Андрей Евгеньевич делает выбор остаться в своей стране, с ее неопределенным и теперь уже очевидно трудным будущим. О его тогдашней позиции свидетельствует письмо к родителям жены, в котором он сообщает о просьбе своего брата Павла: «…Брат готов куда-либо бежать – в Америку или в Англию – и спрашивает у меня маршрута через Авганистан. Хотя такая мысль может быть подсказана только безумием, но, вероятно, в обстановке есть многое, что толкает на безумные шаги. Буду писать ответ и советовать самообладание; покинуть Родину можно, и для этого найдутся пути и более близкие, чем Авганский, но с кем же страна останется и что с нею будет?» (из письма от 14 марта 1918 года).
Вопрос, что будет с ней – Родиной – всегда определял линию поведения Андрея Евгеньевича, обустраивать и защищать свою страну он считал своим священным долгом и никогда от этого принципа не отступал.
Для себя А. Е. Снесарев определяет учительское поприще в родных местах. Но человек предполагает, а общественная судьба располагает его жизнью, далеко не всегда согласуясь с его личными желаниями.
28 января 1918 года был издан декрет Совнаркома о создании Красной армии. К решению задачи привлекались военные специалисты старой армии. Благо у новой власти оказались списки офицеров службы Генерального штаба, что облегчало задачу их призыва. В ряды новой армии был призван и А. Е. Снесарев. Безусловно, у него был выбор пойти и в Белое движение. Новую власть он не приветствовал. Но наступали немецкие войска. Оказывать им сопротивление от имени государства могла только эта власть, создаваемая ею армия. Слабости Белого движения ему были понятны: отсутствие ясной идеи будущей государственности и подготовленности к ее практической реализации. Он слишком хорошо знал руководящий слой Белого движения, чтобы поверить в его способность решить проблемы вздыбившейся России. Судьба же ее государственности оказалась в руках Советов во главе с большевиками. И государственник Снесарев, не без тяжелых раздумий, делает выбор в пользу Красных. К тому же его выбор облегчался обещанием использовать новую армию только в борьбе с внешним врагом.
В мае 1918 года его назначают военным руководителем вновь созданного Северо-Кавказского военного округа. Мандат об этом назначении за номером 1282 был подписан Председателем Совнаркома В. И. Лениным и Председателем Реввоенсовета Республики Л. Д. Троцким. Штаб округа находился в Царицыне. Военная обстановка в районе Царицына в то время была чрезвычайно сложной. Кубанская область была занята Добровольческой армией Деникина, Сальский округ – Донской армией белых, с Украины наступали немцы, на Царицын двигалась 40-тысячная армия генерала Краснова. Революционные войска были разбросаны на большом пространстве, плохо организованы, в их среде стали привычными анархизм и обыкновенный бандитизм. Все это Снесареву было знакомо по службе последних месяцев в старой армии.
И новую службу он начал с изучения обстановки и наведения порядка в войсках, определения задач войсковым частям, налаживания связи между ними. На стороне Белых было много его товарищей по службе в старой армии, участию в Мировой войне. Но Гражданская война развела их по разные стороны. Своей задачей А. Е. Снесарев видит такую организацию военных действий, которые вели бы к уменьшению братского кровопролития. На основании распоряжения Высшего военного совета от 9 июня 1918 года Снесарев разработал план обороны Царицына, изложил его в приказе № 4 от 23 июня 1918 года. В результате этих и других мер к середине июля 1918 года в Северо-Кавказском военном округе были созданы регулярные части Красной армии численностью до 20 тысяч человек. Была организована оборона дальних подступов к Царицыну, положение стабилизировалось. Таким образом, Снесарев является организатором Северо-Кавказского военного округа, который сыграл важную роль в дальнейших военных событиях.
Но не все красные командиры и комиссары с должным доверием отнеслись к приказам и распоряжениям военрука округа. Происходит серьезное столкновение между Снесаревым и находившимися в то время в Царицыне Сталиным и Ворошиловым. Дело дошло до ареста Снесарева и его штаба. Москва потребовала немедленно освободить Снесарева и выполнять его распоряжения. К счастью, в условиях господства местнического самоуправства первая часть требования была выполнена: Андрей Евгеньевич был освобожден. Приехавшая московская комиссия приняла соломоново решение: Сталина и Ворошилова оставить в Царицине, а Снесарева назначить на другую должность.