Голуб начал готовиться к экспедиции с момента возвращения на родину. Он ясно представлял себе, какие препятствия могут встретиться на его пути, и рассчитывал в худшем случае отклониться от намеченного маршрута и выйти к восточному побережью Африки. Но беда случилась раньше, чем он смог осуществить этот вариант.
Вожди племени матока (тока) уговаривали Голуба не вступать на территорию машукулумбе, которые и европейцев и африканцев (читают шпионами враждебного им племени. Но Голуб не послушался их. Около Галулонги на лагерь экспедиции было совершено нападение. Погибли все вещи, за исключением нескольких дневников. Членам экспедиции с трудом удалось спастись, один человек был убит.
Обратный путь был очень тяжелым, но Эмиль Голуб, напрягая последние силы, продолжал собирать экспонаты для своих коллекций. Он вернулся в Южную Африку и вскоре отплыл в Европу.
Вторая экспедиция Голуба, несмотря на неудачный конец, превзошла его первое путешествие Был собран большой научный материал, приоткрылся занавес над многими до сих пор еще незнакомыми областями Африки. Кроме того, Голуб посвятил много времени и сил научному исследованию тех районов, где европейцы уже бывали, но где тем не менее оставалось еще много неизученного.
Голуб был очень опытным и тонким наблюдателем. Он, например, обратил внимание на необходимость изучения наскальных изображений, которые распространены по всей Южной Африке, и вы-(казал правильное в основном предположение, что их создателями являются бушмены.
Коллекции, собранные Голубом (в них были представлены сотни образцов наскальных изображений), оказались наиболее полными. Голуб организовал экспозицию своих собраний сначала в Вене, а затем в Праге, где экспонаты заполнили огромное помещение проводившегося годом раньше юбилейного вернисажа.
В 1890 году, спустя менее чем три года после возвращения Голуба на родину, был издан его главный труд «Из Капштадта в страну Машукулумбе». Он вышел почти одновременно на нескольких языках.
Наряду с путевыми очерками, где собрано огромное количество (ведений, касающихся самых различных отраслей науки, Голуб опубликовал несколько менее объемистых работ, также имеющих немаловажное значение. К их числу относится этнографическое исследование племен марутсе и мабунду и труд по орнитологии Южной Африки, изданный на немецком языке в Вене.
Эмиль Голуб нс думал сдаваться и готовил новую экспедицию, надеясь, что на этот раз он будет вознагражден за неудачи, которые его преследовали в прошлом. Он искал средства для экспедиции, много писал и выступал с лекциями о Южной Африке на родине, в других странах Европы, в Соединенных Штатах Америки. Он часто высказывался по различным африканским проблемам и вопросам колониализма.
Голубу не удалось осуществить новые замыслы, так как его здоровье, подорванное тропическими болезнями, все ухудшалось. Не хватало денег — и не только для новой экспедиции в Африку: Голуб умер почти в нищете.
Голуб еще при жизни стал и до сих пор остается мишенью для неоправданно суровой, а иногда несправедливой критики, порожденной в основном завистью и непониманием. Одни говорят о некоторых качествах характера путешественника, хотя они имеют бесспорно второстепенное значение, другие — о его недостаточной лингвистической подготовке. Утверждают, например, что, отправляясь в Южную Африку, он плохо знал английский язык и совсем не знал голландского. Между тем во время первого путешествия в Африку Голуб много печатался в местных журналах, а после возвращения читал лекции на английском языке. Что касается африканских языков, то Голуб старался их изучать во время экспедиций.
Значение первой и второй экспедиции часто принижалось указанием на то, что Эмиль Голуб проходил по территории, на которую уже до него вступили европейцы, и на то, что уже в следующем десятилетии в области, расположенные в глубине континента, была проложена железная дорога и что под влиянием Британской южноафриканской компании эта обширная площадь была освоена европейцами. Упреки такого рода несостоятельны в силу своей антиисторичности.
Но более всего недоброжелатели Голуба упрекали его в том, что из-за тщеславия, не желая ни с кем делиться успехом, он не взял во вторую экспедицию научных работников, а нанял лишь слуг, от которых требовал беспрекословного повиновения. На самом деле Голуб поступил так потому, что по опыту первой экспедиции знал, как важны в пути надежные исполнители. Кроме того, при своих скромных средствах он не мог пригласить для участия в экспедиции еще нескольких человек, которые потребовали бы — и вполне справедливо, — чтобы она была подготовлена более тщательно.