнейшем он неоднократно к ней возвращается (см., напр., гл. 65, 70). При рассмотрении возникших, т. е. получивших существование, сущностей философ выделяет три категории, ибо все созерцаемое получает бытийность через высшее существо, но возникают сущности или по причине, или по существованию, или по приобщению. Различая эти три вида бытия, Петрици сохраняет транскрипцию греческих терминов для их обозначения, чтобы читатель мог для себя уяснить авторство этой «запрещенной» христианской догматикой философской концепции: сущности возникают или в виде катетиан, или в виде катюпарксин, или в виде катаметексин. (Допустимо также предположение, что ссылку на Итала по соображениям предосторожности выбросил переписчик.) Возьмем, например, реальное бытие. Эту высшую, чистую, первую сущность мы наблюдаем в трех видах: во-первых, в высшей сущности единицы; во-вторых, в своем собственном существовании и, в-третьих, в последующих. Эту «первую сущность, находящуюся в непостижимой высшей сущности», считай, указывал Петрици, «высшей единицеобразной сущностью», и она есть лучшее по сравнению с природой возникших сущностей. Ибо когда воспримешь реальное бытие как причину всех других сущностей, тогда поймешь, что причина является более низкой, чем существование, так как причины вечно наблюдаются среди следствий как более низкие, чем собственно существование. И далее, следствия наблюдаются среди своих причин, но как более высшие и лучшие, чем собственные свойства. Этот закон, по мнению Петрици, распространяется на все возникающие и возникшие явления телесного мира (см. 3, гл. 65). Занимаясь анализом проблем, связанных с телесным миром, Итал в своих суждениях приходил к выводу, что материя предоставляла богу все возможности, поэтому у него не было никакой нужды воплощаться в бога-человека. На этом-то основании Итал и его ученики отвергли эту догму христианской религии.
Свидетельством близости взглядов этих двух представителей раннего византийского Ренессанса является факт творческого сотрудничества Итала с Иоанном Петрици. Академик АН ГССР Ш. И. Нуцубидзе в своей монографии по истории грузинской философии отмечал, что в работе Итала «О разных высказываниях» имеется указание на то, что она написана им совместно с Иоанном-философом: «До определенного места текст принадлежит Италу, а дальше уже идет текст Петрици» (25, 153). Совместная творческая работа, по-видимому, своей основой имела не только тесную дружбу двух философов, но и большую интеллектуальную общность между ними. Итал в упомянутом письме называет себя точным толкователем мыслей своего ученика, которые он и теперь разделяет. Пропагандируя мысль о вечности материи, Итал и Петрици в XI в. сформулировали в наиболее целостном виде неоплатоновский пантеизм. Они боролись за философский рационализм.