Голубу предложили продать коллекции за крупную сумму в США, но он хотел подарить их Народному музею в Праге. Однако дипломированные университетские профессора, считавшие Голуба дилетантом, ответили ему отказом. Тогда Голуб стал дарить экспонаты там, где читал лекции, или же музеям и школам. Сейчас его коллекции имеются во всех музеях мира: в Праге, Париже, Лондоне, Вене, Филадельфии, Кейптауне, Берлине, Мадриде, Риме, Нью-Йорке, Копенгагене… В Музее антропологии и этнографии им. Петра Великого Академии Наук СССР в Ленинграде также есть коллекция предметов, собранных Голубом во время второго путешествия.
Покидая Африку, Голуб рассчитывал еще раз вернуться туда. Однако этой мечте не суждено было сбыться: последствия тропической лихорадки, перенесенной Голубом во время путешествий, подорвали его здоровье. Он занялся просветительской деятельностью, устройством выставок, изданием своих книг, чтением лекций. 21 февраля 1902 года, в возрасте около 55 лет, Эмиль Голуб умер. Он похоронен в Вене, где друзья и почитатели поставили ему памятник.
Заслуги Эмиля Голуба, неутомимого исследователя Африки, были признаны повсеместно. Он был членом различных научных обществ и неоднократно получал от них предложения читать лекции за границей. Он выступал почти во всех крупных городах Центральной Европы. По приглашению Вашингтонского географического общества он в 1894–1895 годах посетил США и в нескольких городах прочитал лекции на английском, немецком и чешском языке. После возвращения из Америки Голуб собирался поехать в Россию, но ухудшившееся состояние здоровья не позволило ему осуществить это намерение.
Голуб был награжден сорока орденами различных государств и почетным дипломом английского правительства.
Однако наибольшей известностью Голуб пользуется у себя на родине. Это не удивительно, ведь своими исследованиями он прославил не только себя, но и свой народ. Вернувшись из первого путешествия, Голуб говорил: «Часто в путешествиях по африканской пустыне я думал, увижу ли еще раз милую, родную страну. Я остался ее верным сыном и с радостью вернулся в свой любимый край».
Доктор Голуб состоял членом всех чешских географических и естественнонаучных обществ. Социалистическая Чехословакия по достоинству оценила значение его деятельности для развития чешской науки. В Чехословакии выходят исследования и популярные книги, посвященные жизни и деятельности Эмиля Голуба. Почта выпустила памятную марку, а кинематографисты засняли художественный фильм о его путешествиях. Дом в Праге, где он жил студентом и мечтал о продолжении дела Ливингстона, отмечен мемориальной доской. В городе Голицы, на родине путешественника, открыт музей его имени.
Во время экспедиций Голуб вел подробные дневники, которые легли затем в основу его книг. Результатом его первой поездки на «Черный континент» была книга «Семь лет в Южной Африке», которая сразу же принесла автору славу известного путешественника.
На III Международном съезде географов в Венеции в 1881 году книга Голуба была отмечена Большой золотой медалью. Чарльз Дарвин, которому Голуб послал экземпляр книги на английском языке, ответил ему письмом: «Милостивый государь, разрешите сообщить Вам по прочтении Вашей книги, как я восхищен Вашим благородным стремлением работать для обогащения наших знаний о природе, несмотря на все трудности и опасности. Если приедете в Англию, буду очень рад увидеть Вас. Остаюсь Вашим искренним другом и верным почитателем. Чарльз Дарвин».
Второе путешествие Голуб описал в книге «Из Капштадта в страну Машукулумбе».
Современники высоко оценили научное и познавательное значение книг Голуба. Лондонская «Таймс» 18 апреля 1881 г. писала: «Давид Ливингстон отлично описал Южную Африку, но так подробно, так полно и совершенно, как доктору Голубу, это не удалась никому. Голуб не ограничивался передачей подробностей, но записывал все, что видел и слышал, стремясь осмыслить целое. Он видел Африку глазом прирожденного естествоиспытателя… В мировой литературе описание путешествий Голуба можно сравнить только с книгой «Путешествие натуралиста вокруг света» знаменитого Чарльза Дарвина».
Голуб написал несколько специальных исследований, в том числе по этнографии и по орнитологии Южной Африки. Он описал также природные ресурсы этой страны и занимался ее экономикой.