После подписания Брестского мира для прикрытия западных рубежей была создана Завеса – своеобразная линия фронта между войсками кайзеровской Германии и частями Красной армии. Командующим западным участком Завесы и был назначен А. Е. Снесарев. Войска Завесы составляли Западную армию, которая потом была переименована в Белорусско-Литовскую, а затем в 16-ю армию, штаб которой дислоцировался в городе Смоленске. Хотя армия была в плохом состоянии по всем показателям (по снабжению, вооружению, моральному состоянию и кадровому составу), но она выполняла поставленные перед ней задачи по занятию освобождаемых от немцев районов Белоруссии и Литвы.
В августе 1919 года Снесарев назначается начальником Академии Генерального штаба РККА. Ее формирование началось в конце 1918 года и до назначения Снесарева начальником еще не было полностью завершено. Только началась разработка учебных программ и лекционных курсов и шла трудно. По существу создание новой академии легло на плечи Снесарева.
Назначение нового начальника академии было вполне объяснимым актом со стороны власти. Снесарев был широко известен и как ученый, и как опытный боевой военачальник не только Первой мировой, но и Гражданской войны. И хотя у военного и политического руководства того времени не было к нему полного доверия, его знания, опыт и авторитет нужны были для воссоздания военной академии.
Итак, в августе 1919 года начинается новая глава в жизни и творчестве Снесарева – активный одиннадцатилетний и удивительно плодотворный период его научно-педагогической деятельности.
Андрею Евгеньевичу новое назначение давало возможность реализовать свои обширнейшие знания военного дела, уникальный опыт, размышления о новой тактике, стратегии и войне как общественном явлении. Он прекрасно понимал, что теперь от него лично зависит сохранение преемственности и дальнейшее развитие отечественной военной мысли на основе изучения опыта Первой мировой войны, завершающейся для его страны Гражданской войной и нашествием иностранных интервентов.
Перовой заботой Снесарева было научить слушателей академии – молодых командиров Красной армии, большинство которых имело невысокий уровень образования, практике управления войсками. Но не только. Военному профессионалу крайне важно иметь твердое воззрение на место и роль войны в истории. Ведь в Первую мировую войну офицерские кадры столкнулись не только с проблемами обновления военного искусства. Проблемы эти оказались трудными, но разрешимыми. А вот изменение характера и содержания войны, новой роли в ней широких масс оказалось проблемой неожиданной и непонятной.
Снесарев сразу же берется за разработку программы по философии войны и соответствующего ей лекционного курса. Материалом в этой работе для Снесарева послужили многие идеи и выводы, сделанные им в ходе Первой мировой войны, зафиксированные в письмах и дневниках. Естественно, они были дополнены и расширены его изысканиями в последующее время.
Всего два года А. Е. Снесарев был в должности начальника Академии Генерального штаба РККА. Но сделал он за это время удивительно много. Был собран хороший творческий состав преподавателей, которые уже проявили себя признанными военными теоретиками, например А. А. Свечин, В. Ф. Новицкий и другие.
По инициативе и с активным участием Снесарева в академии было создано Восточное отделение, готовившее кадры для военно-политической работы на восточных границах и на военно-дипломатической, научно-аналитической и другой важной работе. Андрей Евгеньевич на своем опыте убедился в важности владения живыми языками народов, среди которых приходится жить и решать служебные вопросы офицерским кадрам. Возобновляет Андрей Евгеньевич и свои научные работы по восточным вопросам. В 1921 году он выпускает труд «Авганистан», сделавший его классиком отечественной афганистики. Этот труд переиздается в наше время, только жаль, что им не пользовались те лица, которые решали в свое время вопрос о вводе советских войск в эту страну.
В ходе Мировой и Гражданской войн Снесарев убедился в большом влиянии на поведение отдельного воина, малых групп и больших масс войск психических процессов. Поэтому еще во время войны он занялся изучением психологии. В своих фронтовых письмах и дневниках он много раз отмечал те разительные перемены, которые происходили в ходе войны с отдельными людьми, группами и даже большими массами.