След това обаче със седем души специалисти по връзки с обществеността и помощници Михаил Ходорковски заминава за регионите за срещи с губернатори и студенти. Официално е обявено, че целта на пътуването е да се рекламира обединената компания „ЮКОС-Сибнефт“, да се разяснява на населението, че от обединението ще спечелят всички, защото ще падне цената на бензина и ще се реализират нови социални програми. Лидерът на СДС Борис Немцов обаче казва, че Ходорковски неофициално искал при контактите си с губернаторите и студентите да разбере доколко първите са недоволни от авторитарната централна власт и доколко вторите са недоволни от установяващата се в страната диктатура.
Майката на Ходорковски Марина Филиповна казва, че при последната им среща синът й изглеждал някак особено, като се сбогувал с нея. Преди ареста майката и синът се видели на празника на лицея интернат „Коралово“ в Подмосковието, построен от Михаил Ходорковски за сираци, чиито родители са загинали във войни, по границите, в горещите точки или по време на терористични атаки. Завеждащи лицея интернат и досега са родителите на Ходорковски. Всяка година в най-близките почивни дни преди 19 октомври (деня на откриването на Царскоселския лицей) в „Коралово“ се организира празник. Обикновено за празника пристигат високопоставени граничари и военни, държавни дейци и дипломати, а децата пеят, танцуват и показват успехите си в самодейното творчество. На такива празници обикновено Михаил Ходорковски разговаря с държавните мъже, а майка му се старае да не пречи на сина си и да не го отвлича от важните разговори. Но тази година нито един високопоставен чиновник не уважил празника освен социалния министър Починок. Ходорковски отивал много пъти при майка си, говорел й някакви нищо незначещи глупости и гледал тъжно. Надвечер се сбогували. Марина Филиповна седяла във фотьойла, а той коленичил пред нея и казал:
— Довиждане, мамо.
— Ще те изпратя до вратата.
— Недей.
Ходорковски летял с нает от него самолет от град на град — Липецк, Воронеж, Нижни Новгород — и всяка вечер, след лекциите и срещите, питал приближените си дали според тях има вероятност да го арестуват и дали е по-добре да замине за чужбина. Приближените му отговаряли, че не бива да влиза в затвора, а е по-добре да замине, защото един емигрант може да отстоява доброто си име, но не и един затворник. Ходорковски им възразявал, че ако замине сега, би означавало да изостави другаря си Платон Лебедев в затвора и да се признае за виновен, докато той, Ходорковски, за нищо не е виновен.
Докато траела тази командировка, жена му Ина почти всяка нощ сънувала рушащи се градове. В съня си тя стояла насред призрачен град, в който изведнъж къщите започвали да потъват, електрическите жици се късали и пръскали искри, а неоновите букви от рекламите падали на асфалта, трошейки се на безброй парчета. А тя тичала през рушащия се град, спасявайки себе си и децата, но изкривените от пространството на съня улици се въртели в кръг като пътечката във филма „Вещицата от Блеър“. А през следващата нощ цунами колкото многоетажна сграда връхлитало присънилия се на Ина град, тя се мъчела да избяга, а вълната я преследвала и поглъщала квартал след квартал.
Изпълнявайки мисията си, Михаил Ходорковски пътувал от град на град — Белгород, Тамбов, Саратов. И всяка вечер обсъждал с едни и същи хора една и съща тема — вероятния арест. Темата за ареста възниквала уж случайно по време на вечерята или след нея и всяка вечер приближените му изтъквали хиляди разумни аргументи в полза на емигрирането, без обаче да отговарят на главния въпрос: какво ще стане с Платон? Ходорковски ги слушал внимателно. Обсъжданията приличали на деловите съвещания в ЮКОС, по време на които той изслушвал мненията на подчинените си, а после изведнъж вземал решения — мълниеносни и твърди.
Крайното решение взел в Нижни Новгород. Именно там спецслужбите, които и по-рано го наблюдавали, започнали да го следят открито: колата на агентите демонстративно се присъединявала към кортежа на милиардера. Там вече валял сняг. Летището не давало разрешение за излитане и се наложило да се върнат в хотела. Хората от екипа мърморели, че връщането е лоша поличба и че Ходорковски е изгубил легендарната си способност да носи хубаво време. Неочаквано някакъв непознат позвънил на Ходорковски.
Поначало екипът трябвало да лети за Иркутск за откриване на младежка политическа школа, от Иркутск — в Евенкия, за да представи в Съвета на федерацията ръководителя на компанията „ЮКОС-Москва“ Василий Шахновски. Но след телефонния разговор Ходорковски взел друго решение.