Пассажиры, прибывающие на галеонах, если они не собирались сразу пускаться в тяжелый путь по труднопроходимой дороге на Мехико, должны были конкурировать с сотнями торговцев, стараясь заполучить место на ночлег в грязной лачуге либо в одном из женских монастырей. Во время праздников, которые устраивались в Акапулько после прибытия каждого манильского судна обычно в январе или феврале, город наводняли приезжие люди, и стоимость проживания в нем неимоверно возрастала – положение, которое, по всей видимости, сохраняется вплоть до наших дней. Некий путешественник в 1698 году жаловался: для того чтобы нормально питаться, человеку необходимо тратить не менее песо в день, что по тем временам составляло баснословно большую сумму.
Еще до того как прибывший галеон успевали разгрузить в порту, приготовления к его снаряжению в обратный путь на Филиппины уже шли полным ходом. Солдаты, преступники, высылаемые на Филиппины, и пассажиры прибывали в город из Мехико; на судне затыкали паклей и заливали смолой швы, а в трюмы загружали продовольственные запасы и серебро. При благоприятном стечении обстоятельств время, которое манильский галеон затрачивал на путь до Филиппин, было несколько меньше, чем время, затрачиваемое на обратную дорогу, и составляло немногим менее четырех месяцев. Январь или февраль были самыми благоприятными месяцами для отплытия манильского судна в восточном направлении, поскольку в случае задержки возникала опасность его встречи с инверсными ветрами, либо прибытие на Филиппины приходилось на разгар сезона тайфунов. Но, невзирая на возможные трудности, отплытие судна зачастую откладывалось на конец марта или даже апрель, в результате чего манильские гиганты не раз терпели кораблекрушения, унося с собой жизни людей, находившихся на борту. (Из 148 зарегистрированных рейсов из Акапулько с 1566-го по 1784 год 2 галеона вышли в море в декабре, 5 – в январе, 11 – в феврале, 87 – в марте, 42 – в апреле, и 1 галеон покинул Акапулько в мае. Эти задержки были преднамеренно организованы мексиканскими торговцами, которые решили сбить цену на китайский товар, сговорившись не скупать его до тех пор, пока продавцы не вынуждены будут пуститься в обратное плавание. Вице-короли понимали, что галеоны, запоздавшие с выходом в океан, подвергались серьезной опасности, поэтому обычно отдавали приказ, согласно которому манильские суда должны были покинуть порт до определенной даты.)
Продолжением маршрута манильских судов был путь от Акапулько до Перу. За восточные товары в Лиме платили гораздо больше, чем в Мексике. С самого начала король и его советники поняли, что подобная торговля поглощала часть их доходов от добычи перуанского серебра и нарушала монопольное право Испании на торговлю в этом регионе. Королевские указы, запрещающие подобные торговые вояжи, включая использование Акапулько как транзитного пункта, достигнув берегов Америки, не возымели должного действия, так как их умело обходили все заинтересованные лица, включая самого вице-короля. Указ, вступивший в силу в 1589 году, был встречен без особого энтузиазма и явился отправной точкой для процветания контрабандной торговли, поощряя взяточничество и обогащая королевских чиновников, призванных блюсти его исполнение. Китайские товары перегружались с галеонов на другие суда, ожидавшие их прибытия в небольшой бухте Пуэрто-Маркес или даже непосредственно в самой гавани Акапулько, и далее транспортировались в Перу. Другим распространенным видом доставки контрабандных товаров была его выгрузка с галеонов в пустынных портах еще до их прибытия в Акапулько.