Представив очередной рапорт, Хвостов обратил внимание государя на особую важность приведенных в нем фактов, указывающих на связь бывшего военного министра с врагом. Но Николай II вскоре вернул эти материалы без всякой резолюции. Когда игнорировать «изменнические действия» Сухомлинова стало уже невозможно, была образована Верховная следственная комиссия, состоящая из членов Государственной думы и Государственного совета.
Комиссия работала ни шатко, ни валко. Создавалось впечатление, что правительство пытается тормозить дело. Однако улики были настолько вескими, а преступление Сухомлинова настолько тяжким, что Хвостов добился назначения официального следствия, которое по его выбору производил сенатор Кузьмин, чья «чистота и самостоятельность» считались бесспорными.
К началу 1916 года генерал-прокурору стало ясно, что необходимо арестовать Сухомлинова. Он доложил дело новому председателю Совета министров престарелому Борису Штюрмеру. Тот вначале засомневался в целесообразности такой жесткой меры, но когда Хвостов припугнул того возможностью побега Сухомлинова, согласился. После этого Хвостов доложил и государю о том, что намерен арестовать Сухомлинова.
Николай II ответил весьма неопределенно:
— Да-да, я понимаю, что вы не испрашиваете указаний, я сам и не дал указаний…
По существующей тогда процедуре постановление об аресте Сухомлинова подписал сенатор Кузьмин.
Бывший военный министр, отставной генерал от кавалерии Сухомлинов был арестован и заключен в Трубецкой бастион Петропавловской крепости в апреле 1916 года. Перед этим помогавший в проведении расследования сенатор Богородицкий допросил генерала в его квартире. Ему было официально предъявлено обвинение по статье 108 Уголовного уложения, то есть в способствовании и благоприятствовании неприятелю в его военных и иных враждебных против России действиях и шпионаже. По этой статье виновный мог быть подвергнут смертной казни.
Окончив допрос, сенатор Богородицкий сообщил бывшему министру, что, поскольку тот обвиняется в исключительно тяжком преступлении, вынесено постановление о его аресте. Сухомлинов некоторое время сидел молча, как бы в оцепенении, а затем, поклонившись, хрипло проговорил:
— Я к вашим услугам и считаю своей первейшей обязанностью подчиниться суровому велению закона.
В крепости Сухомлинову были предоставлены льготные условия содержания: в камере поставили складной столик и кресло, на кровати появились настоящий матрац и постельное белье, ему разрешалось гулять два часа в день (в два приема). Комендант крепости, старый знакомый Сухомлинова, бывший командующий войсками Одесского военного округа генерал Никитин, посещал арестованного в его камере.
Арест министра стал мировой сенсацией.
Газеты тогда взорвались убийственными сообщениями не только в России, но и во всем мире. Ведь привлекали к ответственности не просто министра, а военного министра Российской империи! Причем во время ведения боевых действий.
После ареста Сухомлинова начались неустанные хлопоты о нем высших сановников и даже самой императорской четы. Уже на следующий день к Хвостову явились ходатаи, говорившие, что «несчастный старик» арестован необоснованно и что государь конечно же будет «огорчен такой мерой». Генерал-прокурор разъяснил им, что императору уже все известно, а арест Сухомлинова произведен правильно.
Николай II во время докладов Хвостова всегда спрашивал о ходе расследования и подчеркнуто интересовался: нужна ли такая крайняя мера к старику, который «никуда не убежит»? Намеки были совершенно очевидны.
Давление на генерал-прокурора шло со всех сторон. Однажды премьер-министр Штюрмер сказал ему, что императрица Александра Федоровна крайне встревожена тем, что Сухомлинов содержится в крепости. Будь он в тюрьме, она бы скорее примирилась с этим обстоятельством. На это Хвостов твердо ответил:
— Почему же вы не могли доложить императрице, что заключение Сухомлинова в крепость вызвано именно соображением по возможности облегчить ему содержание под стражей? Судебной власти нужно только, чтобы он содержался в одиночном заключении. Между тем, если бы он был заключен в тюремное здание, он подвергся бы общему тюремному режиму.
Тем не менее Штюрмер предложил Хвостову самому объясниться с императрицей.
На следующий день Александра Федоровна приняла генерал-прокурора. Государыня была обходительна, тем не менее стала указывать на невозможность совершения военным министром такого тяжкого преступления. В конце беседы Александра Федоровна сказала, что верит Хвостову, но тут же добавила: